関連者間取引の書類保存特例と外国法人

2026年7月31日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高のIT税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「関連者間取引の書類保存特例と外国法人」をお伝えさせていただきます！

【この記事で得られること】

令和8年度改正で新設された「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」の内容がわかります。

内国法人に課される新たな書類保存義務と、違反時のペナルティを理解できます。

静岡・浜松の企業が、グループ内取引や関連会社との取引で注意すべき実務ポイントを把握できます。

「グループ会社との取引に、新しい書類保存のルールができたらしい」
そんな話を聞いて、不安に感じている経営者の方はいませんか？
令和8年4月1日以後に開始する事業年度から、関連者（グループ会社など）との取引において、契約内容を詳しく証明する書類の保存が義務化されました。
このルール、実はかなり重要です。
もし書類の保存ができていないと、「青色申告の取り消し」という非常に重いペナルティを受ける可能性があるのです。
静岡や浜松で成長を続け、関連会社が増えてきた企業様にとって、この改正は決して他人事ではありません。
本日は、この新しい制度の要点を、専門税理士の視点で誰よりもわかりやすく解説します。

【№2 結論】

この特例は、内国法人が関連者（グループ企業など）と特定の取引（工業所有権の貸付や役務提供など）を行う際に、契約書等で不足している取引明細などを補完する「特定事項記載書類」の取得・保存を求めるものです。
この書類を保存しない場合、青色申告承認の取り消しという厳しい処分が下される可能性があります。
制度の対象は内国法人であり、外国法人は原則として除外されますが、静岡・浜松の企業様においては、関連会社との契約実態を今一度見直し、必要な書類を整えることが急務です。

【№3 やさしい解説】

そもそも「関連者間取引の書類保存特例」とは何か。
簡単に言えば、「グループ会社の間で行う取引が、本当に適正な価格や内容で行われているのか、書類でちゃんと証明しなさい」というルールです。

★重要：知らないと損するポイント
これまでの契約書だけで安心していると危険です。
契約書に「対価の額の明細」などが詳しく書かれていない場合、その情報を補うための「特定事項記載書類」を別途作成・保存しておかなければなりません。
税務調査の際、この書類が出てこないと、青色申告の承認が取り消されるリスクがあります。
青色申告が取り消されると、欠損金の繰越控除ができなくなるなど、税負担が激増する可能性があるのです。

★注意：よくある誤解
「外国法人だから関係ない」「内国法人同士の取引だから大丈夫」といった思い込みは禁物です。
特に、海外に拠点を持つ日本法人は要注意です。
ただし、日本に支店がある外国法人の場合、もともと別のルールで文書化が求められているため、今回の特例による新たな書類作成は不要とされています。

静岡や浜松からグローバルに展開する企業様や、グループ企業を抱える中小企業様は、「自分たちの取引が対象になるのか」を早めに整理しておくことが大切です。

【№4 具体例】

実務で想定される具体的なケースを10個挙げます。

① 浜松市の本社が、海外の関連会社に対してシステム利用料を請求する際、単価の根拠が契約書にないケース。
② 静岡市の法人が、グループ内の別会社に特許権を貸し出しているが、使用料の計算根拠を書類にしていないケース。
③ グループ会社間で役務提供（コンサルティング等）を行っているが、契約書が簡素すぎて詳細な明細がないケース。
④ 税務調査で書類の保存不備を指摘され、青色申告を取り消される恐れがあるケース。
⑤ 海外拠点を持つ静岡の法人が、現地のグループ会社との取引記録をどう保管すべきか悩んでいるケース。
⑥ 内国法人同士であっても、資本関係がある企業間での取引価格の妥当性が問われるケース。
⑦ 制度が適用される「令和8年4月以後開始事業年度」に合わせて、経理の書類管理体制を刷新したいケース。
⑧ 外国法人（日本支店あり）が、恒久的施設に係る書類作成義務と今回の特例の関係性を確認したいケース。
⑨ 親会社が子会社へ役務提供をした際に、対価の額の明細が「特定事項記載書類」として求められるケース。
⑩ グループ間の役務提供において、成果物の報告書や明細書を別途作成・保存すべきか判断に迷うケース。

【№5 手順】

今回の改正に対応し、税務調査で否認されないための書類保存手順を整理します。

STEP① 取引の洗い出し
まず、自社が資本関係のある「関連者」と行っている取引をすべてリストアップします。特に、工業所有権の貸付や役務提供など、価格の妥当性が問われやすい取引を重点的に確認します。

