合併法人が支給する事前確定届出給与の手続きと注意点
2026年6月21日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「合併法人が支給する事前確定届出給与の手続きと注意点」をお伝えさせていただきます！
■ グループ企業の再編や経営統合でこのようなケースはありませんか？
静岡市や浜松市などの地域でも、複数の会社を経営する社長さまが増えています。
事業の拡大に伴い、子会社を作ったり、複数の法人の管理を一本化したりするケースです。
経営の効率化を進める中で、最もよく使われる手法が「吸収合併（きゅうしゅうがっぺい）」です。
子会社を親会社に丸ごと飲み込ませて、1つの組織にまとめる手続きを指します。
しかし、この合併を行う際に、多くの経営者さまが見落としがちな税金の罠があります。
それが「役員に対するボーナス（事前確定届出給与）」の引き継ぎに関するルールです。
■ 子会社で手続きを済ませていれば安心という大いなる誤解
役員のボーナスを会社の経費にするためには、事前に税務署へ書類を出さなければなりません。
これを「事前確定届出給与に関する届出書」と呼びます。
「子会社の方で、すでに税務署へ書類を出してあるから大丈夫だろう」
「親会社がすべてを引き継ぐのだから、そのままボーナスを払っても経費になるはずだ」
そのようにお感じになる経営者さまは非常に多いですし、ごく自然な感覚だと思います。
しかし、ここに税務上の非常に恐ろしい落とし穴が隠されているのです。
実は、子会社がどれだけ完璧に手続きをしていても、親会社が「ある特別な手続き」をやり直さないと、その役員ボーナスはすべて会社の経費として認められなくなります。
最悪の場合、支払ったボーナスの全額に余分な税金がかかり、大損をしてしまうのです。
この記事では、難しい専門用語を徹底的に噛み砕き、新入社員の方や初めて組織再編を行う方でも直感的に理解できるように解説します。
静岡や浜松の中小企業さまが、合併時の役員報酬設計で絶対に失敗しないための必須知識をどこよりも詳しくお届けします。
【この記事で得られること】
吸収合併を行った際、消滅する会社（子会社）の役員ボーナスの届け出がどのようになるのか、正しい税務上の取り扱いが分かります。
合併後の親会社（存続する会社）が、税務署に対していつまでにどのような書類を出し直さなければならないのか、具体的な期限が明確になります。
役員の二重課税や、経費（損金）の否認という大きなリスクを防ぎ、会社のキャッシュを守る実務手順が理解できます。
【№2 結論】
まず、合併法人が支給する事前確定届出給与に関する最も重要な結論から先にお伝えします。
吸収合併によって、消滅する会社（被合併法人）の役員が、存続する会社（合併法人）の役員に新しく就任し、消滅した会社で支払う予定だったボーナス（事前確定届出給与）を引き継いで支給する場合、存続する会社側で「改めて税務署への届出書の提出」を行う必要があります。
■ 最重要ポイントの要約
会社法では、合併によって消滅する会社のすべての権利や義務が、存続する会社に引き継がれると定められています。
しかし、税務署に対して書類を提出しているというステータスは、それぞれの会社にしか認められない「公法上の地位」であるため、自動的に引き継がれることはありません。
合併に伴って役員が新しく就任した形になるため、親会社（存続会社）側で「新規就任（臨時改定事由）」として、期限内に新しい届出書を出し直さなければなりません。
つまり、どれだけ子会社側で完璧に税務署へ約束の手紙を出していたとしても、合併というイベントが発生した瞬間に、その約束はリセットされてしまうのです。
引き継いだ親会社が、自らの名前で税務署に書類を提出し直さない限り、その役員へのボーナスを会社の経費（損金）にすることは1円も認められません。
この書類の提出期限は、「臨時株主総会などで役員への就任が決まった日から1ヶ月以内」という非常に短い期間に限られています。
静岡の顧問税理士による適正なアドバイスや、浜松の会社設立支援などを活用してグループの経営統合を進めるためには、この合併後のスピード感を持った手続きが極めて重要になります。
【№3 やさしい解説】
それでは、合併法人が支給する事前確定届出給与の仕組みと、なぜ自動的に引き継がれないのかという理由について、いくつかの項目に分けて分かりやすく解説していきましょう。
■ ① 吸収合併と法律の基本ルール
