源泉徴収票のみなし提出特例と実務上の注意点
2026年7月21日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高のIT税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「源泉徴収票のみなし提出特例と実務上の注意点」をお伝えさせていただきます！
【この記事で得られること】
令和9年1月以降に始まる、源泉徴収票の税務署への提出が不要になる新しいルールがわかります。
中途退職者や電子提出義務の判定など、実務で迷いやすいポイントを整理できます。
会社が準備しておくべき手続きや注意点を、専門用語を使わずに解説します。
【№2 結論】
源泉徴収票の提出ルールが、令和9年1月1日以後提出分から大きく変わります。給与支払報告書を市区町村に提出すれば、税務署への源泉徴収票提出が不要になる「みなし提出特例」が創設されました。
★重要：この変更により、手続きの手間は減りますが、電子提出義務の判定などは慎重に行う必要があります。
原則として、市区町村への給与支払報告書提出により、税務署への源泉徴収票提出は完了したとみなされます。
中途退職者分の源泉徴収票も、令和9年以降にまとめて提出する場合にはこの特例が使えます。
電子提出義務があるかどうかの判定には、特例で提出しなかった枚数も含める必要があるため注意が必要です。
静岡や浜松の中小企業さまは、この特例を活用することで二重提出の手間を削減し、本業に集中できる環境を整えましょう。
【№3 やさしい解説】
これまでは、給与の支払いがあるたびに、市区町村と税務署のそれぞれに書類を提出しなければなりませんでした。似たような内容を複数の場所に送るため、事務負担が重いという声が多くありました。そこで、国はこの二度手間を解消する新しいルールを作りました。
★重要：知らないと損するポイント
「みなし提出特例」とは、一言でいえば「市区町村に書類を出せば、税務署にも出したことにしてあげる」という仕組みです。
これまで別々に行っていた手続きが、市区町村への一回で済むようになります。
★注意：よくある誤解
「提出が不要になったのだから、電子提出義務の計算にはカウントしなくていいよね？」と思う方がいらっしゃいます。
実は、これは間違いです。
電子的な提出が義務付けられているかどうかの判定（枚数カウント）には、この特例で「出したものとみなされた分」もしっかり含めて数える必要があります。
★実は〜という補足
この特例は、退職所得の源泉徴収票など、他の法定調書には適用されません。
そのため、他の書類を出すために「法定調書合計表」を税務署に出す場合は、引き続き提出が必要になるケースがあるのです。
★一言まとめ
「手間は減るが、カウントはこれまで通りしっかり数える」と覚えておいてください。
【№4 具体例】
① 年末調整後の源泉徴収票：
従業員全員分を市区町村に給与支払報告書として提出すれば、税務署への源泉徴収票提出は不要です。
② 年の途中で退職した従業員：
令和8年分の中途退職者分も、令和9年以降に市区町村にまとめて報告すれば、税務署提出は不要となります。
③ 電子提出義務の判定：
過去に税務署へ提出していた枚数が30枚以上の企業は、その後も電子提出が必要です。この枚数には「みなし提出」分も含めます。
④ 退職所得の源泉徴収票：
この特例は「給与・年金」が対象です。退職所得は対象外ですので、従来通り税務署への提出が必要です。
⑤ 法定調書合計表の作成：
給与所得の分は不要でも、他に退職所得などの法定調書がある場合は、合計表の提出は省略できません。
⑥ 30万円以下の退職者：
提出の対象範囲が整理されました。中途退職者でも支払金額30万円以下の場合は、そもそも提出不要となるケースがあります。
⑦ 静岡市の企業での運用：
これまで税務署と静岡市役所に行っていた二重の手間が、静岡市役所のみに集約できるようになります。
⑧ 浜松市の企業での運用：
浜松市に給与支払報告書を提出するだけで、税務署側でのデータ連携が自動で行われるようになります。
⑨ クラウド会計の活用：
IT導入を進めている企業では、ソフトが自動で「提出不要」と判定してくれる機能が搭載される見込みです。
⑩ 税務調査の視点：
「みなし提出」を過信して電子提出義務の判定を誤ると、不備として指摘される可能性があるため注意が必要です。
【№5 手順】
■ 手続きの進め方と注意点
