保険料調整制度における源泉徴収対応の留意点に関する実務上のポイント

2026年10月1日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！

私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！

本日は、「保険料調整制度における源泉徴収対応の留意点に関する実務上のポイント」をお伝えさせていただきます！

【この記事で得られること】
令和8年10月から始まる保険料調整制度の仕組みや、対象となる短時間労働者の条件が分かります。

労使折半の割合を超えて事業主が負担した場合の、源泉徴収に関する具体的な取り扱いが理解できます。

実務で間違いやすい従業員の負担軽減や事業主の保険料控除の仕組みを正しく把握し、正確な給与計算ができるようになります。

「新しい保険料調整制度が始まると聞いたけれど、源泉徴収の扱いはどうなるのだろうか」

「パートやアルバイトの社会保険料を事業主が一時的に肩代わりした場合、給与として課税されるのだろうか」

「制度を利用するために事業主としてどのような手続きや確認が必要になるのか詳しく知りたい」

そんな疑問や不安を抱えている経営者の方や経理ご担当者様もいらっしゃるのではないでしょうか。

社会保険の適用拡大や新しい制度に関するルールは、日々の給与計算や源泉所得税の納付に大きな影響を与える重要なテーマです。

今回は、専門的な内容をやさしい言葉に噛み砕いて、順を追って分かりやすく紐解いていきます。

【№2 結論】

保険料調整制度における源泉徴収対応に関する重要ポイントは以下の通りです。

1. 令和8年10月1日より、新たに社会保険の加入対象となる短時間労働者を対象に、事業主が保険料の一部を一時的に肩代わりする保険料調整制度が始まること。

2. 通常は労使折半を超える事業主負担分は給与として源泉徴収の対象となるが、同制度に基づく超過分は給与等に該当せず源泉徴収が不要であること。

3. 制度を利用するためには、対象となった日から2年以内に事業主が年金事務所等へ申し出る必要があること。

制度の細かな仕組みを正しく把握し、自社の給与計算や源泉徴収において適切な処理を行うことが大切です。

【№3 やさしい解説】

健康保険料や厚生年金保険料は、原則として事業主と従業員が半分ずつ負担する労使折半の仕組みになっています。

そのため、事業主が従業員の負担すべき保険料を50％を超えて負担した場合、その超過分は従業員に対する経済的利益の供与とみなされ、原則として給与として源泉徴収の対象になります。

「新しく始まる保険料調整制度で従業員の保険料を肩代わりした場合も、給与として課税されてしまうのではないか」と心配する声が聞かれます。

★重要：知っておくべきポイント

「事業主が代わりに支払う金額が増えるのだから、当然に従業員にとっての給与が増えたものとして源泉所得税を計算しなければならない」と思い込んでしまうケースが見られます。

実際には、保険料調整制度に基づいて事業主が一時的に負担する増加分は、「事業主の負担すべき保険料」として位置付けられることが明確になっています。

そのため、健康保険組合の規約で負担割合を増加させた場合と同様に、源泉徴収は不要であるという取り扱いが適用されることになります。

★注意：よくある誤解

「肩代わりした分の金額が給与に該当しないのであれば、従業員が将来受け取る年金額や将来の給付にも何か悪い影響が出るのではないか」と不安に思う担当者様がいらっしゃいます。