STEP② 既存契約書の精査
現在保管している契約書に「対価の額の明細」や「計算根拠」が具体的に記載されているかを確認します。曖昧な場合は注意が必要です。

STEP③ 特定事項記載書類の作成と準備
契約書に不足している情報を補うため、取引の詳細や価格設定の根拠を示す「特定事項記載書類」を別途作成します。これは、調査時にすぐ提出できるよう整理しておきます。

STEP④ 保存体制の構築
作成した特定事項記載書類は、他の税務書類と同様に、法律で定められた期間、適切に保存します。電子データで管理する場合は、電子帳簿保存法に沿った保存方法を徹底しましょう。

STEP⑤ 定期的な見直し
グループ内取引の内容や価格は、事業の進展とともに変化します。年1回など定期的に契約内容を更新し、それに応じた書類が保存されているか、当法人のような専門家のチェックを受けることをお勧めします。

【№6 FAQ】

Q1. 静岡や浜松の法人が関連者間取引を行う際、この書類保存特例の対象となりますか？
A1. はい、内国法人であれば対象となります。契約内容を明らかにする書類の保存が義務付けられ、怠ると青色申告承認の取消リスクがあります。静岡・浜松で国際取引やグループ内取引がある場合は、当法人までご相談ください。

Q2. 特定事項記載書類とはどのようなものですか？
A2. 契約書では明示しきれない、取引価格の算出根拠や役務提供の内容を詳しく記載した書類のことです。

Q3. 外国法人はこの特例の対象外なのですか？
A3. 原則として対象外です。ただし、日本支店を有する外国法人は別の文書化ルールが適用されます。

Q4. この特例はいつから適用されますか？
A4. 令和8年4月1日以後に開始する事業年度から適用されます。

Q5. 保存を忘れた場合、直ちに青色申告が取り消されますか？
A5. 適切に求められた書類が提示できない場合、取消の対象となり得ます。記録の保持は非常に重要です。

Q6. グループ会社間の無償取引は対象になりますか？
A6. 無償であっても取引の性質や実態によっては確認が求められる場合があるため、注意が必要です。

Q7. 特定事項記載書類の保存期間はどのくらいですか？
A7. 法人税法上の保存義務に準じ、基本的には7年間の保存が必要です。

Q8. 資本関係が薄い関連会社との取引も対象ですか？
A8. 法令で定められた持株関係等の要件を満たす場合は対象となります。

Q9. すでに作成している移転価格文書で代用できますか？
A9. 内容が要件を満たしていれば代用できる場合がありますが、確認が必要です。

Q10. 電子帳簿での保存は認められますか？
A10. はい、電子帳簿保存法の要件を満たせば、電子データでの保存も認められます。

【№7 まとめ】

関連者間取引の書類保存特例をクリアするためのポイントは以下の3点です。

1. 関連者との取引内容を全て洗い出し、契約書が要件を満たすか確認する。

2. 足りない情報を補完する「特定事項記載書類」を必ず作成・保存する。

3. 令和8年4月からの適用開始に向け、社内の文書管理体制を整備しておく。

青色申告を守ることは、企業の税務リスク管理において最も基本的かつ重要な防衛策です。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3901号（2026年05月25日）「関連者間取引の書類保存特例と外国法人」
参考：国税庁「移転価格事務運営要領」（参照日：2026-07-16）
参考：e-Gov法令検索「法人税法施行規則 第59条の2」（参照日：2026-07-16）

【№9 該当条文の説明】

法人税法施行規則第59条の2では、青色申告法人が関連者との間で行う工業所有権等の譲渡・貸付けや役務提供について、書類の整理保存の特例を規定しています。
この条文は、グループ内の取引における透明性を確保し、適正な課税を行うことを目的としています。
また、外国法人については、同施行規則第62条において関連する規定が除外されており、恒久的施設を有する外国法人については別途定められた文書化義務が適用されます。

参考：e-Gov法令検索「法人税法施行規則 第59条の2」の内容解説（参照日：2026-07-16）

【結論（重要ポイントまとめ）】
1. グループ会社との取引契約書に、価格の根拠が不足していないかを確認する。

2. 不足している場合は「特定事項記載書類」を作成し、7年間適切に保存する。

3. 書類の保存漏れは青色申告取り消しという重大なリスクになるため、早めに体制を整える。

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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