関連者間取引の書類保存と電子帳簿保存法の適用関係

2026年7月20日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高のIT税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「関連者間取引の書類保存と電子帳簿保存法の適用関係」をお伝えさせていただきます！

【この記事で得られること】
関連者間取引における「特定事項記載書類」の保存義務と、その例外ルールが理解できます。

電子メール等で取引情報を受け取った場合に、電子帳簿保存法上求められる保存対応が明確になります。

関連者間で発生する双方の保存義務と、実務での正しい準備の進め方がわかります。

【№2 結論】

グループ企業や関連会社との取引が多い経営者さまにとって、書類保存のルールは非常に重要です。特に令和8年4月以降は、取引形態に応じた保存義務の整理が欠かせません。

★重要：このルールは、電子化された取引と紙の書類を適切に使い分けることが肝です。

関連者間取引で契約書等に不足がある場合、その情報を補う書類（特定事項記載書類）の保存が義務化されます。

メール等の電子取引で特定事項を取得した場合、特例としての書類保存は不要ですが、代わりに電子帳簿保存法の要件を満たした電子データ保存が必要です。

電子取引の場合は、受け取った側だけでなく「送った側」の関連者にも同様の保存義務が発生するため、双方がデータを適切に管理しなければなりません。

静岡や浜松の企業さまが今すぐ行うべきは、関連者との取引方法（紙かメールか）の再確認と、電子保存環境の整備です。

【№3 やさしい解説】

そもそも、なぜ関連者間取引の書類保存について、これほど細かいルールが設けられているのでしょうか。それは、グループ会社間での恣意的な取引を防ぎ、適正な税務申告を確保するためです。ここでは、経営者さまが迷いやすいルールを整理します。

★重要：知らないと損するポイント
「関連者間取引の書類保存の特例」とは、会社同士で契約を結ぶ際に、詳細な計算根拠などが記載されていない場合、その根拠を明らかにする補足書類を作ったり取得したりして保管しなさい、というルールです。
しかし、最近はメールでこうした情報をやり取りすることが増えています。
ここでの落とし穴は、「メールで受け取ったなら、その紙（書類）を保存しなくていいんだ」と勘違いして、データの保存がおろそかになることです。

★注意：よくある誤解
「自分は受け取った側だから保存義務があるけれど、送った関連会社は関係ないよね？」という声を聞きます。
これは間違いです。
電子取引の場合、送った側にも「データの送信記録」として保存義務が生じます。

★実は〜という補足
このルールが適用される関連者間取引には、工業所有権（特許など）の譲渡や、一定の役務提供（サービス提供）が含まれます。
静岡や浜松の製造業で、技術ライセンスを関連会社とやり取りしている場合などは特に注意が必要です。

