源泉徴収票みなし提出特例と合計表
2026年8月7日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高のIT税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「源泉徴収票みなし提出特例と合計表」をお伝えさせていただきます！
【この記事で得られること】
給与所得の源泉徴収票におけるみなし提出特例の仕組みと、いつから適用されるかがわかります。
税務署への源泉徴収票が不要になっても、合計表の提出が必要になる具体的なケースが理解できます。
システム更改に伴う新しい様式への切替や、実務で気をつけるべきポイントが明確になります。
「毎年年末から1月にかけて行っている源泉徴収票の提出作業が、今度新しく変わるという話を聞いたけれど、何が変わるのだろうか」
「市区町村に給与支払報告書を出せば、税務署への源泉徴収票は出さなくてもよくなると聞いたが、合計表はどう扱えばいいのだろうか」
そんな疑問や不安を抱えている経営者の方や経理ご担当者様もいらっしゃるのではないでしょうか。
企業のバックオフィス業務において、年末調整やそれに伴う各種法定調書の作成・提出は非常に手間がかかる重要なルーティンワークです。
特に複数の行政機関へ似たような書類を提出する作業は、中小企業の経理部門にとって大きな負担となっていました。
こうした業務負担を軽減するため、税務の手続きにおいても新しい特例制度の導入が進められています。
一方で、制度が変わることで「どこまで省略できて、どこから引き続き提出が必要なのか」という線引きを誤ってしまうと、思わぬ申告漏れや手続きミスにつながるおそれがあります。
静岡や浜松で日々ビジネスに励む中小企業の皆様に向けて、この新しいみなし提出特例の全体像と、合計表に関する実務上の注意点を分かりやすく解説していきます。
【№2 結論】
源泉徴収票みなし提出特例に関する最大の結論は、市区町村に給与支払報告書を提出していれば税務署への源泉徴収票の提出が原則として不要になる一方で、合計表については状況によって引き続き税務署への提出が必要になるという点です。
みなし提出特例の適用を受けて源泉徴収票が不要となった場合でも、他の法定調書と兼用の様式を使用する場合には、兼用様式の法定調書合計表を税務署へ提出しなければなりません。
さらに、次世代の国税総合管理システムの稼働に伴い、関連する帳票の様式変更が予定されているため、新しい様式への適切な切り替え作業が不可欠となります。
【№3 やさしい解説】
企業の総務や経理を担当していると、毎年1月頃に多くの書類を作成して提出しなければならない繁忙期がやってきます。
特に従業員の給与に関する情報は、お住まいの市区町村へ「給与支払報告書」を提出すると同時に、税務署へも「源泉徴収票」を提出する必要があり、似たようなデータを二重で作成しているような感覚を持たれた方も多いでしょう。
こうした二度手間を解消するため、令和9年1月1日以後に提出すべき給与所得の源泉徴収票から、新しい特例制度がスタートします。
★重要：知らないと損するポイント
この「源泉徴収票みなし提出特例」の仕組みでは、市区町村長に対して必要な事項が記載された給与支払報告書を提出した場合、税務署長に対しても源泉徴収票を提出したものとみなすこととされています。
つまり、実質的に市区町村への提出だけで税務署への提出が完了した扱いになり、会社の二度手間を大きく減らすことができるのです。
★注意：よくある誤解
「税務署への源泉徴収票の提出が不要になるのだから、それに伴う『合計表』も一切出さなくてよくなったはずだ」というのはよくある誤解です。
実は、源泉徴収票を含む複数の法定調書をまとめた「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」という兼用様式を使っており、その中で他の法定調書（例えば報酬や料金の支払調書など）を税務署に提出する場合には、合計表を引き続き税務署へ提出しなければなりません。
また、国税システムの更改に合わせて提出書類の様式が新しく切り替わるため、古いフォーマットのまま作成してしまわないよう注意が必要です。
一言でまとめると、「市区町村への提出で税務署への源泉徴収票は不要になりますが、他の法定調書と一緒に提出する合計表や、新しい様式への切替には十分な注意が必要である」ということです。
【№4 具体例】
実務の現場で想定される具体的なケースを10個挙げます。
① 静岡市内の本社で働く従業員の給与支払報告書を市役所に提出したことで、税務署への源泉徴収票の提出がみなし扱いに該当するケース。
② 浜松市内の製造業で、毎年の年末調整に伴う法定調書の作成スケジュールを見直し、みなし提出特例を活用して業務を効率化するケース。
③ 会社の経理担当者が、源泉徴収票の提出が不要になったと勘違いして、一緒に提出すべき法定調書合計表まで提出し忘れてしまうケース。
④ 報酬や料金の支払調書など、他の法定調書を税務署に提出する必要があるため、兼用様式の法定調書合計表をこれまで通り税務署へ送付するケース。
⑤ システム更改に伴い、新しい様式に切り替わった法定調書や合計表のフォーマットを社内のクラウド会計システムに反映させるケース。
⑥ 退職所得の源泉徴収票を発行した従業員がいるため、その取り扱いや合計表への記載について税理士に確認を取りながら準備を進めるケース。
⑦ 複数の支店や営業所を持つ企業が、それぞれの地域の市区町村と税務署に対して、新しい特例の適用状況を正しく管理するケース。
⑧ 過去の古い様式のテンプレートをそのまま使ってしまい、新システムに対応した形式との違いに気づいて慌てて修正するケース。
⑨ 顧問税理士からのアドバイスを受けながら、みなし提出特例の対象となる書類と、引き続き提出が必要な書類の仕分けを行うケース。
⑩ 静岡・浜松の中小企業経営者が、バックオフィスのデジタル化と電子申告の連動性を高めるために、経理体制をアップデートするケース。
【№5 手順】
源泉徴収票のみなし提出特例の開始とシステムの変更に伴い、企業が実践すべき実務上の手順を整理します。
