株式交換により取得した完全親会社の株式を発行会社へ譲渡した場合のみなし配当課税の特例及び取得費加算の特例

2026年4月17日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「株式交換により取得した完全親会社の株式を発行会社へ譲渡した場合のみなし配当課税の特例及び取得費加算の特例」をお伝えさせていただきます！

静岡や浜松の地域経済を支える中小企業の皆様にとって、事業承継や相続は避けて通れない大きなテーマです。特に「相続した株を会社に買い取ってもらう」という手続きは、納税資金の確保や株の集約において非常によく使われる手法です。しかし、ここに「株式交換」という組織再編が一度でも挟まると、本来受けられるはずだった大きな節税メリットが消えてしまうかもしれない、という衝撃の事実をご存知でしょうか。本日は、この高度かつ実務的な「罠」について深掘りしていきましょう！

【№2 結論】

相続した非上場株式を「株式交換」によって別の会社の株式（親会社株式）に換えた後、その新しい株を発行会社へ譲渡した場合、原則として以下の2つの強力な特例は適用されません。

① みなし配当課税の特例（措置法9の7）が使えない
非上場株を会社に売る際、通常は配当金とみなされて高い所得税（最高およそ55％）がかかりますが、相続した株なら約20％の税率で済む特例があります。しかし、交換後の株は「相続した資産そのもの」ではないため、この優遇は受けられません。

② 取得費加算の特例（措置法39）も使えない
支払った相続税の一部を、株を売った時の経費にできる制度です。これも原則として「相続税の計算の基礎となった資産」を売ることが条件です。株式交換で手に入れた株は「後から取得したもの」とみなされ、特例の対象外となります。

③ 文理解釈の徹底
税法（特に租税特別措置法）は、言葉通りに厳格に解釈されます。「中身は同じ会社の価値だ」という理屈は通用せず、「登記上の資産が別物になった」という事実が優先されます。

静岡・浜松の中小企業さまへ：組織再編と相続対策をセットで考えないと、数千万円単位の税負担増を招く恐れがあります。

【№3 やさしい解説】

今回の問題を、できるだけ噛み砕いてお話しします。

① 「株を会社に売る」のは、実は「配当」扱い？
社長が自分の会社に株を買い取ってもらうとき、税務署は「これは実質的に、会社に貯まった利益を株主に配ったのと同じだ」と考えます。
これを「みなし配当」と呼び、給料と同じ高い税率がかかってしまいます。

② 相続人だけの「プラチナチケット」
ところが、お父様から株を相続して、相続税を払って大変な思いをしている相続人には、特別に「売った利益（譲渡所得）」として、低い税率（約20％）で計算していいよ、というチケットが配られます。
★重要：これが「みなし配当の特例」です。

③ 「株式交換」で魔法が解ける？
お父様からもらった「A社株」を持っていればチケットは有効です。
しかし、途中で「B社との株式交換」を行い、手元の株が「B社株」に変わってしまった瞬間、そのチケットは無効になります。
国は「あなたが今持っているB社株は、お父様から直接もらったものではないですよね？」と言うのです。

④ 非常に厳しい「言葉通り」のルール
税金の世界には「文理解釈（ぶんりかいしゃく）」という、書いてある通りにしか認めないという厳しいルールがあります。
「似ているからいいじゃないか」という言い訳は、裁判でもなかなか認められません。

静岡のクラウド会計導入などを進める際も、こうした「形式」の重要性を私たちは常に意識し、お客様が不利益を被らないようアドバイスしています。

【№4 具体例】

どのようなケースで特例が使えなくなるのか、10個の具体的な場面を見てみましょう。
（金額はおよその目安です）

① 浜松のA社株（非上場）を相続し、そのままA社に売却
この場合は100％特例が使えます。およそ20％の税率で済みます。

② 相続後にA社がB社に株式交換され、B社株（親会社）をB社に売却
今回のメインテーマです。残念ながら特例は使えません。高い配当課税（最高約55％）が待っています。★注意

③ 相続した「有限会社」が「株式会社」に組織変更した後の売却
過去の判例では、これだけでも「別の資産」とみなされ、特例が否定されています。驚くほど厳しいルールです。

