インボイス制度の調査方針と令和8年度税制改正における経過措置の見直し
2026年9月14日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「インボイス制度の調査方針と令和8年度税制改正における経過措置の見直し」をお伝えさせていただきます！
【この記事で得られること】
インボイス制度導入から3年が経過した中での、国税当局による調査等の現状や柔軟な対応方針が分かります。
免税事業者等からの仕入れに係る経過措置の控除割合変更や、対象となる上限額の引き下げについて理解できます。
個人向けの3割特例や、簡易課税制度への移行時における届出書の提出期限に関する実務上の留意点が明確になります。
「インボイスの記載に不備があった場合、調査ではどのように判断されるのだろうか」
「令和8年10月からの経過措置の控除割合がどのように変わるのか詳しく知りたい」
「2割特例から簡易課税制度へ切り替えるときの正しい届出期限を整理しておきたい」
そんな疑問や不安を抱えている経営者の方や経理・総務ご担当者様もいらっしゃるのではないでしょうか。
消費税のインボイス制度をめぐる実務は、ルールの定着と相まって段階的な見直しが進んでいます。
今回は、専門的な内容をやさしい言葉に噛み砕いて、順を追って分かりやすく紐解いていきます。
【№2 結論】
インボイス制度の運用方針と令和8年度税制改正における重要ポイントは以下の通りです。
1. 国税当局の調査等では、記載不備に対して他の書類との突合や修正交付を促すなどの柔軟な対応が継続されること。
2. 免税事業者等からの仕入れに係る経過措置の控除割合が、令和8年10月から段階的に引き下げられること。
3. 2割特例や3割特例から簡易課税制度へ移行する際、一定の条件を満たせば翌課税期間の申告期限まで届出が可能になること。
制度の仕組みを正しく把握し、日々の経理処理や申告手続きに漏れがないよう備えることが大切です。
【№3 やさしい解説】
インボイス制度が始まってから3年が経過し、登録事業者数は個人と法人を合わせて約473万者に達するなど、制度自体は着実に定着しつつあります。
これまでの調査等においては、保存しているインボイスに多少の記載漏れなどがあっても、納品書や契約書などの他の書類をあわせて確認したり、売手側に修正を促したりする柔軟な対応が続けられてきました。
一方で、令和8年度の税制改正では、経過措置の割合変更や新たな特例の創設など、実務に直結する大きな見直しが行われています。
★重要：知らないと損するポイント
「これまで通りに仕入税額控除を計算していれば問題ないだろう」と油断してしまうのは大きな落とし穴です。
令和8年10月1日からは、免税事業者からの仕入れに係る経過措置の控除割合が従来の8割から7割へと引き下げられます。
同じ事業者からの年間を通した取引であっても、10月をまたぐことで計算方法が変わるため、しっかりと区分して管理しなければなりません。
★注意：よくある誤解
「個人向けの3割特例はすべての事業者が無条件で使えるはずだ」と誤解されることがあります。
しかし、この3割特例はインボイス登録を機に免税事業者から課税事業者となった個人事業者が対象であり、基準期間の売上高が1,000万円以下であることなどの要件を満たす必要があります。
また、業種によっては簡易課税制度を選んだほうが税金が安くなるケースもあるため、一律に判断せず事前の検討が欠かせません。
一言でまとめると、「インボイス制度の調査では柔軟な対応が維持される一方で、令和8年10月からの経過措置の変更や新特例の要件を正しく理解し、適切な区分経理を行うことが極めて重要である」ということです。
【№4 具体例】
インボイス制度の運用や改正に関連する具体的なケースを12個挙げます。
① 静岡市内の小売業者が、免税事業者からの仕入れについて令和8年10月以降の7割控除の適用に向けてシステムを調整するケース。
② 浜松市内の製造業グループで、取引先から受け取ったインボイスに記載不備が見つかり、納品書とあわせて内容を確認するケース。
③ 複数人で構成されるジョイントベンチャーにおいて、インボイス交付のために組合員全員の届出書を事前に提出するケース。
④ 個人事業主として静岡市で飲食店を営む経営者が、令和9年分申告に向けて新設された3割特例の適用要件を検証するケース。
⑤ 浜松市内の卸売業者が、簡易課税制度の方が納税額を抑えられるかを判断するため、業種ごとのみなし仕入率を比較するケース。
⑥ 法人が2割特例を適用した次の事業年度において、簡易課税制度選択届出書を申告期限内に提出してスムーズに移行するケース。
⑦ 短期前払費用について、令和8年10月前の支払分について支払時の控除割合を適用して処理するケース。
⑧ 課税売上高が1,000万円を超えているにもかかわらず、誤って2割特例を適用していたことが判明して修正申告を行うケース。
⑨ 消費税の還付申告を行ったところ、還付原因を確認するために税務当局から証拠書類の提出を求められるケース。
⑩ 輸出免税制度を悪用した不正還付事案に対する関係省庁の厳正な取締りの動きを踏まえ、社内の取引エビデンスを厳格に管理するケース。
⑪ 静岡の税理士法人が、顧問先企業に対してインボイス記載事項の確認方法や経過措置の切り替わりについてアドバイスを行うケース。
⑫ 浜松の総務担当者が、インボイス特設サイトの情報を活用しながらインボイス制度特有の例外規定やQ&Aを社内で共有するケース。
【№5 手順】
インボイス制度の改正や実務上の変更点に対応するための具体的なステップを解説します。
STEP① 自社が受領しているインボイスや取引関係書類の記載事項が正しく満たされているかを定期的に点検する。
