令和7年度改正で創設された『基礎控除の特例』とその年末調整対応
2025年11月11日
【№1】はじめに
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「令和7年度改正で創設された『基礎控除の特例』とその年末調整対応」についてお伝えさせていただきます！
所得税の「基礎控除」は、すべての納税者に適用される最も基本的な控除のひとつです。
これまでは一律48万円でしたが、令和7年度税制改正により、控除額が58万円に引き上げられ、
さらに所得水準に応じて段階的に加算される「基礎控除の特例」が新設されました。
しかしながら、この特例による加算分は令和8年分の源泉徴収税額表には反映されず、
実際の適用は年末調整で行う必要があります。
この点を正しく理解していないと、給与計算時の源泉徴収額と最終的な所得税額がズレるおそれがあるため、
人事労務・経理担当者にとって極めて重要な論点となります。
今回は、
① 「基礎控除の特例」とは何か
② なぜ年末調整での対応が必要なのか
③ 実務上どんな準備をすればよいか
を中心に、静岡・浜松の企業実務にも直結する視点でわかりやすく解説します。
【№2】結論
★結論から言えば、令和7年度改正により創設された「基礎控除の特例」による加算分は、
令和8年分の源泉徴収税額表には組み込まれず、年末調整で対応することになります。
つまり、令和8年1月以降に支払われる給与の源泉徴収は、
あくまで「通常の基礎控除額58万円」を前提に計算されます。
年末調整の段階で、従業員一人ひとりの年間合計所得金額を確定し、
その所得水準に応じた特例加算を反映して最終的な所得税額を調整します。
この流れにより、低所得者ほど控除が多くなるという公平性が実現されます。
合計所得金額655万円以下の人には、段階的に加算額が設定され、
結果として、税額が数千円から最大数万円軽減されるケースもあります。
ただし、給与支払時にはこの加算が反映されないため、
源泉徴収時点では「過大に税額が控除される」傾向が出ます。
このため、年末調整では還付処理が増える見込みです。
給与システムや会計ソフトを利用する企業では、12月調整データの自動更新設定が必須です。
静岡・浜松地域の中小企業では、外部の社労士や顧問税理士が年末調整を代行するケースが多いため、
「特例分の加算を税額表に反映させない」という前提を共通理解として持つことが重要です。
結果として、年末調整を通じて正確な税負担が調整される仕組みとなります。
【№3】やさしい解説
「基礎控除の特例」は、簡単に言えば「所得が低い人ほど控除額を増やす仕組み」です。
従来はすべての人が同じ48万円の控除を受けていました。
しかし、物価上昇や所得分布の変化に対応するため、令和7年度改正では、
基礎控除の基本額を58万円に引き上げ、
さらに所得水準に応じた加算措置を設けました。
★具体的には次の2段階構成です。
① 合計所得金額655万円以下の人は「所得に応じて加算」される特例控除が適用。
② 132万円以下の人については、この加算が恒久的に続く措置として位置づけられています。
したがって、「基礎控除＝58万円＋特例加算額」となり、
個人ごとに控除額が変動することになります。
しかし、この特例分は令和8年分の源泉徴収税額表には反映されません。
なぜなら、税額表は一律基礎控除額（58万円）を基に設計されているためです。
つまり、給与支払時には特例加算を考慮できず、
年末調整でその差額を調整するという二段階処理になります。
この点を見落とすと、源泉徴収の段階で「多く引きすぎ」または「少なく引きすぎ」が発生し、
結果として年末調整時に大きな還付や追加徴収が発生します。
とくに静岡・浜松地域では、地場中小企業でもクラウド給与計算システムを導入しているケースが多く、
システム設定を正しく更新しないと控除計算にズレが生じる可能性があります。
また、今回の改正では、扶養控除や給与所得控除なども同時に見直されています。
これらが相互に影響し合うため、単に「控除額が増えた」と認識するだけでは不十分です。
