研究開発税制のオープンイノベーション型における指定大学等との共同研究に係る税理士等監査不要の取扱い
2026年9月23日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「研究開発税制のオープンイノベーション型における指定大学等との共同研究に係る税理士等監査不要の取扱い」をお伝えさせていただきます！
【この記事で得られること】
研究開発税制のオープンイノベーション型における制度改正の概要と手続きの変更点が分かります。
経済産業大臣が指定する指定大学等との共同研究において、税理士等の監査が不要になる仕組みが理解できます。
指定大学等以外の大学等における従来の対応方法や、今後の実務での具体的な手順が把握できます。
「自社で大学と共同研究を行っているが、税制優遇を受けるための手続きが複雑で負担に感じている」
「令和8年度の税制改正で研究開発税制が変わったと聞いたが、具体的に何がどう楽になるのか知りたい」
「指定大学等の要件や、監査が不要になるケースと必要なケースの違いをあらかじめ整理しておきたい」
そんな疑問や不安を抱えている経営者の方や経理ご担当者様もいらっしゃるのではないでしょうか。
研究開発を進める企業にとって、税額控除の活用は資金繰りや経営基盤の強化において非常に重要です。
今回は、専門的な内容をやさしい言葉に噛み砕いて、順を追って分かりやすく紐解いていきます。
【№2 結論】
研究開発税制のオープンイノベーション型における見直しに関する重要ポイントは以下の通りです。
1. 経済産業大臣が指定する指定大学等との共同・委託研究を行う場合、従来必要であった税理士や公認会計士等による監査が不要になること。
2. 税理士等の監査が不要になる一方で、大学等の長（本部）による認定が必要となるほか、指定大学等に該当しない場合は従来通りの監査と大学等の確認が必要であること。
3. 指定大学等の要件には産学連携本部の設置や相談窓口の公表などが定められており、制度を正しく理解して適切な手続きを踏むことが重要であること。
ルールを正しく把握し、自社の共同研究がどの区分に該当するのかをあらかじめ確認することが大切です。
【№3 やさしい解説】
法人税法上の研究開発税制にはいくつかの型がありますが、大学や国の研究機関等と共同で研究開発を行う仕組みをオープンイノベーション型（OI型）と呼びます。
このOI型では、共同・委託研究に要した特別試験研究費の額に一定の控除率を乗じた金額を法人税額から控除できるため、多くの先進的な企業が活用しています。
これまでこの税制を適用するためには、支出額が適正であることなどを証明するために税理士や公認会計士等による専門的な監査を受ける必要があり、企業側の大きな事務負担となっていました。
しかし、近年の法改正により、一定の要件を満たす指定大学等との共同研究については、この税理士等の監査を不要とする合理化が行われました。
★重要：知っておくべきポイント
「大学と共同研究をしているのであれば、どの大学と行っても自動的に税理士の監査が不要になるはずだ」と思い込んでしまうケースが見られます。
しかし実際には、経済産業大臣から指定を受けた「指定大学等」との共同・委託研究であることが大前提となります。
指定を受けていない通常の大学等との共同研究では、これまで通り税理士や会計士等による監査を継続して受ける必要があるため注意が必要です。
★注意：よくある誤解
「監査が不要になったのだから、大学側の手続きもすべてなくなり完全に自由に進められるようになるのだろう」と誤解してしまう担当者様がいらっしゃいます。
実際には、税理士等の監査が不要になる代わりとして、大学等の長（本部）による正式な認定を受けることが新たな要件として組み込まれています。
手続きの窓口や担当者が変わるだけであり、適正な証明を受けるためのルール自体が消滅したわけではない点に注意しましょう。
一言でまとめると、「経産大臣が認めた指定大学等との共同研究であれば税理士の監査が不要になり、企業側の負担が軽くなる仕組みに変わった」ということです。
【№4 具体例】