STEP② 調査等で万が一の記載不備が指摘された場合に備え、納品書や契約書などの補完資料を速やかに提示できる体制を整える。
STEP③ 免税事業者からの仕入れについて、令和8年10月1日を境に控除割合が8割から7割に切り替わることを把握する。
STEP④ 会計ソフトや経理システムにおいて、9月以前と10月以降の仕入れを正しく区分して計算できる設定を行う。
STEP⑤ 簡易課税制度への移行を検討している場合は、2割特例や3割特例の適用状況に応じた届出書の提出期限を確認する。
STEP⑥ 該当する法人の場合、翌課税期間の申告期限までに簡易課税制度選択届出書を忘れずに提出する。
STEP⑦ 個人事業者の場合は、売上高や業種特性を踏まえて3割特例と簡易課税のどちらが有利になるかを試算する。
STEP⑧ ジョイントベンチャー等の任意組合に関わる取引がある場合、必要な事前届出が漏れていないかを再確認する。
STEP⑨ 消費税の還付申告を行う際は、内容に誤りがないかを入念にチェックし、求められた場合に備えて証拠書類を整理しておく。
STEP⑩ 静岡や浜松の税理士や専門家と連携し、インボイス関連の法改正や実務対応に誤りがないか最終確認を行う。
【№6 FAQ】
Q1. 静岡や浜松の企業において、保存しているインボイスに記載不備があった場合の税務署の対応はどうなりますか？
A1. 記載不備があっても、他の納品書や契約書と合わせて確認できる場合や、売手に修正交付を促すなどの柔軟な対応が継続されます。
Q2. 令和8年10月1日以降、免税事業者からの仕入れに係る経過措置の割合はどう変わりますか？
A2. これまでの8割控除から7割控除へと引き下げられ、対象となる一の事業者あたりの上限額も年間1億円に引き下げられます。
Q3. 同一の課税期間の中で、10月をまたぐ仕入れはどうやって計算すればよいですか？
A3. 9月以前の取引と10月以降の取引をきちんと区分し、それぞれの時期に応じた控除割合を適用して計算する必要があります。
Q4. 短期前払費用のように、令和8年10月前に支払が完了しているものはどう扱われますか？
A4. 既に支払が完了しているものについては、支払った時点の割合を適用できる柔軟な対応が認められています。
Q5. 個人事業者に新設された「3割特例」とはどのようなものですか？
A5. 登録を機に課税事業者となった個人事業者が、令和9年分・10年分申告で納付税額を売上税額の3割とできる特例です。
Q6. 3割特例の適用を受けるための主な要件は何ですか？
A6. 個人事業者であることや、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であることなどが要件となります。
Q7. 2割特例から簡易課税制度へ移行する際の届出書の提出期限の特例はどうなりますか？
A7. 適用を受けた翌課税期間の申告期限までに提出すれば、その翌課税期間から簡易課税制度を適用できることとされました。
Q8. 法人で、翌課税期間が令和8年9月期以前に終了する場合はどうなりますか？
A8. 従来どおり当該課税期間の末日までに簡易課税制度選択届出書を提出する必要がありますので注意が必要です。
Q9. 消費税の還付申告を行った際に還付が一時保留されることがあるのはなぜですか？
A9. 不正還付事案の防止や申告内容の確認のため、国税当局が証拠書類の提出を求めて実態確認を行う場合があるためです。
Q10. 静岡や浜松の企業がインボイスの複雑な改正や実務対応で困ったときはどこに相談すべきですか？
A10. 静岡・浜松の中小企業さまをサポートしている最高のIT税理士法人までお気軽にご相談ください。
【№7 まとめ】
インボイス制度の調査方針と令和8年度改正に関する重要ポイントです。
1. 調査等では記載不備に対する柔軟な対応が続けられる一方、10月からの経過措置の割合変更に注意すること。
2. 3割特例や簡易課税制度への移行手続きにおいて、対象要件や届出期限を正しく把握して適用を判断すること。
3. 静岡・浜松の企業さまも、法改正のポイントをしっかりと押さえ、専門家とともに適切な消費税申告を行うこと。
正確なルール理解をベースにして、安心できる経理体制を維持していきましょう。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3907号（2026年07月06日）「国税庁担当官に聞く インボイスの調査等の方針とR8改正対応の留意点」税務研究会
参考：国税庁タックスアンサー「No.6491 インボイス制度の経過措置（仕入税額控除関係）」（参照日：2026-09-11）
参考：e-Gov法令検索「消費税法（昭和63年法律第108号）第30条および附則」（参照日：2026-09-11）
【№9 該当条文の説明】
消費税法における仕入税額控除の規定やインボイス制度に関する経過措置では、適格請求書等の保存を要件としつつ、事業者の負担に配慮した段階的な控除割合の特例が設けられています。今回の改正に伴う通達や法令の解釈では、実地調査における柔軟な確認方法の継続や、事業者区分の変更に伴う手続きの期限緩和などが示され、適正な申告の確保と円滑な実務運用の双方が図られています。
参考：e-Gov法令検索「消費税法（昭和63年法律第108号）第30条および消費税法の一部を改正する法律等の経過措置規定」（参照日：2026-09-11）の内容解説
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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