基礎控除、扶養控除、特定親族特別控除をセットで理解し、
年末調整ソフトやマネーフォワードクラウド給与などの設定を最新化しておくことが重要です。
【№4】具体例
① 例1：年収350万円の従業員（静岡市）
合計所得金額が約240万円。
→ 基礎控除58万円に加え、特例加算2万円が上乗せされ、計60万円控除。
② 例2：年収500万円の正社員（浜松市）
合計所得金額が約380万円。
→ 特例加算は約1万円。控除総額は59万円。
③ 例3：年収650万円の技術職（静岡県西部）
合計所得金額が655万円に近く、特例加算はゼロ。
→ 控除額は基本の58万円のみ。
④ 例4：パート勤務の配偶者（年収100万円）
→ 合計所得金額が132万円以下のため、特例加算が恒久措置として適用。
→ 控除額は60万円。
⑤ 例5：年の途中入社者
1月〜6月無職・7月入社。年収200万円。
→ 年間所得ベースで特例を適用するため、年末調整で再計算。
⑥ 例6：扶養親族がいるケース
世帯主の基礎控除58万円＋特例加算に加え、扶養控除の改正要件（58万円以下）を確認。
⑦ 例7：特定親族特別控除との併用
大学生の子（所得80万円）を扶養している場合、
特定親族特別控除（最高63万円）＋基礎控除特例の双方が年調で適用。
⑧ 例8：副業あり（クラウドワークスなど）
本業＋副業を合算した合計所得金額で特例適用を判定。
副業分を申告し忘れると基礎控除の加算額を過大適用してしまうため要注意。
⑨ 例9：源泉徴収税額表だけで給与処理した場合
→ 毎月の源泉額が多めに天引きされ、年末調整で還付。
会社は年調時に還付精算処理を要する。
⑩ 例10：年の途中退職者
→ 退職時点では年調不可のため、本人が確定申告で基礎控除特例を適用。
【№5】手順
★実務担当者が行うべき基本手順は次のとおりです。
① 改正後の源泉徴収税額表（令和8年分）を必ずダウンロード・更新。
国税庁サイトの最新データをもとに、給与ソフトの設定を見直す。
② 各従業員の「基礎控除58万円」設定を維持したまま、毎月の給与源泉税を計算。
この時点では「特例加算分」は考慮しない。
③ 年末調整の準備段階で、全従業員の年間合計所得金額を確定。
副業や兼業を持つ社員の場合、申告書を確認し、合算所得で判断。
④ 「基礎控除の特例」該当者を抽出し、所得区分に応じた加算額を算出。
所得132万円以下は恒久加算、132万円超〜655万円以下は時限加算である点を確認。
⑤ 加算額を反映し、給与ソフトまたはExcelで年末再計算を実施。
差額を控除または還付し、源泉徴収票へ反映。
⑥ 扶養控除・配偶者控除・特定親族特別控除との重複をチェック。
重複計上があると税額過少のリスク。
★補足：
クラウド給与システム（例：マネーフォワード、freee、給与奉行）では、
改正対応が11〜12月に順次アップデートされる見込みです。
事前に「自動反映ON」設定を確認し、旧税額表のまま処理しないよう注意しましょう。
また、浜松市の製造業など、社員数が多い企業では、
Excelでの確認リストを別途作成し、「所得655万円以下リスト」として顧問税理士へ共有すると効率的です。
【№6】FAQ（10問）
① Q：令和8年分の給与から自動的に特例が反映されますか？
A：いいえ。税額表には反映されないため、年末調整で対応が必要です。
② Q：途中入社者も対象ですか？
A：はい。その年の合計所得金額で判定されます。
③ Q：給与ソフトは自動更新されますか？
A：ベンダーにより異なります。マネーフォワード・freee等では年調時の特例反映が予定されています。
④ Q：静岡市・浜松市の自治体独自の追加対応はありますか？
A：ありません。全国統一で適用されます。
⑤ Q：配偶者控除との関係は？
A：配偶者控除の所得要件も58万円に引き上げられ、整合が取られています。
⑥ Q：年末調整で特例適用を忘れた場合？
A：本人が確定申告で加算適用を受けられます。
⑦ Q：扶養親族の特定親族特別控除はどう扱いますか？
A：所得100万円超123万円以下の場合、年調時に適用されます。
⑧ Q：中途退職者の年末調整は？
