インボイス制度における派遣社員等への支払対応で異なる出張旅費等特例の適否

2025年10月20日

【№1　はじめに】

こんにちは！
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本日は、「インボイス制度における派遣社員等への支払対応で異なる出張旅費等特例の適否」についてお伝えさせていただきます！
消費税のインボイス制度は、企業が支払う仕入税額控除において複雑なルールを持ち、特に派遣社員や出向社員への支払いに関しては、どのように処理すべきかが重要なポイントとなります。本記事では、派遣社員に関する出張旅費等の取り決めについて、インボイス保存または帳簿保存で仕入税額控除を行うための条件と、派遣契約がどのように影響するかを解説します。

【№2　結論】

消費税のインボイス制度において、派遣先企業が派遣社員に支払う出張旅費等に関しては、支払方法および契約内容により、仕入税額控除の適用方法が異なります。特に、インボイスの保存と帳簿保存の違いが重要です。派遣契約の内容や支払いの実態に応じて、以下のポイントを押さえておくことが重要です。
1. 派遣元企業への支払い（インボイス保存）
派遣先企業が派遣元企業に支払う場合、その支払に対するインボイスを保存する必要があります。この場合、仕入税額控除を行うためには、インボイスの収集・保存が必須となり、控除を適用するための基準となります。
2. 派遣元企業を通じて派遣社員に支払う場合（帳簿保存）
派遣先企業が派遣元企業を通じて派遣社員に出張費用を支払う場合、インボイスを保存する必要はなく、帳簿に記載された内容を保存するだけで仕入税額控除を行えます。これは、契約書で明確に派遣元企業が費用を預かることを記載している場合に適用されます。
3. 契約の内容による特例の適用の違い
派遣契約や出向契約に基づいて支払い方法が異なる場合、それによって適用される特例が異なります。派遣先企業は、契約内容をしっかりと理解し、仕入税額控除を適切に適用できるように、インボイス保存または帳簿保存の方法を選択することが必要です。

【№3　やさしい解説】

消費税のインボイス制度は、事業者が仕入れた商品の税額を控除するために必要な要件を規定しています。この仕組みを理解することで、派遣社員等への出張費用に対する適切な処理方法がわかります。
1. インボイス制度の基本的な理解
インボイス制度とは、事業者が行った取引について、仕入税額控除を受けるためにその取引に関するインボイス（請求書）を保存する必要があるというものです。この仕組みは、税務処理を透明化するために導入されました。出張旅費等も、この制度に基づき、仕入税額控除の対象となります。
インボイス保存と帳簿保存の違い
インボイスを保存する場合、取引ごとに請求書を受け取り、それを証拠として保存します。帳簿保存の場合は、請求書の代わりに出張費用に関する記録を帳簿に記載し、それを保存するだけで済みます。支払方法や契約内容によって、この二つの保存方法が使い分けられます。
2. 「従業員等」に該当するかどうか
インボイス制度では、仕入税額控除を受けるためには、支払いが「従業員等」に対するものであることが必要です。「従業員等」とは、法人税法に基づく役員や使用人を指し、派遣社員がこれに該当するかどうかが重要です。派遣契約や出向契約によっては、派遣社員が従業員等として扱われる場合もありますが、契約書に基づく確認が必須です。
3. 出張旅費等特例の適用条件
出張旅費等特例は、出張に通常必要とされる部分に対する支払いに適用されます。この特例は、インボイスを保存することで仕入税額控除が受けられるものですが、支払い方法によっては帳簿保存で対応可能です。この点を理解し、契約内容に基づいた適切な処理を行うことが求められます。