吸収合併とは、2つ以上の会社が1つになる手続きです。
このとき、消えてなくなる方の会社を「被合併法人（ひがっぺいほうじん）」、残って飲み込む方の会社を「合併法人（がっぺいほうじん）」と呼びます。
一般的なイメージとしては、子会社が消滅して、親会社が残るという形です。
会社法という法律では、消滅する会社の「権利と義務の全部」を、残る会社が引き継ぐと決まっています。
そのため、子会社が持っていた財産や、顧客との契約、銀行からの借金などは、手続きをすることなく自動的に親会社へと移ります。
★一言まとめ：会社の財産や借金は、合併によって自動的に親会社へ引き継がれるのが大原則です。
■ ② 「私法」と「公法」の超えられない壁
それなのに、なぜ税務署への届出は引き継がれないのでしょうか。
ここには、法律の種類の違いという大きな理由があります。
会社法や民法といった、民間人同士の取引や会社のルールを定めたものを「私法（しほう）」と呼びます。
一方で、税金や警察、行政との関わりを定めたルールを「公法（こうほう）」と呼びます。
合併によって自動的に引き継がれるのは、あくまで「私法上の権利や義務」だけです。
税務署という国の機関に対して「書類を出してある」という状態は「公法上の地位」にあたります。
この公法上の地位は、それぞれの会社に個別に与えられた固有の権利であるため、法律にわざわざ「引き継いでよい」という特別な文言（明文規定）が書かれていない限り、勝手に隣の会社へ移すことはできない仕組みになっているのです。
★一言まとめ：民間同士の契約は自動で引き継がれますが、税務署との約束（行政上の地位）は自動では引き継がれません。
■ ③ 法人税法には引き継ぎのルールがない
日本の法人税法をいくら細かく読み解いても、「合併によって、消滅する会社が提出していた事前確定届出給与の届出書を、残る会社が提出したものとみなす」といった親切な規定はどこにも載っていません。
ルールが載っていないということは、自動的な承継は一切認められないということを意味します。
そのため、親会社から見れば、消滅した子会社の届出書は「他人の会社が出した書類」でしかありません。
自社の経費にしたければ、自社の名前で、自社の管轄の税務署へ書類を出し直す必要があるのです。
★一言まとめ：税法の本には「自動で引き継げる」とは一言も書いていないため、他人扱いにされてしまいます。
■ ④ 役員と会社との「契約の終了」
もう一つの重要な理由は、役員と会社との関係性にあります。
社長や取締役といった役員は、会社と「委任契約（いにんけいやく）」という強い信頼関係に基づく約束を結んで働いています。
吸収合併によって子会社が消滅すると、その子会社と役員との間の委任契約は、その瞬間に完全に終了（消滅）します。
つまり、役員は一度、無職（役員ではない状態）に戻るわけです。
その後、親会社の役員として改めて迎え入れられるため、これは税務上「役員の新規就任（期中における就任）」と同じ扱いになります。
新しく役員になった人に対するボーナスなのだから、新しい会社で最初から手続きをやり直すのが筋である、と税法では考えられているのです。
★一言まとめ：合併によって前の会社との契約はリセットされ、新しい会社に「新入り役員」として入り直す形になります。
■ ⑤ 「新規就任」という大義名分（臨時改定事由）
役員報酬の金額やボーナスの設定は、原則として「期首（事業年度の始まり）」にしか行えません。
しかし、年度の途中で新しく役員になった人に対してまで「期首に手続きをしていないからボーナスは認めない」とするのは、あまりにも酷です。
そこで税法では、「役員が新しく就任したとき」や「役員の地位が大きく変わったとき」などの特別なイベントに限り、年度の途中であってもボーナスの届け出を認めるという例外ルールを設けています。
これを「臨時改定事由（りんじかいていじゆう）」や「職務地位変更等の事由」と呼びます。
今回の吸収合併による役員の移籍は、まさにこの「役員の新規就任」という例外ルートに該当します。
この大義名分を使って、親会社側で手続きを進めることになります。
★一言まとめ：年度の途中であっても、「新しい役員が入ってきた」という正当な理由があるため、特別に書類の提出が認められます。
■ ⑥ 提出期限は「1ヶ月以内」という超特急
この例外ルートを使う場合、書類を提出する期限が非常に短く設定されています。
具体的には、以下の日のうち、いずれか「早い方の日」までに親会社の税務署へ書類を出さなければなりません。