STEP① みなし提出特例の対象範囲の確認
給与所得の源泉徴収票について、市区町村長へ給与支払報告書を正しく提出することで税務署への提出が不要になる仕組みを社内で確認します。
STEP② 合計表の提出が必要なケースの把握
源泉徴収票がみなし提出の対象となっても、他の法定調書（報酬・料金の支払調書など）を併せて提出するために合計表が必要になるケースを見極めます。
STEP③ システム更改に伴う新様式への切替対応
次世代の国税総合管理システムの稼働や様式変更のスケジュールに合わせ、社内のクラウド会計システムや給与計算ソフトのテンプレートをアップデートします。
STEP④ 各種法定調書の作成と内容点検
退職所得の源泉徴収票や各種支払調書も含め、新様式に基づいて正確な数値や記載事項が入力されているか最終点検を行います。
STEP⑤ 税理士と連携した適切な電子申告の実施
静岡・浜松の税理士と連携を密にしながら、新システムに対応した正確なフォーマットで電子申告や提出手続きを完了させます。
【№6 FAQ】
Q1. 静岡や浜松の企業が源泉徴収票のみなし提出特例を使う場合、税務署への合計表の提出はどうなりますか？
A1. 原則として不要ですが、他の法定調書と兼用の様式を使う場合は引き続き提出が必要です。静岡・浜松の当法人がクラウド会計を用いた正確な手続きをサポートします。
Q2. 源泉徴収票のみなし提出特例は、いつ提出分の書類から適用されますか？
A2. 令和9年1月1日以後に提出すべき給与所得の源泉徴収票から適用が開始されることになっています。
Q3. みなし提出特例が適用されると、税務署への源泉徴収票の提出はどう扱われますか？
A3. 市区町村に給与支払報告書を提出していれば、税務署長に対しても源泉徴収票を提出したものとみなされます。
Q4. 源泉徴収票が不要になっても、合計表を税務署に出さなければならないのはどのような場合ですか？
A4. 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表の兼用様式を使用し、他の5つの法定調書のいずれかを税務署に提出する場合です。
Q5. システム更改に伴う合計表などの様式変更はいつ頃予定されていますか？
A5. 次世代の国税総合管理システムの稼働に合わせて、令和8年8月頃に新しい様式への変更が予定されています。
Q6. 他の法定調書（報酬や料金の支払調書など）の様式も変更されますか？
A6. はい。退職所得の源泉徴収票や各種支払調書についても同様に、令和8年8月頃に様式変更が予定されています。
Q7. 変更予定の新しい様式の一覧はどこで確認することができますか？
A7. 国税庁ホームページの「国税システムの更改について」で公表されている関連ファイルなどから確認可能です。
Q8. 古い様式のままで法定調書を作成して提出した場合、どうなりますか？
A8. システムへの適合や手続きの円滑化のため、新様式への切替が求められるため、事前に確認して正しく対応することが大切です。
Q9. 中小企業がみなし提出特例を活用する最大のメリットは何ですか？
A9. 市区町村と税務署への二重の書類提出の手間を軽減し、バックオフィスの業務効率を大きく高められる点です。
Q10. 会社として法定調書の提出ミスを防ぐためにどのような対策が必要ですか？
A10. 最新の法改正情報やシステムアップデートの時期を常に把握し、顧問税理士のサポートを受けながら正確なスケジュール管理を行うことです。
【№7 まとめ】
源泉徴収票のみなし提出特例と合計表の取扱いに関する重要ポイントです。
1. 令和9年1月1日以降、市区町村への給与支払報告書の提出により、税務署への源泉徴収票の提出が原則不要となる。
2. 他の法定調書を提出するために兼用様式の合計表を使用する場合などは、引き続き税務署への提出が必要となる。
3. システム更改に伴う新様式への切替作業を確実に行い、適切な手続きを進めることが不可欠である。
法改正やシステム変更への対応は早めの準備が肝心です。静岡・浜松の事業者さまは、今回の特例ルールを正しく理解して日々の業務に備えましょう。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3902号（2026年06月01日）「源泉徴収票みなし提出特例と合計表」
参考：国税庁タックスアンサー「No.7411 法定調書の提出範囲等」（参照日：2026-07-16）
参考：e-Gov法令検索「所得税法 第226条」（参照日：2026-07-16）
【№9 該当条文の説明】
所得税法第226条第6項では、給与所得の源泉徴収票に記載すべき事項が記載された給与支払報告書が地方税法の規定により市区町村長に提出された場合における、所轄税務署長への源泉徴収票の提出に関するみなし規定について定められています。
また、国税庁の案内や関連する通達においては、みなし提出特例の対象となる場合であっても、他の法定調書との兼用様式を用いた「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」の提出区分については、別途必要な判断を行うこととされています。
これは、システム更改や行政手続きのデジタル化が進む中で、情報の正確な把握と二重提出の合理化を両立させるための仕組みとなっています。
参考：e-Gov法令検索「所得税法 第226条」の内容解説（参照日：2026-07-16）
【結論（重要ポイントまとめ）】
1. 源泉徴収票のみなし提出特例のスタートにより、市区町村への提出で税務署への源泉徴収票の提出が原則不要になります。
2. 他の法定調書を併せて提出する際や合計表の扱いについては、引き続き提出が必要なケースがあるため注意が必要です。
3. 静岡・浜松の企業さまは、新システムへの対応や新様式への切替を早めに進め、専門家とともに確実な年末調整・法定調書提出を行いましょう。
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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