研究開発税制の改正や大学との共同研究に関する具体的なケースを12個挙げます。
① 静岡市内のIT企業が、将来の技術革新を目指して国立大学の指定大学等と共同研究を行い、税理士等の監査なしでスムーズに特別試験研究費の税額控除を適用するケース。
② 浜松市内の製造業者が、地域内の大学と共同研究を進めるにあたり、その大学が指定大学等に該当するかどうかを経産省の公表情報で事前に確認するケース。
③ 静岡の企業が、指定大学等に該当しない一般の大学と共同研究契約を結び、従来通り公認会計士等による厳格な支出監査を受けてから申告に臨むケース。
④ 浜松の企業が、社内に専門のプロジェクトチームを置き、大学の産学連携本部と連携しながら共同研究の契約手続きや経理処理を円滑に進めるケース。
⑤ 最先端のシステムを活用する静岡の企業が、共同研究にかかる費用分担や成果の帰属に関する規定を大学側の公表ルールに基づいてしっかりと整備するケース。
⑥ 浜松の経営者が、税理士法人からのアドバイスを受けながら、研究開発税制のオープンイノベーション型における適用要件と必要書類を漏れなく揃えるケース。
⑦ 静岡や浜松の企業が、産学連携本部における相談窓口の利用経験や、専門職員の配置状況が指定大学の要件にどのように影響するかを把握するケース。
⑧ 多くの研究開発費を投じる浜松の企業が、改正法の施行時期や附則のルールを確認し、自社の事業年度に合わせた最適な適用スケジュールを組むケース。
⑨ 静岡の企業が、大学等の長（本部）による認定を受けるための申請書類を作成し、適正なプロセスを経て研究費用の証明書を取得するケース。
⑩ 浜松市内の企業が、税理士等の監査が不要になったことによるコスト削減効果と事務手続きの時間短縮を社内会議で共有して評価するケース。
⑪ 研究開発の初期段階から専門の顧問税理士と綿密な打ち合わせを行い、共同研究の契約書や協定書の内容に不備がないかをチェックしてもらうケース。
⑫ 静岡や浜松の地域経済を支える中小企業が、国が推進するオープンイノベーションの流れに乗り遅れないよう、大学との産学連携を積極的に活用するケース。
【№5 手順】
研究開発税制のオープンイノベーション型を適用し、適正に手続きを進めるための具体的なステップを解説します。
STEP① 自社が共同・委託研究を行おうとしている、または既に行っている大学が「指定大学等」に該当するかどうかを確認する。
STEP② 該当する大学が指定大学等である場合は、税理士や公認会計士等の監査が不要になることを確認し、社内のスケジュールを調整する。
STEP③ 指定大学等の場合は、税理士の監査に代えて「大学等の長（本部）」による認定を受けるための手続きを確認し、必要書類の準備を進める。
STEP④ 一方で、該当する大学が指定大学等以外である場合は、従来通り専門的な知識を有する税理士や会計士等による監査の手配を完了させる。
STEP⑤ 共同研究の契約や協定の内容、支出した費用の客観的なエビデンスを整理し、経理担当者と研究担当者で情報を共有する。
STEP⑥ 大学側の産学連携本部が定める相談窓口や契約事務の手続きに則り、適正な方法で研究費用の分担額を確定させる。
STEP⑦ 税理士等の監査が必要なケースでは監査を実施してもらい、不要なケースでは大学等の長による認定証明書を確実に入手する。
STEP⑧ 法人税の申告書を作成する際、研究開発税制のオープンイノベーション型に関する明細書に必要事項を正確に記載する。
STEP⑨ 静岡や浜松の信頼できる税理士法人に最終的な申告内容と添付書類のチェックを依頼し、不備がないかを念入りに確かめる。
STEP⑩ 税務申告の期限内に書類を提出し、正しく計算された税額控除の適用を受けて法人税の負担を適正に軽減させる。
【№6 FAQ】
Q1. 静岡や浜松の企業が大学と共同研究を行う際、どの大学でも税理士の監査が不要になりますか？
A1. すべての大学で不要になるわけではなく、経済産業大臣が指定する「指定大学等」との共同・委託研究であることが条件となります。
Q2. 指定大学等に該当しない大学と共同研究を行う場合はどうなりますか？