A：原則実施せず、本人が申告対応。
⑨ Q：給与所得控除の変更も同時対応ですか？
A：はい。最低保障額が65万円に引き上げられます。
⑩ Q：源泉徴収票の記載方法に変更は？
A：特例加算額を反映した後の基礎控除額を明記します。
【№7】まとめ
今回の「基礎控除の特例」は、単なる控除額の引上げではなく、
「所得の低い人ほど負担を軽くする」という所得再分配の考え方をより明確に制度化したものです。
これまで一律だった基礎控除を、所得階層ごとにきめ細かく調整することで、
公平で持続可能な税制を目指しています。
しかし、実務の現場では「源泉徴収税額表に反映されない」という点が混乱の原因になりやすいです。
給与計算段階では通常の58万円を前提に税額が算出されるため、
本来よりも多く源泉徴収され、年末調整で還付となるケースが増加します。
この差を正確に理解し、源泉徴収＝仮計算、年末調整＝確定精算という構造を社内で共有しておくことが重要です。
また、今回の改正は、基礎控除だけでなく、給与所得控除・扶養控除・特定親族特別控除など
他の制度改正とも密接に関連しています。
つまり、「1項目の更新漏れ」がそのまま所得税の誤計算につながる可能性があります。
静岡・浜松の中小企業でも、給与業務を社内担当と顧問税理士が分担している場合、
事前の連携ミーティングを1回設けるだけで、年末の修正作業を大幅に減らすことができます。
さらに、制度の趣旨を理解することは、経営者にとってもメリットがあります。
たとえば、役員報酬を年収650万円前後に設定している会社では、
「基礎控除の特例」が適用されるか否かが境目になります。
加算対象になるように報酬設計を微調整することで、
税負担を軽減しつつ、社会保険料とのバランスを最適化できるケースもあります。
★実務のポイントを整理すると、以下の3点です。
① 「年末調整で特例加算を反映させる」という流れを社内で徹底する。
② 年末調整時に扶養・配偶者控除・特定親族特別控除を同時確認する。
③ クラウド給与ソフトや会計ソフトの更新日程を早めに把握し、改正データを反映する。
浜松・静岡エリアでは、地域密着型の中小企業が多く、
従業員との信頼関係を重視する経営が根付いています。
その意味で、年末調整の精度を上げることは、社員の安心と会社の信頼性を守る取り組みでもあります。
税制改正を単なる「事務対応」ではなく、企業文化を整えるチャンスとして前向きに取り組むことが、
結果的に経営全体の透明性・公正性の向上につながるのです。
【№8】出典
出典：『税務通信』第3862号（2025年8月4日）「令和7年度改正で創設された『基礎控除の特例』による加算分は年調対応」
参考：国税庁タックスアンサー「No.1191 基礎控除」（参照日：2025-10-14）
参考：e-Gov法令検索「所得税法 第2条・第83条」（参照日：2025-10-14）
【№9】該当条文の説明
所得税法第2条第1項第37号では、基礎控除を「居住者の所得金額から一定額を控除する」と規定しています。
また、租税特別措置法第41条の16の2により、
「合計所得金額が一定額以下である場合には、所得金額に応じて加算する」ことが明記されました。
今回の改正は、従来の一律控除から段階的控除へと移行した点が特徴で、
公平な課税を実現するための仕組みです。
とくに恒久措置化された132万円以下層への加算は、低所得者支援策としての性格が強く、
社会保障・税一体改革の流れに沿うものです。
源泉徴収税額表が「標準控除額のみ」を基礎にしているため、
この特例部分は実際の源泉計算には反映されず、年末調整で調整されることになります。
この運用により、源泉事務の煩雑化を防ぎつつ、正確な年末税額を確保できる仕組みになっています。
【おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、
静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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