① 親会社の臨時株主総会などで、その役員の就任が決議された日から1ヶ月を経過する日
② 合併が実際に効力を生じた日（合併効力発生日）から1ヶ月を経過する日
合併の実務では、登記の手続きや契約書の巻き直し、従業員の保険の手続きなどで、経理担当者さまや社長さまは目が回るほどの忙しさになります。
そのバタバタの中で「1ヶ月」という期限は一瞬で過ぎ去ってしまいます。ここが実務上の最大の警戒ポイントです。
★一言まとめ：役員就任の決定からたったの1ヶ月以内に書類を出さないと、優遇措置は完全に消滅します。
■ ⑦ 1円のズレも許されない「支給の完全一致」
無事に親会社側で届出書の出し直しが完了したとしても、まだ安心はできません。
事前確定届出給与の最も恐ろしいところは、「届け出た日付」に「届け出た金額」を「1円の狂いもなく」実際に支払わなければならないという点です。
例えば、子会社時代に「12月10日に100万円（およそ1,000,000円）を支給する」と決めており、親会社での出し直しの書類にもその通りに記載したとします。
これを、親会社の資金繰りの都合で「12月20日に支払った」り、「少し減らして90万円（約900,000円）だけ支払った」りした場合、そのボーナスはすべて経費として認められなくなります。
合併後の親会社のルールやカレンダーに、支払いのスケジュールを完全に組み込んでおく必要があります。
★一言まとめ：日付も金額も、1日、1円たりとも書類とズレてはならないという、超がんじがらめのルールです。
【№4 具体例】
イメージをより具体的にするため、静岡や浜松に実在しそうなグループ企業や、吸収合併を行う場面を想定した10個の具体例を見ていきましょう。
■ ① 静岡市内で子会社を吸収合併した際、手続きを忘れて大損したケース
静岡市内で流通業を営む親会社（合併法人）が、経営効率化のために100％子会社（被合併法人）を吸収合併しました。
子会社の取締役であったAさんは、事前に子会社側で「冬のボーナスとして200万円（およそ2,000,000円）を支給する」という事前確定届出給与の届出を済ませていました。合併後、Aさんは親会社の取締役に就任し、予定通り親会社から200万円のボーナスを受け取りました。
しかし、親会社側で届出書の「出し直し」を行っていなかったため、税務調査で「親会社における経費（損金）としては一切認められません」と判定され、200万円全額が否認され、約70万円（およそ700,000円）の法人税等を追徴されてしまいました。
■ ② 浜松市内で専門家に事前相談し、期限内に書類を出し直して成功したケース
浜松市内で楽器部品の製造を行う親会社さまが、販売子会社を吸収合併した事例です。
浜松の会社設立支援や組織再編に強い税理士に事前に相談していたため、「子会社の届出は引き継がれない」というルールをあらかじめ把握していました。
合併の効力が発生した5月1日に臨時株主総会を開き、元子会社の社長Bさんを親会社の役員として選任すると同時に、冬に支払う予定のボーナス150万円（約1,500,000円）の支給日と金額を改めて決議しました。そこから3週間後の5月22日（1ヶ月以内の期限内）に、親会社の管轄である浜松の税務署へ新しく届出書を提出したため、冬のボーナスは無事に全額親会社の経費として認められました。
■ ③ 静岡市内で合併の「登記日」と「総会日」がズレて期限切れになったケース
静岡市内の建設会社さまで、7月1日を合併の日（効力発生日）として子会社を吸収しました。
役員の就任を決める臨時株主総会を、少し早めの「6月10日」に開催し、元子会社の役員Cさんの親会社への就任を内定（決議）していました。
経理担当者さまは「合併日である7月1日から1ヶ月以内（7月末まで）に出せば大丈夫」と思い込んでいましたが、税法のルールでは「就任が決議された日（6月10日）から1ヶ月以内」が期限となります。つまり7月10日が締め切りでした。書類を提出したのが7月25日だったため、期限遅れとして届出が却下され、役員ボーナスが経費にできなくなってしまった痛恨のミス事例です。
■ ④ 浜松市内で資金繰りの都合から「子会社時代の予定額」を減らして支給したケース
浜松市内の食品加工業のグループさまで、合併に伴い子会社の役員Dさんを親会社に迎え入れました。親会社側での届出書の出し直し（金額：100万円）までは完璧に済ませていました。