STEP①：給与支払報告書の提出状況を確認
これまで同様、市区町村への給与支払報告書の提出を期日通りに行います。
STEP②：特例対象外の法定調書がないかチェック
退職所得や報酬の支払いなど、他の法定調書が税務署へ提出が必要なものか確認します。
STEP③：電子提出義務の枚数を再計算
基準となる年に提出すべきであった枚数を、みなし提出分も含めて正しく集計します。
STEP④：合計表の記載内容を整理
税務署に提出する法定調書のみを合計表に記載し、給与所得分は記載を省略します。
STEP⑤：関連する書類の保存
提出が不要になったからといって書類を捨ててはいけません。社内保存用の源泉徴収票は、これまで通り保管してください。
【№6 FAQ】
Q1：静岡市内の会社ですが、この特例はいつから使えますか？
A1：令和9年1月1日以後に提出すべき分から適用されます。
Q2：中途退職者の源泉徴収票も特例に含まれますか？
A2：はい、令和9年以降に取りまとめて提出する分は対象となります。
Q3：浜松市に提出すれば、自動的に税務署にデータがいくのですか？
A3：はい、市区町村から税務署へ情報が送られる仕組みになります。
Q4：電子提出義務の枚数判定に、みなし提出分を入れる理由は？
A4：実質的な提出業務量で義務を判定するため、カウント対象として計算します。
Q5：退職所得の源泉徴収票はどうすればいいですか？
A5：本特例の対象外ですので、これまで通り税務署へ提出してください。
Q6：提出が不要な分も、合計表に記載が必要ですか？
A6：いいえ、税務署へ提出しない源泉徴収票の記載は不要です。
Q7：給与支払報告書の提出範囲は変わりますか？
A7：はい、30万円以下の退職者を除くなど、提出範囲が給与支払報告書と同範囲になります。
Q8：特例を利用しても合計表を出す必要があるケースは？
A8：他の法定調書（退職所得や報酬など）を税務署に提出する場合、合計表も併せて必要です。
Q9：紙で提出する場合も特例は使えますか？
A9：はい、提出手段に関わらず、報告書を出せば源泉徴収票は提出したとみなされます。
Q10：クラウド会計での設定はどうすればいいですか？
A10：ソフトのアップデートを確認し、みなし提出設定が有効になるよう設定してください。
【№7 まとめ】
この特例は、事務手続きの効率化を図るための大きな一歩です。
【結論（重要ポイントまとめ）】
令和9年1月以降は、市区町村への報告書提出がメインの手続きとなります。
電子提出義務の枚数カウントには、特例で不要になった枚数も忘れずに含めること。
他の法定調書を出す際は、合計表の提出がまだ必要であることを覚えておく。
静岡・浜松で事業を展開される皆さまが、新しい制度を賢く使い、無駄な事務作業を減らせるよう、当事務所がしっかりサポートいたします。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3899号（2026年05月11日）「国税庁 源泉徴収票のみなし提出特例Q&Aを公表」編集部
参考：国税庁タックスアンサー「No.7411 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表の提出」（参照日：2026-07-10）
参考：e-Gov法令検索「所得税法 第226条」（参照日：2026-07-10）
【№9 該当条文の説明】
参考：e-Gov法令検索「所得税法 第226条 第6項」の内容解説
■ 法制度の趣旨
給与所得者等の源泉徴収票について、地方税法に基づく給与支払報告書の提出と税務署への提出の二重の手間を省き、納税者の事務負担を軽減するために創設されました。行政間のデータ連携により、税務署が市区町村の提出情報を確認できるようになったことが背景にあります。
■ 逐条的な解釈のポイント
第6項では、給与支払報告書が市区町村長に提出された場合、その範囲内で源泉徴収票の提出義務が免除される旨が規定されています。これにより、実務上は、給与支払報告書を提出すれば、税務署への別途の提出を省略できるという解釈になります。ただし、すべての法定調書が対象となるわけではなく、あくまで「給与所得・公的年金等の源泉徴収票」に限定されている点に注意が必要です。
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
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