【№4　具体例】

以下に、派遣社員等への出張旅費等支払いに関する10の具体例を示します。これらを参考に、適用される特例を理解しましょう。
① 派遣元企業に直接支払う場合（インボイス必要）
派遣先企業が派遣元企業に対して出張旅費等を支払う場合、派遣元企業からインボイスを受け取ります。この場合、派遣先企業はインボイスを保存し、仕入税額控除を行う必要があります。
② 派遣元企業を通じて派遣社員に支払う場合（帳簿保存）
派遣先企業が派遣元企業を通じて出張旅費等を支払う場合、派遣元企業が受け取った金額を派遣社員に渡します。この場合、派遣先企業はインボイスを保存せず、帳簿に記載し、仕入税額控除を行います。
③ 派遣社員の出張に関する費用を個別に支払う場合
派遣先企業が派遣社員に直接出張費用を支払う場合、その支払いに対してインボイスを取得する必要があります。出張の必要性が認められれば、仕入税額控除の対象になります。
④ 日当と交通費が別々に支払われる場合
派遣先企業が派遣社員に支給する日当と交通費について、異なる支払い方法を取る場合、交通費に関してはインボイスが必要ですが、日当は帳簿のみで控除可能な場合もあります。
⑤ 出張先での宿泊費の支払い方法が異なる場合
派遣社員の宿泊費が直接支払われる場合、インボイスを保存し、仕入税額控除を行います。一方、宿泊先が支払われた後に派遣社員が立て替え払いを行う場合、帳簿保存で対応することになります。
⑥ 支払方法が一括で行われる場合
派遣先企業が一括で派遣元企業に支払う場合、インボイスを保存し、その後派遣社員に支払われる旅費等が控除の対象となります。
⑦ 個人事業主の派遣社員が出張費を負担する場合
派遣社員が個人事業主の場合、出張費は法人の支出として計上できないため、派遣元企業からのインボイスで控除が行われます。
⑧ 旅費規程に基づく支払いが行われる場合
派遣先企業が自社の旅費規程に基づいて支払いを行う場合、その規程が適切に設計されていれば、支払う金額について仕入税額控除が認められます。
⑨ 特定の目的に基づく支払い（プロジェクト経費）
プロジェクトごとに経費として支払う場合、その支払いに対してインボイス保存が必要となり、仕入税額控除を行います。
⑩ グループ企業内での出張費支払い
グループ企業間で派遣社員を派遣する場合、派遣元企業が経費として支払う出張費に関して、インボイス保存を行い、仕入税額控除を受けます。

【№5　手順】

インボイス制度に基づく仕入税額控除を適用するためには、以下の手順を順守することが求められます。派遣社員等への支払いに関しても、適切な手続きを踏むことが重要です。
1. 契約内容の確認
最初に派遣先企業は派遣元企業との契約内容を確認し、支払い方法（派遣元企業への直接支払いか、派遣元企業を通じて派遣社員に支払いか）を把握します。契約内容によって適用される特例が異なるため、最初にこの確認を行うことが不可欠です。
2. 支払い方法の決定
支払い方法に応じて、インボイス保存が必要か帳簿保存が許容されるかを選択します。派遣元企業に直接支払う場合はインボイスを保存する必要があります。派遣元企業を通じて派遣社員に支払う場合は帳簿保存で対応可能です。
3. インボイスの収集と保存
インボイスが必要な場合、派遣元企業から受け取ったインボイスを保存します。保存方法に関しては、インボイスの内容が税務調査で確認できるように整備しておきます。
4. 帳簿の記録と保存
インボイス保存が不要な場合、支払いの内容を帳簿に記録し、その内容に基づいて仕入税額控除を行います。帳簿には、支払金額、支払い先、支払い日などの詳細を正確に記録する必要があります。
5. 申告書の提出と確認
最後に、税務署に申告を行います。インボイスまたは帳簿保存の状態を確認し、仕入税額控除を適切に申告することが求められます。税務署に提出する申告書には、正しい保存方法に基づく情報を反映させることが大切です。
6. 定期的な見直し
派遣契約や支払い方法が変更される可能性があるため、定期的に契約内容や支払い方法を見直し、適用される控除の方法に変更がないか確認します。新たな支払い方法に応じて手続きを更新することが必要です。