しかし、秋以降に原材料の価格が急騰し、親会社のキャッシュ（手元資金）が一時的に厳しくなってしまいました。社長の判断で「申し訳ないが、今回は70万円（約700,000円）に減額して受け取ってくれ」と、30万円を削って支給しました。
事前確定届出給与は、金額が変わった瞬間にルール違反となります。支払った70万円のすべてが経費にならなくなっただけでなく、Dさん個人には70万円に対する所得税が課されるという、最悪の利害関係を生んでしまいました。
■ ⑤ 静岡市内で親会社の「給与支給日」に合わせて1日だけズレてしまったケース
静岡市内のITベンチャー企業さまで、子会社時代の届出には「12月10日支給」と書かれていました。親会社で書類を出し直す際にも、そのまま「12月10日」と転記して税務署に出しました。
ところが、親会社の通常の役員報酬や従業員の給料の支給日は「毎月25日」でした。経理のシステム（クラウド会計）の都合上、別の日にお金を振り込むのが面倒だったため、他の社員の給料と一緒に「12月25日」にボーナスを振り込んでしまいました。
「同じ12月中なのだから問題ないだろう」と考えるのは大間違いです。指定された12月10日に1円も動いていなかったため、このボーナスは全額経費から除外（否認）される結果となりました。
■ ⑥ 浜松市内で合併後に役員の「役職（地位）」がアップしたケース
浜松市内の運送会社さまが、物流子会社を吸収合併しました。子会社時代には「平の取締役」として100万円（およそ1,000,000円）のボーナスを届け出ていたEさんですが、親会社へ移籍するにあたり、これまでの功績を評価されて「専務取締役」という高い地位で迎え入れられることになりました。
この場合、単なる新規就任だけでなく、「職務の地位の変更」という強い大義名分が加わります。親会社は臨時株主総会で「専務としての職務内容に見合う金額」として、150万円（約1,500,000円）に金額をアップさせて新しい届出書を提出しました。会社法上の手続きと地位の変更の事実が一致していたため、税務署にも適正な手続きとして認められました。
■ ⑦ 静岡市内で合併を機に役員ボーナスを「一円も支払わない」と決めたケース
静岡市内のアパレル製造業のグループさまで、合併によって子会社の役員Fさんが親会社の役員になりました。子会社時代には50万円（約500,000円）のボーナスが届け出されていました。
しかし、合併後のシナジー（相乗効果）がすぐに出ず、親会社の経営状態が芳しくなかったため、Fさんは「親会社の他の役員に申し訳ないので、今回のボーナスは辞退します」と申し出ました。
親会社は届出書の出し直しをあえて行わず、支給も「ゼロ（支給なし）」としました。手続きをしなければ、当然経費は発生しませんが、支払ってもいないお金に税金がかかるような実務上の実害はなく、波風を立てずに処理を終えることができました。
■ ⑧ 浜松市内で「銀行の休業日」に支給日が重なり、前営業日に支払ってセーフだったケース
浜松市内の不動産管理会社さまで、親会社での届出書に「支給日：10月11日、金額：100万円」と記載して提出していました。しかし、当年の10月11日は「土曜日」であり、銀行の窓口や通常の振込システムが休止していました。
経理担当者さまは、静岡の税務調査対策に詳しい税理士の指示のもと、定休日の前日である「10月10日（金曜日）」に前倒しして振り込みを行いました。
税法では、支給日が土日祝日の場合、その前営業日または翌営業日に支払うことは「正当な理由による取扱いの範囲内」として、予定通りの支給であると認めてくれます。カレンダーの罠を事前にクリアした見事な実務例です。
■ ⑨ 静岡市内で「元子会社の役員」が親会社の「従業員」になったケース
静岡市内の機械卸売業の会社さまで、子会社を吸収合併しました。子会社の取締役だったGさんは、親会社に引き継がれるにあたり、役員ではなく「営業部長（従業員）」という立場で入社することになりました。
子会社時代にGさんに対する事前確定届出給与の届出が出されていましたが、親会社では役員ではない（ただの従業員である）ため、事前確定届出給与のルールそのものが関係なくなります。
従業員に対するボーナスは、届け出をしていなくても全額が会社の経費（損金）になります。そのため、親会社での届出書の出し直しなどの面倒な手続きは一切不要であり、通常の冬のボーナスとして問題なく処理されました。
■ ⑩ 浜松市内で複数の子会社を同時に合併し、まとめて書類を提出したケース