④ 合同会社を相続し、その後に株式会社化して譲渡
これも③と同様、組織の形が変わっているため、特例の適用は非常に困難です。

⑤ 相続した株を、自分の資産管理会社へ現物出資した後の譲渡
お父様の株を自分の会社へ移し、代わりに自分の会社の株を手に入れた場合。これも「資産そのもの」ではないため、特例は消えます。

⑥ A社株を相続し、A社が他社と「合併」して消滅。交付された合併交付金を売却
合併も組織再編の一つですので、新しくもらった権利の譲渡には特例が及ばないリスクが高いです。

⑦ 相続した土地が「区画整理」で換地（別の場所）になった場合
こちらは例外です！法律に「換地は相続資産とみなす」と書いてあるため、取得費加算の特例が受けられます。

⑧ スクイーズアウト（強制買取り）で株が種類株式に代わった場合
自分の意思に反して強制的に手続きが進んだ特殊なケースでは、例外的に特例を認めた「文書回答事例」があります。

⑨ 静岡のB社株を相続したが、実は相続前に「株式交付」が行われていた
相続時にすでに形が変わっていれば、その「変わった後の株」が計算の基礎になるため、特例が受けられる可能性があります。

⑩ 株数が10倍になる「株式分割」を行った後の譲渡
これは大丈夫です。株の「中身」が変わったわけではなく、細かくなっただけなので、同一性が認められます。

【№5 手順】

もし、相続した株の売却を検討されているなら、以下の手順でリスクをチェックしてください。

① 登記簿と株主名簿の過去履歴を洗う
相続発生時から現在まで、会社名や組織形態（株式会社・有限会社等）に変更がないか、ITによる履歴確認を行います。

② 相続税申告書の控えを確認
お父様の相続時に、どの会社の、何という名前の株式に対して、いくらの評価額で相続税を払ったかを正確に把握します。

③ 「同一性」のセルフチェック
今売ろうとしている株は、お父様の申告書に載っているものと「全く同じ名前」ですか？

④ 納税額の事前シミュレーション
もし特例が使えない場合、税金が「約20％」から「最高約55％」に跳ね上がります。この差額をあらかじめ算出します。

⑤ 組織再編スケジュールの調整
もし今から株式交換をする予定があるなら、その「前」に株を買い取ってもらうべきか、慎重に判断します。

⑥ 専門家（IT税理士）へのセカンドオピニオン
こうした高度な判断は、静岡・浜松の地域事情だけでなく、最新の判例に精通した税理士に相談するのが一番です。

静岡の税務調査対策としても、こうした「特例適用の根拠」をロジカルに説明できる準備が欠かせません。

【№6 FAQ】

①Q.浜松市内で父から相続したA社株を、会社に5,000万円で買い取ってもらう予定です。株式交換が予定されていますが、いつ売るのがベストですか？
A.原則として「株式交換が行われる前」です。交換して親会社の株になってしまうと、本件の特例（みなし配当特例・取得費加算）が使えなくなるリスクが極めて高いからです。

②Q.「みなし配当特例」を使えると、具体的にどれくらい税金が変わりますか？
A.およそ35%も変わる可能性があります。特例が使えれば分離課税で約20%、使えないと総合課税で最高およそ55%の税率が適用されるため、数千万円単位の差が出ることがあります。

③Q.静岡の有限会社が株式会社に変わっただけなのですが、それでもダメですか？
A.非常に厳しいですが、過去の裁判例（東京地裁平成22年3月30日判決等）では、有限会社の出資持分と株式会社の株式は別物とされ、特例が否定されています。

④Q.父が持っていた株が、相続の直前に株式交換で親会社株になっていました。この場合は？
A.相続した時点で「親会社株」であれば、それが相続税の計算基礎となるため、その親会社株を売却する際には特例が適用できる可能性が高いです。

⑤Q.「取得費加算の特例」で、相続税の全額を経費にできますか？
A.いいえ。譲渡した資産（株など）に対応する相続税額分のみが加算対象となります。また、譲渡益を限度とするなどの計算ルールがあります。

⑥Q.静岡や浜松の税務署に、自分で相談しに行っても教えてくれますか？
A.一般的なルールは教えてくれますが、株式交換後の同一性といった「高度な法的解釈」については、書面による事前照会（Q&A）など正式な手続きを踏まないと確実な回答は得にくいのが実情です。