【№6　FAQ】

1. 派遣社員に支払った出張旅費の仕入税額控除はどうなりますか？
→ 派遣先企業が支払う場合、派遣元企業からのインボイス保存が必要です。
2. 出張旅費等特例の適用条件は？
→ 旅費が通常必要なものであり、一定の事項が記載された帳簿の保存が求められます。
3. 派遣元企業に支払う場合、インボイスを保存しなければなりませんか？
→ はい、インボイスを保存する必要があります。
4. 派遣先企業と派遣元企業の契約が異なる場合、どのように処理すべきですか？
→ 契約内容によって、適用される特例が異なるため、契約内容を確認し、適切な処理を行うことが重要です。
5. 出張旅費等特例が適用される具体例はありますか？
→ 例えば、企業が社員に支給する国内出張に必要な交通費や宿泊費が該当します。
6. 出張旅費等特例を適用するための帳簿保存の方法は？
→ 旅行に必要な部分が記載された帳簿を保存し、仕入税額控除を行います。
7. 派遣社員への出張旅費等支払いにインボイスは必要ですか？
→ 派遣元企業に支払った場合はインボイスが必要です。
8. 帳簿保存のみで仕入税額控除が受けられる条件は？
→ 派遣元企業を通じて支払う場合、一定の帳簿保存が条件となります。
9. 派遣契約に基づく支払方法が異なる場合、どうすればいいですか？
→ 支払方法によって処理が異なるため、契約書を確認し、必要に応じて専門家に相談することをお勧めします。
10. 出張旅費等特例を適用できるのはどのような場合ですか？
→ 旅行に通常必要な部分が支給される場合に、特例を適用できます。

【№7　まとめ】

消費税のインボイス制度において、派遣社員への出張旅費等の支払いに関しては、支払方法や契約内容によって仕入税額控除の適用方法が異なります。派遣先企業は、契約内容を理解し、インボイス保存または帳簿保存の方法を選択して、適切に税務処理を行うことが求められます。
支払い方法が異なる場合でも、適用される特例を理解し、インボイス保存や帳簿保存を適切に行いましょう。派遣契約や支払い方法が変更される場合には、契約内容に基づいた税務処理を更新することが重要です。また、税務署に申告する際には、保存方法や控除処理を正確に反映させるよう心掛けましょう。
税務調査に備え、インボイスや帳簿が正しく保存されていることを確認し、万全の準備をしておくことが大切です。こうすることで、誤った税務処理によるリスクを避けることができます。

【№8　出典】

出典：『税務通信』第3860号（2025年07月21日）「インボイス制度　派遣社員等への支払対応で異なる出張旅費等特例の適否」
参考：国税庁タックスアンサー「消費税　インボイス制度」（参照日：2025-07-21）
参考：e-Gov法令検索「消費税法第30条」（参照日：2025-07-21）

【№9　該当条文の説明】

消費税法第30条
消費税法第30条は、仕入税額控除を行うための基本的な要件を規定しています。この条文に基づき、事業者は仕入れに関連する消費税を控除するために、適切にインボイスまたは帳簿を保存することが求められます。特に、出張旅費等の支払いに関しては、一定の条件を満たす場合に仕入税額控除が認められるため、この条文を基に適用範囲が決まります。
改正経緯
インボイス制度は、取引の透明化と正確な税務処理を目的として導入されました。特に、派遣社員への支払いに関連して新たに適用されたルールに基づき、税務処理の方法が変更され、適切な対応が必要となっています。
出張旅費等特例の適用
出張旅費等特例の適用には、支払いの対象が「従業員等」に該当する必要があり、派遣契約や出向契約に基づく支払いについてもこの範囲に含まれます。これにより、従業員としての立場が明確な派遣社員についても、出張に必要な費用を仕入税額控除の対象として処理することができます。

【№10　おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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