A2. 指定大学等以外の大学等については、従来通り税理士や公認会計士等による監査および大学等の確認が必要となります。
Q3. 税理士等の監査が不要になった場合、代わりにどのような手続きが必要になりますか？
A3. 税理士等の監査に代えて、大学等の長（本部）による認定を受けることが必要となります。
Q4. 指定大学等の要件にはどのようなものが含まれていますか？
A4. 産学連携本部の設置、相談窓口の設置、契約締結事務に従事する者の配置などが経済産業省告示で定められています。
Q5. 研究開発税制のオープンイノベーション型とはどのような制度ですか？
A5. 大学や国の研究機関等との共同・委託研究に要した特別試験研究費の額に一定の控除率を乗じて法人税額を控除できる制度です。
Q6. 改正後の適用開始時期はいつからとなっていますか？
A6. 原則として令和8年4月1日以後開始する事業年度からですが、同日前に開始し同日以後に終了する事業年度にも適用されます。
Q7. 企業が共同研究を進める際、大学側の窓口はどこに確認すればよいですか？
A7. 各大学に設置されている産学連携本部や専用の相談窓口において詳細を確認することができます。
Q8. 静岡や浜松の企業が研究開発税制の適用で迷ったときはどこに相談すべきですか？
A8. 静岡・浜松の中小企業さまを熱心にサポートしている最高のIT税理士法人までお気軽にご相談ください。
Q9. 改正前に行われていた税理士等による監査では、具体的に何を確認していましたか？
A9. 契約書の内容や、支出額の把握のために作成した数値を客観的に証明できるエビデンスの確認が行われていました。
Q10. 共同研究に係る費用分担や成果の帰属についてはどこで確認できますか？
A10. 大学等が定めて公表している共同研究に関する事項や実施規程の中に詳細が規定されています。
【№7 まとめ】
【結論（重要ポイントまとめ）】
1. 指定大学等との共同研究では税理士等の監査が不要となり、企業側の事務負担が大幅に軽減されること。
2. 指定大学等以外では従来通りの監査が必要となるため、相手方大学の指定状況を必ず事前に確認すること。
3. 静岡・浜松の企業さまも、新しい制度の要件を正しく理解し、大学側の本部認定手続きを活用して確実な税制優遇を受けること。
正確な情報に基づいたスケジュール管理を行い、研究開発を通じた企業の成長を力強く進めていきましょう。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3908号（2026年07月13日）「研究開発税制OI型 指定大学等は税理士・会計士等の監査が不要」
参考：国税庁タックスアンサー「No.5442 研究開発税制の概要」（参照日：2026-09-14）
参考：e-Gov法令検索「租税特別措置法（昭和32年法律第26号）第42条の4の2および租税特別措置法施行令第27条の5」（参照日：2026-09-14）
【№9 該当条文の説明】
租税特別措置法第42条の4の2および租税特別措置法施行令第27条の5では、法人が支出する特別試験研究費の額について、オープンイノベーション型（大学等との共同・委託研究等）の税額控除を適用するための要件や計算方法が規定されています。改正前は、特別試験研究費に該当することを証明するために税理士や公認会計士等による監査が必須とされていましたが、近年の改正により、経済産業大臣が指定する「指定大学等」との共同・委託研究については、その監査を不要とし、代わりに大学等の長（本部）の認定を受けることで要件を満たすものとする合理化措置が講じられました。これにより、産学連携の促進と企業の事務負担軽減が図られています。
参考：e-Gov法令検索「租税特別措置法（昭和32年法律第26号）第42条の4の2および租税特別措置法施行令第27条の5」（参照日：2026-09-14）の内容解説
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
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