国税庁による法人税基本通達等の改正と関連者間取引に係る書類の整理保存の特例

2026年9月18日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「国税庁による法人税基本通達等の改正と関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」をお伝えさせていただきます！

【この記事で得られること】
令和8年度税制改正に伴う法人税基本通達等の改正内容や、関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の仕組みが分かります。

複数の取引関係書類を総合して必要事項を確認できる場合の取り扱いや、特定事項記載書類の具体的な位置づけを理解できます。

青色申告取消処分の判断基準や、実地調査時における柔軟な運用、国外委託試験研究や外国子会社合算税制の改正ポイントが明確になります。

「グループ企業間で行う経営指導やバックオフィス支援などの取引について、どのような書類をどこまで保存しておけばよいのだろうか」
「特定事項記載書類をわざわざ新たに作成しなくてもよいケースや、複数の書類を組み合わせる場合の正しいルールを整理しておきたい」
「万が一の実地調査の際や青色申告の取り扱いに関して、国税庁の事務運営指針でどのように示されているのか詳しく知りたい」
そんな疑問や不安を抱えている経営者の方や経理・総務ご担当者様もいらっしゃるのではないでしょうか。

税制改正や新しい通達の施行に伴い、グループ間取引を行う企業では適切な書類管理と対応が求められます。
今回は、専門的な内容をやさしい言葉に噛み砕いて、順を追って分かりやすく紐解いていきます。

【№2 結論】

令和8年度税制改正に伴う法人税基本通達等の改正における重要ポイントは以下の通りです。

1. 関連者間取引に係る特定事項記載書類は、取引の全てを網羅して記載する必要はなく、特定事項が客観的に明らかになっていれば足りること。

2. 複数の取引関係書類に記載されている事項を総合して確認できる場合には、新たな特定事項記載書類の取得等は不要であること。

3. 特定事項記載書類の保存等がないことのみをもって、直ちに費用の損金算入が認められないわけではなく、青色申告取消処分の要否も含めて総合的に判断されること。

制度の仕組みを正しく把握し、グループ間取引における適切な書類管理体制を整えることが大切です。

【№3 やさしい解説】

そもそも「関連者間取引」とは、グループ会社の間や密接な関係にある法人同士で行う取引全般を指します。
今回の改正では、こうした取引を行う場合に、契約書や領収書などの通常の取引関係書類に必要記載事項の記載がないとき、その事項を明らかにする「特定事項記載書類」を作成・取得し、申告書の提出期限までに整理して7年間保存しなければならないルールが作られました。
とはいえ、すべての取引において新規の複雑な書類をゼロから何枚も作り直さなければならないわけではありません。
複数の書類を組み合わせて必要な内容が確認できれば、わざわざ新しい特定事項記載書類を用意する必要はないとされています。

★重要：知らないと損するポイント
「グループ間の取引なのだから、書類の整理や保存は適当でも大きな問題にはならないだろう」と軽く考えてしまうのは大きな落とし穴です。
令和8年4月以后開始事業年度から適用されているこの特例では、ルールに基づいた書類の管理が求められます。
一方で、実地調査の際に内国法人の関連者が書類を一元的に保存している場合でも、求めに応じて遅滞なく入手・提示できれば適切に保存されているものとして扱われるなど、実務の負担に配慮した柔軟な仕組みも用意されています。

★注意：よくある誤解
「特定事項記載書類が少しでも不足していれば、その取引にかかる費用はすべて経費（損金）として認められず、すぐに青色申告の承認も取り消されてしまうはずだ」と誤解されることがあります。
しかし、国税庁の事務運営指針では、書類の保存がないことだけで直ちに損金算入が否定されるわけではないことや、青色申告取消処分の判断においても保存状況や是正の可否、違反の程度などを総合的に踏まえて行われることが明示されています。

一言でまとめると、「グループ間の関連者間取引では特定事項記載書類の保存ルールが新設されたが、複数の書類による補完や一元的保存の活用など、実態に即した柔軟な運用を理解して正しく対応することが重要である」ということです。

【№4 具体例】

関連者間取引や今回の改正に関連する具体的なケースを12個挙げます。

① 静岡市内の親会社が、グループ共通のブランドや商標を維持・向上させるための広告宣伝活動を実施し、その費用を分担するケース。
② 浜松市内の製造業グループで、情報システムやデータベースを共通利用し、その提供や維持管理を行う事業活動を行うケース。
③ 新製品の開発や技術の改良など、専門的知識を活用した研究開発活動をグループ内でともに行うケース。
④ 親会社から子会社に対して、事業計画の策定や業績管理、内部管理体制の整備について助言 or 指導を行うケース。
⑤ 人事、労務、法務、財務などの業務運営に関して、専門的知識に基づきバックオフィス業務の支援を行うケース。
⑥ 事業運営に資する情報を定期的または組織的に提供する役務提供のやり取りを行うケース。
⑦ 複数年にわたって反復・継続して行われる知的財産の貸付けや役務の提供について、各事業年度ごとに特例を適用するケース。
⑧ 通常の契約書や領収書などの複数の取引関係書類を総合して、必要な対価の額の明細等を確認するケース。
⑨ 移転価格税制のローカルファイルですでに取引内容が客観的に把握できるため、特定事項記載書類が不要となるケース。
⑩ 関連者が書類を一元的に保存している場合において、調査担当者の求めに応じて遅滞なく書類を提示するケース。
⑪ 国外委託試験研究の該当性について、受託者の法人形態に関わらず、試験研究が行われる「場所」が国外かどうかで判定するケース。
⑫ 静岡や浜松の税理士法人が、顧問先企業からグループ間取引の書類保存や法人税基本通達の改正について相談を受けるケース。

