免税事業者からの仕入れとインボイス経過措置に伴う法人税処理の重要ポイント

2026年7月26日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高のIT税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「免税事業者からの仕入れとインボイス経過措置に伴う法人税処理の重要ポイント」をお伝えさせていただきます！

【この記事で得られること】
令和8年10月から変更される、免税事業者からの課税仕入れに係る消費税控除割合の段階的なルールがわかります。

税抜経理を採用している企業が、決算時に行うべき正確な経理処理と申告調整の手順が理解できます。

棚卸資産（在庫）がある場合に生じる特有の税務上の注意点と、実務での防衛策を習得できます。

【№2 結論】

インボイス制度が浸透する中で、多くの経営者さまが気にされているのが「免税事業者からの仕入れ」に関するルールです。制度開始後の経過措置は、令和8年10月を境に大きな転換期を迎えます。ここでは、法人の経営判断において絶対に押さえておくべき「結論」を先にお伝えします。

★重要：この見直しは、単なる税率の変更ではなく、仕入れコストの実質的な変動と決算処理の複雑化を意味します。

インボイス経過措置の見直しで、経営者が把握すべきポイントは以下の3点です。

令和8年10月1日以降、免税事業者等からの仕入れに対する控除可能割合が「8割」から「7割」へ引き下げられます。

控除できなかった金額は税務上「消費税額」として認められないため、取引対価の額として経理処理（損金算入）をする必要があります。

在庫として期末に残っている場合、損金に算入できないため、申告調整（所得金額への加算）が必須となります。

静岡や浜松の経営者さまが今すぐ取り組むべきは、会計システムの設定変更と、期末における在庫金額の適正な把握です。

【№3 やさしい解説】

そもそも、なぜ仕入れ先が「インボイス発行事業者かどうか」で計算がこれほど変わるのでしょうか。多くの社長さまが疑問に思う「仕組み」の部分を、専門用語を控えめにして解説します。これを知っておくだけで、決算の混乱を未然に防ぐことができます。

★重要：知らないと損するポイント
インボイス制度が始まってから現在まで、免税事業者からの仕入れでも、一定の割合で消費税を払ったものとみなして控除できていました。
これが、令和8年10月からはその「みなせる割合」が段階的に減らされていきます。
つまり、これまでと同じ仕入れ先から同じ金額で購入していても、控除できる消費税額が減る分、会社が負担する実質的な税金は増えていく仕組みです。

★よくある誤解
「消費税の計算だけの話で、法人税には関係ないのでは？」という質問をよく受けますが、これは「いいえ」です。
法人税の計算においては、消費税として控除できなかった分を「仕入れのコストの一部」として扱わなければなりません。
これを誤ると、正しい所得計算ができず、過少申告のリスクが発生します。

★実は〜という補足
「控除対象外消費税額」という言葉と混同する人が多いですが、これは別の話です。
今回は、インボイス制度の経過措置に基づき、「消費税としては認められない部分」をどう会計処理するかという問題です。
静岡・浜松の現場では、インボイス未登録の職人さんや個人事業主からの仕入れが多い業種で特に影響が大きいため、経理の徹底が欠かせません。

★一言まとめ
「経過措置の控除分が減る＝経費（または原価）として処理する部分が増える」と覚えておいてください。

【№4 具体例】

① 福利厚生費の支払い：
免税事業者の飲食店から11,000円（税込）の弁当を購入。10月以降、控除可能な消費税額は「支払対価×7.8/110×70%」となり、残りは経費に含めます。