★一言まとめ
「紙なら特定事項の書類を保存し、メールなら電子データとして法律のルールに従って保存する」という使い分けが必要です。

【№4 具体例】

① 開発契約の締結：
静岡市の本社と浜松市の関連子会社で技術開発契約を締結。金額計算の明細が契約書にない場合、補足書類を取得・保存します。

② メールの添付ファイル：
関連会社から技術仕様や金額根拠をメールで受領。この場合、紙の保存ではなく、電子取引データとしての保存要件を満たす必要があります。

③ データの誤削除：
電子取引データが適切に保存されておらず、税務調査で「保存要件を満たしていない」と指摘されるケースです。

④ 関連者への指導：
子会社に対して、親会社がメールを送る際、「取引データとして適切に検索可能な状態で保存するように」とガイドラインを共有します。

⑤ システムの検索機能：
電子保存する際、年月日、取引先、金額で検索できるようにソフトを設定します。

⑥ タイムスタンプの検討：
訂正や削除ができないシステムを使うか、タイムスタンプを付与することで法的要件をクリアします。

⑦ 関連者への書類交付：
内国法人が作成した特定事項記載書類を関連会社に交付した場合、関連会社側は「写し」を保存します。

⑧ 電子取引の定義の拡大：
EDI取引やネット上の専用サイトを通じたやり取りも電子取引に含まれます。

⑨ 事務処理規程の策定：
訂正や削除に関するルールをまとめた事務処理規程を作っておくことで、検索機能要件を柔軟にクリアできます。

⑩ グループ内調査：
グループ全体で、どのような形式で取引情報を保存しているか、年に一度チェックを行う運用にします。

【№5 手順】

■ 書類保存・電子保存の適正化ステップ

STEP①：関連者間取引の契約内容を再確認
契約書に「対価の算定根拠」が明記されているか確認します。不足がある場合は特定事項記載書類の作成が必要です。

STEP②：取引の手段を分類
紙でやり取りしているか、メール（電子取引）で行っているかを整理します。

STEP③：電子取引データの保存環境を整備
メールでやり取りする場合、電子帳簿保存法の検索要件（日付、金額、取引先で検索できること）を満たす環境を構築します。

STEP④：事務処理規程の作成・運用
訂正・削除を防ぐための社内ルール（事務処理規程）を作成し、従業員へ周知徹底します。

STEP⑤：関連者との情報共有
関連会社間でも同じルールを適用できるよう、書類やデータの保存ルールをグループ全体で統一します。

【№6 FAQ】

Q1：静岡市の親会社が関連会社からメールで請求書を受領した場合の保存は？
A1：電子取引データとして、検索機能を確保した状態で電子保存が必要です。

Q2：関連会社から届いたメールの本文に特定事項が書かれている場合は？
A2：メール自体が取引情報に該当するため、メールデータの保存が求められます。

Q3：特定事項記載書類の特例はどのような場合に適用されますか？
A3：契約書に対価の算定方法などの詳細な記載がない場合に、補足書類として保存します。

Q4：電子取引の保存要件を満たさないとどうなりますか？
A4：青色申告の承認取り消しリスクや、調査時の指摘事項となる可能性があります。

Q5：浜松市の関連会社に交付した書類の写しは保存が必要ですか？
A5：関連会社側で、自己が作成・交付した書類として、その写しの保存が求められます。

Q6：紙の書類をスキャンして保存した場合は？
A6：スキャナ保存の要件を満たす必要がありますが、電子取引データの場合は別途ルールが異なります。

Q7：関連会社間でのデータのやり取りはすべて対象ですか？
A7：工業所有権の譲渡など、特定の取引が対象です。個別のケースは専門家に相談ください。

Q8：検索機能はどのようなソフトで行えばよいですか？
A8：市販の電子帳簿保存法対応の会計ソフトや、検索機能付きのクラウドストレージを活用してください。

Q9：事務処理規程はどこで入手できますか？
A9：国税庁のサイトに雛形がありますので、自社の実態に合わせてカスタマイズしてください。

Q10：電子取引データはいつまで保存が必要ですか？
A10：法人税法上の帳簿書類と同様に、原則として7年間の保存が必要です。

【№7 まとめ】

関連者間取引の書類保存ルールは、取引の「透明性」を高めるために非常に重要です。

【結論（重要ポイントまとめ）】
契約書に不足がある場合は補足書類を保存し、メール取引の場合は電子保存ルールを厳守する。

電子取引の場合は、受け取った側と送った側の双方が保存義務を負うことを忘れない。

静岡・浜松の企業さまは、グループ全体で保存ルールの認識を統一し、早期の体制構築を目指す。

迷いやすい保存義務について、少しでも不安があればいつでもお声がけください。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3899号（2026年05月11日）「関連者間取引の書類保存と電帳法の適用関係（前編）」編集部
参考：国税庁タックスアンサー「No.6200 電子帳簿保存法等の概要」（参照日：2026-07-10）
参考：e-Gov法令検索「電子帳簿保存法」（参照日：2026-07-10）

【№9 該当条文の説明】

参考：e-Gov法令検索「電子帳簿保存法（電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律）」の内容解説

■ 法制度の趣旨
電子帳簿保存法は、デジタル化が進む現代のビジネス環境において、紙の書類管理という負担を軽減しつつ、適正な税務申告を確保することを目的としています。特に第7条では、電子取引を行った場合にその取引情報を電子データの形式で保存することが義務付けられています。

■ 逐条的な解釈のポイント
第7条において、電子取引を行う際、その「取引情報（契約書や注文書、見積書などに通常記載される事項）」を電磁的記録として保存することが明記されています。関連者間取引の特例においても、この電子帳簿保存法のルールが優先的に適用されるため、メール等の電子取引で情報をやり取りした場合は、紙での保存ではなく電子データの保存要件（検索機能の確保、タイムスタンプや訂正削除防止のルール）を遵守する必要があります。

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
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