【№5 手順】

関連者間取引における書類の整理保存や法人税基本通達の改正に対応するための具体的なステップを解説します。

STEP① 自社とグループ会社の間で、経営指導やバックオフィス支援、費用分担などの関連者間取引に該当する取引があるかを洗い出す。
STEP② 各取引について、契約書や請求書などの取引関係書類に必要記載事項が十分に記載されているかを確認する。
STEP③ 記載が不足している事項がある場合、単一の書類だけでなく複数の取引関係書類を総合して内容が確認できるかを検証する。
STEP④ 複数の書類でも確認できない特定事項がある場合には、内容を明らかにする特定事項記載書類を作成または取得する。
STEP⑤ 作成・取得した特定事項記載書類を、その取引を行った事業年度の申告書の提出期限までにしっかりと整理する。
STEP⑥ 納税地などの適切な場所で、原則として7年間の保存期間を守って保管する体制を維持する。
STEP⑦ 関連者が書類を一元的に保存している場合は、調査時の求めに応じて遅滞なく入手・提示できる動線を確認しておく。
STEP⑧ 国外委託試験研究や外国子会社合算税制など、その他の同日改正項目についても自社の状況に影響がないか点検する。
STEP⑨ 万が一の実地調査の際には、ルールの趣旨を踏まえて調査担当者と適切にコミュニケーションを図れるように備える。
STEP⑩ 静岡や浜松の税理士や専門家と連携し、グループ間取引の税務処理や書類保存の運用に誤りがないか最終確認を行う。

【№6 FAQ】

Q1. 関連者間取引の特定事項記載書類がない場合、支払った費用はすぐに経費になりませんか？
A1. 特定事項記載書類の保存等がされていないことのみをもって、関連者間取引に係る費用の損金算入が直ちに認められないことになるものではありません。

Q2. 取引内容のすべてを新しい書類に詳細に記載しなければいけませんか？
A2. 取引内容のすべてを記載する必要はなく、必要とされる特定の事項が第三者からみて客観的に明らかにされていれば足ります。

Q3. 複数の取引関係書類をあわせれば必要な事項が分かる場合はどうなりますか？
A3. 複数の取引関係書類に記載されている事項を総合して確認できる場合には、専用の特定事項記載書類の取得等は要しないとされています。

Q4. 親会社がグループの書類を一括して保存している場合は認められますか？
A4. 内国法人の関連者が書類を一元的に保存している場合でも、調査時の求めに応じて遅滞なく入手して提示できれば保存されているものとして扱われます。

Q5. 青色申告の承認が書類の不備だけで直ちに取り消されてしまうことはありますか？
A5. 保存等の有無のみで取消しの要否を決することは適切ではなく、保存状況や是正の可否、違反の程度などを踏まえて総合的に判断されます。

Q6. どのような業務の支援が「経営の管理又は指導等に係る役務提供」に該当しますか？
A6. 経営に関する事業計画の策定や業績管理の助言、人事・労務・法務・財務などの専門的知識に基づく業務運営の支援などが該当します。

Q7. 国外委託試験研究に該当するかどうかはどのように判定しますか？
A7. 他の者に委託する試験研究が国外で行われるか否かは、委託先の法人が国内か外国かに関わらず、実際に試験研究が行われる「場所」により判定します。

Q8. 外国子会社合算税制の最高税率に関する特例が適用できないケースとはどのような場合ですか？
A8. 本店所在地国の経済規模等を踏まえ、最高税率が適用されることが通常見込まれないような高額所得区分に対し税制上の免除が設定されている場合など、適用が著しく不適当と認められるときです。

Q9. 移転価格税制のローカルファイルがある場合、特定事項記載書類はどうなりますか？
A9. ローカルファイルで関連者間取引の内容が客観的に把握できる程度の記載がある場合には、特定事項がないこととなり特例は適用されません。

Q10. 静岡や浜松の企業がグループ間取引や税務調査への対応で困ったときはどうすればよいですか？
A10. 静岡・浜松の中小企業さまをサポートしている最高のIT税理士法人までお気軽にご相談ください。

【№7 まとめ】

法人税基本通達等の改正による「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」に関する重要ポイントです。

1. 関連者間取引の特定事項記載書類は全ての記載を求めているわけではなく、複数の書類による総合確認も認められていること。

2. 調査時における一元的保存の活用や、損金算入・青色申告取消しにおける柔軟な総合判断の仕組みが示されていること。

3. 静岡・浜松の企業さまも、グループ間の経営指導やバックオフィス支援等の実態を把握し、適切な書類管理と専門家との連携を実践すること。

新しいルールの内容を正しく理解し、安心できるバックオフィス体制を築いていきましょう。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3907号（2026年07月06日）「国税庁 R8改正に係る改正法人税基本通達等を公表」税務研究会

参考：国税庁タックスアンサー「No.5927 関連者間取引の概要等」（参照日：2026-09-11）

参考：e-Gov法令検索「法人税法（昭和40年法律第34号）第59条の2」（参照日：2026-09-11）

【№9 該当条文の説明】

法人税法における関連者間取引の書類整理保存に関する規定では、内国法人が行うグループ間等の特定取引について、取引関係書類に一定の記載がない場合に特定事項記載書類の作成・保存を義務付けています。今回の改正および通達では、この義務の具体的な履行方法や、実地調査における柔軟な運用基準が示され、実務上の混乱を防ぎつつ適正な課税を確保するための解釈が明らかにされています。

参考：e-Gov法令検索「法人税法（昭和40年法律第34号）第59条の2および第67条の2」（参照日：2026-09-11）の内容解説

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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