⑦Q.「株式分割」なら大丈夫と聞きましたが、本当ですか？
A.はい。1株が10株になるような「分割」は、同一性が失われないため特例の対象になります。一方、「株式交換」は法的に資産を一度手放して新しい資産を得る行為とみなされるため、扱いが異なります。

⑧Q.IT税理士法人では、こうした「組織再編の履歴」をどう調べますか？
A.クラウド上の法人登記簿情報や、過去の株主名簿、総会議事録などをITツールで時系列に整理し、特例適用の可否をフローチャートで判定します。

⑨Q.もし特例が使えないと判明した場合、他に節税する方法はありますか？
A.譲渡時期を分散して所得を抑える方法や、退職金としての支給、あるいは他の赤字資産との損益通算など、ITを駆使した多角的なシミュレーションで最適な着地点を探ります。

⑩Q.相続した土地を売る場合は、株式交換のような罠はありますか？
A.土地の場合、分筆（分ける）や合筆（合わせる）は同一性が認められますが、他人の土地と交換する「交換譲渡」などを行うと、株と同様に取得費加算が使えなくなる場合があるため注意が必要です。

【№7 まとめ】

本日は、静岡・浜松の経営者様にとって非常に重要な「株式交換と相続税特例」の関係を徹底解説しました。

ポイントを振り返ります。

相続した株を会社に売る際は「みなし配当特例」と「取得費加算」が強力な武器になる。

途中で「株式交換」が行われると、これらの武器（特例）が消滅するリスクが高い。

税務署は「言葉通り」の解釈（文理解釈）を徹底するため、「中身は同じだ」という主張は通りにくい。

静岡・浜松の地域密着企業こそ、ホールディングス化（HD化）や組織再編のタイミングに細心の注意が必要。

私たち最高のIT税理士法人は、DXを活用して複雑な税務リスクを「見える化」します。専門的な判例データベースと、お客様の個別状況を瞬時に照合し、日本一わかりやすいコンサルティングを提供することをお約束します。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3886号（2026年02月02日）「税務相談 資産税 株式交換により取得した完全親会社の株式を発行会社へ譲渡した場合のみなし配当課税の特例及び取得費加算の特例」税理士 香取 稔
参考：国税庁タックスアンサー「No.1477 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」（参照日：2026-03-12）
参考：e-Gov法令検索「租税特別措置法第9条の7（非上場株式を発行会社に譲渡した場合の課税の特例）」（参照日：2026-03-12）
参考：e-Gov法令検索「租税特別措置法第39条（相続財産に係る譲渡所得の課税の特例）」（参照日：2026-03-12）

【№9 該当条文の説明】

参考：e-Gov法令検索「租税特別措置法」の内容解説

① 租税特別措置法 第9条の7 第1項（みなし配当特例）
この条文には、「相続税の課税価格の計算の基礎に算入された非上場株式を、その発行した会社に譲渡した場合」と明記されています。ポイントは「算入された株式」そのものを譲渡する必要がある点です。株式交換によって交付された親会社株は、相続税の計算時点では存在していないため、文理上はこの要件を満たさないと解釈されます。

② 租税特別措置法 第39条 第1項（取得費加算の特例）
「相続税の課税価格の計算の基礎に算入された資産」を譲渡した場合に、納付した相続税額を所得計算に参入できる規定です。ここでも「算入された資産そのもの」が対象です。ただし、同条第7項では、土地の換地処分や権利変換など、特定の「強制的な変更」については、例外的に同一性を認める規定（条文化された救済措置）が存在します。

③ 所得税法 第57条の4 第1項（株式交換の課税繰り延べ）
株式交換時に所得税がかからない（譲渡がなかったものとみなす）規定です。相談事例では「この条文で譲渡がないとされるのだから、同一性はあるはずだ」という主張がなされましたが、課税当局や裁判所は「それは交換時の課税を遅らせるだけのルールであり、相続の特例判定にまで影響しない」という厳しい姿勢を貫いています。

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
無料相談をご希望の方は、最高のIT税理士法人へお気軽にお問い合わせくださいませ。
https://toc-tax.jp/contact/