浜松市内で介護事業や保育事業を複数の子会社で分けて運営していたグループ会社さまが、3つの子会社を同時に親会社へ吸収合併しました。それぞれの会社から合計4人の役員が親会社の役員へと移籍してきました。
親会社の経理部は、合併日に合わせて4人分の「新しい支給日と金額」を記載した、4枚の事前確定届出給与の届出書を一度に作成しました。
これらを親会社の管轄である浜松の税務署へ、合併から2週間後にまとめて一括で提出（e-Taxによる電子申告）しました。期限内（1ヶ月以内）にすべての役員分の手続きを網路したため、後日の税務調査でも1つの不備も指摘されず、完璧な経営統合が達成されました。
【№5 手順】
吸収合併が発生した際、消滅する会社から引き継いだ役員のボーナス（事前確定届出給与）を、親会社側で安全に経費にするための具体的な実務手順をステップ形式で解説します。
■ STEP①：合併の契約内容と、移籍する役員の顔ぶれを確認する
吸収合併の計画（契約書）が進む段階で、消滅する子会社の役員のうち、誰が親会社の役員（取締役や監査役など）として新しく就任するのかを正確にリストアップします。
その役員たちが、子会社時代に「事前確定届出給与に関する届出書」を提出していたかどうか、提出していた場合は「何月何日に、何円」支払う約束になっていたのか、書類の控え（税務署の受領印があるもの）を集めて内容を徹底的に確認します。
■ STEP②：親会社の「臨時株主総会」を開催し、役員就任とボーナスを議決する
合併の効力が発生する日（またはその直前の適切な時期）に、親会社の「臨時株主総会（または取締役会）」を実際に開催します。
この会議の中で、元子会社の役員を親会社の役員として新しく「選任」する決議を行うと同時に、その役員に対して「子会社から引き継いだ予定通りの日付・金額で、事前確定届出給与を支給する」旨を全員で話し合って決定します。
■ STEP③：就任日と職務開始日を明記した「株主総会議事録」を作成する
会議の終了後、法律上の強力な証拠となる「臨時株主総会議事録」をA4のプレーンな用紙で作成します。
議事録には、役員の選任が決まった日付（総会の日）を明記し、さらに「本日を親会社における職務の執行の開始の日とする」という文言を必ず入れます。そして、支給対象者の氏名、正確な支給日、1円単位の支給金額を1文字のミスもなく記載し、議長や出席取締役が実印を押印します。
■ STEP④：役員選任の日から1ヶ月以内に、親会社の税務署へ届出書を提出する
国税庁のウェブサイトから、親会社（合併法人）の名称を記載するための「事前確定届出給与に関する届出書」の新様式をダウンロードします。
届出書の「理由欄」には、単なる期首の改定ではなく「役員の新規就任（吸収合併による移籍）」である旨のチェックを入れます。そして、STEP③の議事録通りに日付と金額を転記し、役員選任の日（株主総会の日）から数えて「1ヶ月以内」の絶対的な期限までに、親会社の納税地を管轄する税務署へ提出（または電子申告）を完了させます。
■ STEP⑤：親会社の経理カレンダーに支給日を登録し、寸分狂わず支給する
税務署への書類提出が完了したら、親会社の給与計算ソフトやクラウド会計システムのスケジュールに、届け出た支給日を「最重要アラート」として登録します。
実際の支給日（例：12月10日）を迎えたら、親会社の銀行口座から、届け出た通りの総支給額から所得税などを天引きした正しい手取り金額を、役員の個人口座へ振り込みます。1日でもズレたり金額が変わったりしないよう、細心の注意を払って送金処理を行い、実務のすべてが完了となります。
【№6 FAQ】
合併法人が支給する事前確定届出給与の実務において、グループ経営を行う社長さまからよく寄せられる10個の疑問について、Q&A形式で分かりやすくお答えします。
■ Q1. 子会社が税務署に出していた古い届出書を、親会社の名前で「名義変更（訂正届）」するだけではダメですか？
A1. はい、名義変更や訂正の手続きだけで済ませることは一切認められません。解説の通り、税務署への届出という状態は、その会社にしか認められない固有の権利（公法上の地位）です。合併によって子会社という法人格（人格）そのものがこの世から消滅してしまうため、古い届出書は名義を変える対象すら失ってしまいます。そのため、親会社が「全く新しい手続き」として、最初から届出書を作り直して提出しなければなりません。
