ストック・オプションに関する税務調査の最新動向と実務対応
2026年4月30日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「ストック・オプションに関する税務調査の最新動向と実務対応」をお伝えさせていただきます！
【この記事で得られること】
ストック・オプションに関する税務調査の流れと注意点が分かります。
経営者や従業員がどこでミスしやすいかを具体的に理解できます。
今すぐできる実務対応とリスク回避策を知ることができます。
【№2 結論】
結論からお伝えします。
ストック・オプションは「申告漏れが非常に多い分野」です
国税当局は「リスト管理でピンポイント調査」を強化しています
放置すると「お尋ね→督促→調査」に進む可能性が高いです
★重要：
これからは「バレない」ではなく「必ず見つかる」前提で対応する必要があります。
一言まとめ：
ストック・オプションは「必ずチェックされる税務項目」です。
【№3 やさしい解説】
まず、ストック・オプションとは何かを簡単に説明します。
会社の株を将来安く買える権利
成長すれば大きな利益になる
ただし税金の計算が複雑
ここが落とし穴です。
★注意：
利益が出た時点で税金が発生するケースがあります。
具体的には2種類あります。
① 税制適格ストック・オプション
→ 行使時は非課税、売却時に課税
② 税制非適格ストック・オプション
→ 行使時に給与として課税
一言まとめ：
種類によって「課税タイミング」が違います。
今回のポイントはここです。
国税庁がチェック体制を強化
データ照合で対象者を抽出
無申告や誤りを自動検出
つまり、
★重要：
「知らなかった」は通用しない時代になっています。
【№4 具体例】
ここでは実務でよくあるケースを紹介します。
① スタートアップ役員
行使時に税金が出ることを知らない
申告せず放置
→ 後日まとめて課税
② 従業員の上場益
数千万円の利益発生
申告漏れ
→ 調査対象
③ 非適格SOの誤認
適格だと思っていた
→ 実は給与課税
④ 退職後の行使
会社と連絡が取れない
調書未確認
→ 申告漏れ
⑤ 株式売却時の取得費ミス
行使価格を取得費と誤認
→ 税額過少
⑥ 海外勤務者
日本で課税対象と認識していない
→ 追徴課税
⑦ ベンチャー企業創業者
税務知識不足
→ 多額の修正申告
⑧ 調書未確認
会社提出資料を見ていない
→ 数値ズレ
⑨ 税理士未関与
自己判断で申告
→ 計算ミス
⑩ 分割売却
複数年で管理できていない
→ 取得費混乱
一言まとめ：
「知らない」「勘違い」がほとんどの原因です。
【№5 手順】
では、どう対応すればよいのでしょうか。
① 自分のSOの種類を確認
適格か非適格か
② 行使日と価格を整理
書類で確認
③ 時価を把握
行使時点の株価
④ 所得区分を判断
給与か譲渡か
⑤ 必要書類を収集
調書、証券会社資料
⑥ 税額試算
概算でもOK
⑦ 確定申告
必ず期限内
⑧ 過去分の見直し
ミスがないか確認
⑨ 税理士に相談
専門家チェック
⑩ データ保管
将来の調査対策
★重要：
事前準備が9割です。
【№6 FAQ】
Q1 ストック・オプションは必ず申告が必要ですか？
A 必要になるケースが多いです。特に非適格は注意です。
Q2 税務署から連絡が来ることはありますか？
A あります。リスト抽出で対象になります。
Q3 無申告でもバレますか？
A 高確率で把握されます。
Q4 少額でも対象になりますか？
A なります。金額に関係ありません。
Q5 修正申告すれば大丈夫ですか？
A 早期対応ならリスク軽減できます。
Q6 税制適格なら安心ですか？
A 売却時の申告が必要です。
Q7 会社が対応してくれますか？
A 基本は個人責任です。
Q8 静岡市の中小企業でも対象になりますか？
A なります。地域は関係ありません。
Q9 浜松市のスタートアップでも同じですか？
A 同様に対象です。
Q10 税理士に依頼すべきですか？
A 強く推奨します。
Q11 過去分はいつまで遡りますか？
A 原則5年程度です。
Q12 調査になるとどうなりますか？
A 追徴課税＋加算税の可能性があります。
【№7 まとめ】
ここまでの内容を整理します。
ストック・オプションは税務リスクが高い
国税庁はリストで対象者を管理
申告漏れは重点チェック対象
★重要：
今後は「自動的に把握される時代」です。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3888号（2026年02月16日）「国税当局のストック・オプションに係る調査対応が判明」税務研究会
参考：国税庁タックスアンサー「No.1474 株式等の譲渡所得」（参照日：2026-03-30）
参考：国税庁タックスアンサー「No.1900 給与所得」（参照日：2026-03-30）
参考：e-Gov法令検索「租税特別措置法第29条の2」（参照日：2026-03-30）
【№9 該当条文の説明】
租税特別措置法第29条の2は、
税制適格ストック・オプションの要件を定めています。
主なポイントは以下です。
行使時は課税しない
売却時に課税
一定の条件を満たす必要あり
背景として、
ベンチャー支援のために設けられました。
ただし、
★注意：
要件を外れると非適格扱いになります。
非適格になると、
行使時に給与課税
税負担が一気に増加
一言まとめ：
条件を満たすかどうかが非常に重要です。
【結論（重要ポイントまとめ）】
ストック・オプションは必ず税務確認する
無申告や誤りは高確率で把握される
早めの整理と専門家対応が最重要
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
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