② 消耗品の購入：
事務用品を免税事業者から購入。10月からは控除割合が7割となるため、残り3割分を「消耗品費」として損金計上します。

③ 商品の仕入れ（即売）：
免税業者から商品を仕入れて即座に売却した場合、控除されなかった分は売上原価として損金に算入されます。

④ 商品の仕入れ（在庫あり）：
期末に在庫が残っている場合、仕入れ時に仮払消費税等として処理していても、税務上は在庫に含まれるため加算調整が必要となります。

⑤ 簡易課税の適用：
簡易課税制度を使っている場合、この経過措置とは別に計算ルールが適用されるため、個別の計算は原則不要です。

⑥ 2割特例・3割特例：
これらの特例を選択している事業者は、経過措置の複雑な計算をスキップして簡易な計算ができる場合があります。

⑦ 外注費の支払い：
デザインなどをフリーランスへ依頼している場合、インボイス登録の有無を確認しないと、法人の実質負担額が大きく変わります。

⑧ システム設定の変更：
会計ソフトの自動計算設定を、10月1日を境に「経過措置7割」へと更新し、ミスを防ぐ必要があります。

⑨ 決算修正の漏れ：
期末にまとめて雑損失処理をした結果、棚卸分を含めて全額損金にしてしまい、税務調査で指摘されるリスクがあります。

⑩ 複数仕入れ先の管理：
適格請求書発行事業者と免税事業者が混在する場合、会計ソフト側でインボイスの有無をフラグ管理することが不可欠です。

【№5 手順】

■ 決算対応のステップ

税務申告において、経過措置の取り扱いは「雑損失」と「棚卸資産」の切り分けが重要です。

STEP①：免税事業者からの仕入れ分を抽出
会計システム上で、インボイス発行事業者以外からの仕入れとそれ以外を区分けします。

STEP②：控除可能な消費税額とみなされない額を計算
令和8年10月1日を境に、控除割合（8割から7割へ）を適用して、「税務上の消費税」と「原価（経費）に含める金額」を算出します。

STEP③：決算時に雑損失として処理
決算処理で、控除対象外となった分を雑損失などの項目に計上し、損金として処理します。

STEP④：期末在庫の確認と申告調整
期末に残っている在庫の金額を計算し、その中に含まれる「消費税とみなされない金額」を売上原価から除外し、法人税の所得に加算します。

STEP⑤：申告書別表での調整確認
別表四にて、在庫分に含まれる控除対象外消費税額を所得金額に加算する処理を忘れずに行います。

【№6 FAQ】

Q1：静岡市でパートを雇用していますが対象ですか？
A1：給与支払いはそもそも課税仕入れではないため、インボイスの影響は受けません。

Q2：前年より控除率が下がると税金は増えますか？
A2：控除できる消費税額が減るため、結果として納める消費税は増える傾向にあります。

Q3：教育訓練費とは何ですか？
A3：講師への謝金などが免税事業者からであれば、インボイス対応が必要です。

Q4：社内研修の人件費は入りますか？
A4：人件費は仕入れではないため関係ありませんが、講師料は対象になります。

Q5：浜松市で助成金を受けていますが問題ありますか？
A5：助成金は収益となりますが、仕入れの消費税計算とは切り離して考えます。

Q6：在庫がない場合は申告調整は不要ですか？
A6：全額が損金となるため、在庫調整としての申告調整は不要になります。

Q7：簡易課税を使っている場合はどうなりますか？
A7：簡易課税制度を適用している場合、この経過措置計算は不要です。

Q8：別表四への調整は自動でできますか？
A8：多くの会計ソフトでは手動計算が必要ですので、必ずチェックしてください。

Q9：役員報酬などは対象外ですか？
A9：はい、役員報酬は課税仕入れに該当しないため対象外です。

Q10：電子申告でのミスを減らすには？
A10：インボイスの有無で取引をタグ付けし、決算時に抽出する運用をお勧めします。

【№7 まとめ】

インボイス経過措置の見直しは、実務上の負担を増やす要因となりますが、正しい知識を持つことでミスや調査のリスクを防ぐことができます。

【結論（重要ポイントまとめ）】
令和8年10月以降の経過措置の変更割合（7割控除）を正確に把握する。

控除できなかった分を適正に「経費」や「棚卸資産」に組み込む。

期末在庫に含まれる金額を調整し、税務申告で適切に加算処理を行う。

静岡・浜松の中小企業さまが、インボイス制度に振り回されず、本業の成長に専念できるよう、私たちも精一杯サポートいたします。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3899号（2026年05月11日）「免税事業者等からの課税仕入れの法人税処理」編集部
参考：国税庁タックスアンサー「No.6498 中小事業者等の納税義務の免除」（参照日：2026-07-10）
参考：e-Gov法令検索「消費税法」（参照日：2026-07-10）

【№9 該当条文の説明】

参考：e-Gov法令検索「消費税法及び消費税法等の施行に伴う法人税の取扱いについて」の内容解説

■ 法制度の趣旨
本通達等は、仕入税額控除の経過措置の適用がある場合、法人税の所得計算において、控除できない金額をどのような損金処理とするかを定めています。課税公平の観点から、法人税法上の「取引対価」を正しく計算する目的があります。

■ 逐条的な解釈のポイント
消費税経理通達では、インボイス登録事業者以外からの仕入れにつき、経過的に認められる控除額を「仮払消費税等」として処理できる一方、認められない分は「費用」または「取得価額」に算入しなければならないとしています。特に第14の2などでは、在庫発生時の処理が明確にされており、期末に費用化されない金額については、法人税所得への加算調整が求められます。これは、税務上の控除対象額が仮払消費税等として計上されるという原則があるためです。

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
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