■ Q2. 期限である「1ヶ月以内」を過ぎてから合併の事実に気がついた場合、もう救済措置（後出し）は一切ないのでしょうか？
A2. 残念ながら、期限を過ぎてしまった場合の救済措置は「1ミリも」用意されていません。事前確定届出給与の提出期限は、税法の中で「厳格な不変期間（引き延ばすことができない期間）」として定められています。どれだけ「合併の実務が忙しくて忘れていた」「制度を知らなかった」という同情すべき理由があったとしても、1日でも期限を過ぎて提出された書類は、税務署の窓口で機械的に却下（無効処分）されます。その期の役員ボーナスを経費にすることは完全に不可能になります。
■ Q3. 静岡市内でクラウド会計システムを使っていますが、合併による役員の移籍と給与の仕訳で、IT経理上の注意点はありますか？
A3. 静岡のクラウド会計導入などを進めている企業さまからも非常によくいただく実務的なご質問です。合併日以降は、元子会社の役員のデータも親会社の給与計算システム（クラウドシステム）へ完全に統合する必要があります。その際、通常の「毎月の給料（定期同額給与）」のマスター登録とは別に、事前確定届出給与のための「特別な支給日・支給額」のアラート設定を必ずシステム内で行ってください。親会社の通常の支払日（例：25日）に引きずられて自動振込されてしまうとルール違反になるため、システムの設定を個別に分けることがIT導入の実務において極めて大切です。
■ Q4. 吸収合併ではなく、新しく持株会社（ホールディングス）を作ってその下に子会社をぶら下げる「株式移転」の場合も、届出の出し直しは必要ですか？
A4. いいえ、株式移転や株式交換によって「親会社・子会社」のグループ関係を作っただけであれば、子会社自体は消滅せず、そのままこの世に残り続けます。会社が変わらない（法人格が変わらない）のであれば、子会社の役員が提出していた事前確定届出給与の届出書は、そのまま子会社の中で有効に生き続けます。そのため、会社が消滅する「吸収合併」のときのような、親会社側での書類の出し直しという特殊な手続きは必要ありません。
■ Q5. 元子会社の役員が、親会社に移籍した後の最初のボーナスを支払う前に、親会社の業績が急激に悪化してしまいました。支給を中止することはできますか？
A5. はい、ボーナスを「1円も支払わない（全額を辞退する）」ということであれば、税務上の大きなペナルティを受けることなく支給を中止することができます。事前確定届出給与のルールでは、中途半端に減額して支払うのが最も重いペナルティ（支払った分もすべて経費にならない）を受けますが、株主総会などで「業績悪化のため、今回は役員賞与の支給を完全に一円も行わない」という決議をして支給をゼロにすれば、会社に余分な税金がかかることはありません。
■ Q6. 合併によって親会社の役員になる際、子会社時代に結んでいた「役員退職慰労金」の引き継ぎと、このボーナスの届出は何か関係しますか？
A6. これらは税法上、全く別の独立したルールとして処理されるため、直接の関係はありません。合併に伴って子会社を退職する際、子会社側から「退職金（退職慰労金）」を支給する場合は、通常の退職所得としての税務処理を行います。一方で、親会社に移籍した後の日々の活動に対するボーナスは、今回のテーマである「事前確定届出給与」の出し直し手続きによって管理します。両者を混同せず、それぞれの契約書や議事録を個別に分けて作成することが、静岡の税務調査対策などでも非常に重要です。
■ Q7. 親会社で届出を出し直す際、子会社時代に決めていた「支給金額（例：100万円）」を、親会社の都合で「150万円」に増やして税務署に出してもいいですか？
A7. 法律上、親会社への移籍は「新規就任」という扱いになるため、親会社の臨時株主総会で「我が社における彼の役員としての価値は150万円（約1,500,000円）である」と正当に決議すれば、150万円と記載して届出書を出すことは可能です。ただし、子会社時代の金額から大幅に跳ね上がっている場合、税務調査において「合併に乗じた不当な利益処分（税金逃れ）ではないか」と厳しくチェックされる原因になります。金額を増やす場合は、職務内容や責任の重さがどう変わったのかを説明できる合理的な理由が必要です。
■ Q8. 浜松市内で確定申告を行う際、合併法人から支払われた事前確定届出給与の「社会保険料」の計算はどうなりますか？
A8. 浜松での確定申告や毎月の給与事務において、非常に間違いやすいポイントです。吸収合併によって会社（健康保険・厚生年金の適用事業者）が変わるため、役員は子会社での社会保険を一度脱退し、親会社で新しく社会保険の加入手続き（資格取得届）を行うことになります。そのため、親会社から支給される事前確定届出給与（ボーナス）に対する社会保険料は、親会社の標準賞与額のルールに従って、新しい会社の計算マスターで天引き・納付を行う必要があります。
■ Q9. 届出書の「理由欄」にある「臨時改定事由」と「職務地位変更事由」のどちらに丸（チェック）をつければよいですか？
A9. 吸収合併に伴って、他社の役員だった人が自社の役員として新しく迎え入れられる場合は、税法上「役員の新規就任」に該当するため、基本的には「臨時改定事由（その他これに類するやむを得ない事情）」の欄にチェックを入れます。もし、親会社への移籍と同時に、平の取締役から代表取締役へ昇格するなど、社内での明確な「地位のアップ（格付けの変更）」が伴う場合は、「職務地位変更事由」にチェックを入れて手続きを行うケースもあります。迷った場合は独断せず専門家に確認しましょう。
■ Q10. 親会社が「合同会社」で、消滅する子会社が「株式会社」の場合であっても、この書類の出し直しルールは同じですか？
A10. はい、会社の形態（株式会社か合同会社か）がどのような組み合わせであっても、法人税法上のルールは100％完全に同じです。株式会社が合同会社を吸収合併する場合も、逆に合同会社が株式会社を吸収合併する場合も、税務署への届出（公法上の地位）が自動的に引き継がれないという原則は全く変わりません。存続する会社（合同会社であれば業務執行社員の決定手続きなど）において、期限内に新しい届出書を提出しなければならない実務の重みは同じです。
【№7 まとめ】
ここまで、グループ企業の再編や吸収合併を行う際における、消滅する会社から引き継いだ役員のボーナス（事前確定届出給与）の税務上の取り扱いと、具体的な手続きの進め方について詳しく見てきました。
事前確定届出給与は、会社の経営を支える役員へのボーナスを、合法的に100％経費（損金）に算入できる素晴らしい制度です。
しかし、今回のコラムで解説した通り、会社の形を変える「吸収合併」という一大イベントが発生した瞬間、この制度は経営者さまの直感とは真逆の、非常にシビアな牙を剥くことになります。
■ 合併実務における最大の防衛策
会社法で「すべてを引き継ぐ」と書かれているからといって、税務署への書類まで自動的に引き継がれるわけではありません。
行政との約束（公法上の地位）は、法人格ごとに個別に与えられた固有の座席であるため、合併後の親会社が「新規就任」という例外ルートを使い、たったの1ヶ月以内という超特急のスケジュールで書類を出し直さなければ、どれだけ子会社時代に完璧な手続きをしていても、すべてが水の泡（全額経費の否認）になってしまうのです。
合併の実務は、法務局への登記申請や、顧客へのあいさつ回り、組織の融和など、社長さまや経理担当者さまのエネルギーが最も消耗される時期です。
その忙しさの極みの中で、税法の細かい期限（1ヶ月）を正確に管理し、さらに冬や夏の支給日に「1円のズレもなく」お金を動かす体制を維持することは、自社だけの判断では非常に困難であると言わざるを得ません。
グループ経営の効率化という前向きな挑戦を、予期せぬ「税務調査での追徴課税」という悲しい結末で汚さないためにも、合併の計画が立ち上がった最初の段階から、プロの目を実務に介入させることが会社のキャッシュを守る最大の防衛策となります。
静岡・浜松の中小企業さまへ向けて、これらの複雑な再編税制のトラブルを未然に防ぎ、一番会社にお金が残る安全な経営革新へのルートを選択していくことが、これからの変化の激しい時代において会社を守り、持続的な成長を達成するための最も確実なステップとなります。
★重要：知らないと損するポイント
合併に伴う役員ボーナスの出し直しは、合併が成立して落ち着いた後からでは、原則として手遅れ（期限切れ）になります。
必ず「合併契約書に調印する前」や「臨時株主総会のスケジュールを組む段階」で、移籍する役員の届出状況を専門家とともに洗い出し、合併発生から30日以内にすべての書類を税務署へ出し切る実務フローを社内で徹底しましょう。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3895号（2026年04月06日）「ショウ・ウインドウ 合併法人が支給する事前確定届出給与」
参考：国税庁タックスアンサー「No.5211 役員に対する給与（平成29年4月1日以後支給開始分）」（参照日：2026-06-08）
参考：e-Gov法令検索「法人税法第34条（役員給与の損金不入）」（参照日：2026-06-08）
参考：e-Gov法令検索「法人税法施行令第69条（事前確定届出給与の届出期限）」（参照日：2026-06-08）
参考：e-Gov法令検索「会社法第2条（定義・吸収合併の規定）」（参照日：2026-06-08）
【№9 該当条文の説明】
今回の合併法人における役員給与と事前確定届出給与の実務において、すべての判断の根拠となる重要な法令とその位置づけについて分かりやすく解説します。
【法人税法第34条（役員給与の損金不入）】
■ 条文が作られた背景とこれまでの歴史
この法律は、会社が身内の役員に対して自由に高い給料やボーナスを支払い、会社の利益を意図的に減らして法人税から逃れるという行為を防止するために用意された、大変歴史が深くかつ厳格なルールです。
過去の大きな税制改正により、現在では役員に対する給与のうち、会社の経費（損金）にすることが認められているものは、毎月同じ金額を支払う「定期同額給与」、事前に税務署へ届け出る「事前確定届出給与」、そして上場企業などで導入される「業績連動給与」の3つのルートだけに完全に限定されています。
■ 条文の具体的な内容と合併法人における意味
法律の第1項第2号（事前確定届出給与の規定）では、その役員の「職務の執行の開始の日」など、国のルール（政令）で定める日までに、支給する時期と金額を記載した書面をあらかじめ税務署長に届け出ている場合において、その届け出た通りに支給される給与に限り、経費に算入することを例外的に認めています。
今回の税務通信の記事でも指摘されている通り、吸収合併によって子会社から親会社へ役員が移籍する場合であっても、この法人税法第34条の適用を全く同じように受けるため、親会社（合併法人）側で改めて「自社の役員としての職務の執行の開始の日」を定義し、新たな届出書を提出することが、引き継いだボーナスを経費として認めてもらうための絶対的な必須条件となっています。
【法人税法施行令第69条（事前確定届出給与の届出期限）】
法人税法第34条に書かれている「政令で定める日（提出の締め切り日）」の具体的なスケジュールを1行ずつ緻密に定めている、実務上極めて重い命令ルールです。
この施行令の第1項第1号ロ、および第4項第2号の規定により、役員の新規就任や臨時改定事由が生じた場合は、「その就任の決議があった日から1ヶ月を経過する日」までに書類を出さなければならないと厳格に決まっています。
吸収合併による役員の移籍は、税務上まさにこの「期中での新規就任」として判定されるため、この施行令第69条に定められた「1ヶ月」という一瞬の猶予期間の間に、親会社側で手続きを滑り込ませなければならないという、強力な時間的縛りの根拠となっている条文です。
【結論（重要ポイントまとめ）】
① 吸収合併によって消滅する会社（子会社）の役員が、存続する会社（親会社）の役員になり、子会社時代の予定ボーナスを引き継いで受け取る場合、親会社側で「改めて税務署への届出書の提出」を行う必要があります。
② 会社法上、民間同士の財産や契約（私法上の権利義務）は自動で引き継がれますが、税務署との約束（公法上の地位）は各法人に専属するものと扱われるため、自動的な承継は一切認められません。
③ 親会社側での書類の提出期限は、「臨時株主総会などで役員就任が決議された日から1ヶ月以内」という非常に短い期間に限られており、1日でも遅れるとボーナス全額が経費として否認されます。
読者の皆さまが次にすべき行動は、現在進めている（または将来予定している）グループ内の吸収合併の計画書やスケジュール表を見直し、「消滅する会社側に、事前に届け出ている役員ボーナスが残っていないか」を徹底的に洗い出すことです。もし該当する役員がいる場合は、合併後の忙しさに紛れて期限を過ぎてしまう前に、すぐに地元の信頼できる専門家へ相談して、合併日からの「逆算スケジュール」を確定させましょう。
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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