実際には、従業員が将来受け取る年金額等にマイナスの影響が出ることはなく、事業主が支払う保険料からも最終的に調整される仕組みとなっています。

ルールの適用範囲を正しく知ることで、無用な誤解を防ぎ、確実な実務対応につなげることができます。

一言でまとめると、「保険料調整制度により事業主が一時的に負担する超過分は、事業主の負担すべき保険料となるため源泉徴収は不要である」ということです。

【№4 具体例】

保険料調整制度や源泉徴収の取り扱いに関する具体的なケースを12個挙げます。

① 静岡市内の事業所で、令和8年10月以降に新しく社会保険の加入対象となった短時間労働者について、保険料調整制度を適用するケース。

② 浜松市内の企業で、パートタイマーの健康保険料の負担を軽減するため、事業主が一時的に保険料の肩代わりを行うケース。

③ 静岡の店舗で、従業員負担分の保険料が軽減され、事業主が一時的に負担した超過分について給与として課税しない処理を行うケース。

④ 浜松の事務所で、厚生年金保険料についても保険料調整制度を活用し、50％を超えて事業主が負担した部分の源泉徴収を不要とするケース。

⑤ 静岡市内の企業が、従業員の毎月の保険料負担額の減少分を計算し、事業主の追加負担額を正しく給与システムに反映させるケース。

⑥ 浜松の経理担当者が、制度利用3年目に軽減の割合が半減するルールをふまえて、長期的な社会保険料の負担額を試算するケース。

⑦ 静岡の事業主が、対象となった日から2年以内に年金事務所等へ保険料調整制度の適用に関する申し出を行うケース。

⑧ 浜松の中小企業で、週の所定労働時間や月収の条件を確認し、対象となる短時間労働者を正確に洗い出すケース。

⑨ 静岡市内の任意特定適用事業所において、労使の合意のもとで短時間労働者を社会保険の加入対象として運用するケース。

⑩ 浜松の企業が、将来の段階的な適用拡大スケジュールを見据えて、従業員の社会保険加入に伴う実務準備を進めるケース。

⑪ 静岡の専門家チームが、源泉徴収の判定に迷う顧問先の給与計算内容を点検し、適正な税務処理をアドバイスするケース。

⑫ 浜松の事業者が、健康保険組合の規約における事業主負担の増加規定と今回の制度の共通点を確認し、社内体制を整えるケース。

【№5 手順】

保険料調整制度を正しく理解し、適切な源泉徴収や給与計算を進めるための具体的なステップを解説します。

STEP① 自社の従業員の中で、短時間労働者として新たに社会保険の加入対象となる人をリストアップする。

STEP② 週の所定労働時間や月収、学生ではないことなどの対象要件をすべて満たしているかを確認する。

STEP③ 対象事業所の要件や、任意特定適用事業所への該当状況、将来の適用拡大スケジュールを把握する。

STEP④ 保険料調整制度を利用するため、対象となった日から2年以内に年金事務所等へ必要な申し出を行う。

STEP⑤ 標準報酬月額に応じた被保険者の負担軽減割合を確認し、事業主が一時的に肩代わりする金額を計算する。

STEP⑥ 健康保険料および厚生年金保険料について、事業主が労使折半を超えて負担した部分を特定する。

STEP⑦ 超過負担分が「事業主の負担すべき保険料」として取り扱われるため、給与等に含めず源泉徴収の対象外とする。

STEP⑧ 給与計算ソフトや源泉所得税の集計において、肩代わり分が課税対象として誤って処理されていないかを確認する。

STEP⑨ 一定期間経過後に事業主が支払う保険料から軽減分が全額控除される仕組みに沿った経理処理を行う。

STEP⑩ 静岡や浜松の信頼できる税理士法人に相談し、給与計算や源泉徴収の処理に不安がないか最終チェックを受ける。

【№6 FAQ】

Q1. 静岡や浜松の事業者において、保険料調整制度はいつから始まりますか？
A1. 令和8年10月1日より、新たに社会保険の加入対象となる短時間労働者を対象として開始されます。

Q2. どのような従業員がこの制度の対象になりますか？
A2. 週の所定労働時間が20時間以上、月収が13万円未満、学生ではないという要件を満たす短時間労働者です。

Q3. 事業主が一時的に負担した保険料の超過分は、源泉徴収の対象になりますか？
A3. 同制度により増加した部分は事業主の負担すべき保険料と位置付けられるため、源泉徴収は不要です。

Q4. 健康保険料だけでなく、厚生年金保険料についても同様に源泉不要となりますか？
A4. はい、厚生年金保険料についても、同制度の適用時に50％を超えて事業主が負担した分は源泉不要となります。

Q5. 制度を利用するためにはどのような手続きが必要ですか？
A5. 対象となった日から2年以内に、事業主が年金事務所等へ申し出る必要があります。

Q6. 従業員が将来受け取る年金額や給付に悪影響はありませんか？
A6. いいえ、被保険者の将来の年金額等にマイナスの影響が出ることはありません。

Q7. 事業主の最終的な保険料負担が増えることはありますか？
A7. 一時的に負担した軽減分は一定期間経過後に事業主の支払う保険料から全額控除されるため、最終的な負担は増えません。

Q8. 制度の軽減割合は3年間ずっと同じですか？
A8. 通算3年間のうち、3年目には軽減の割合が半減する仕組みになっています。

Q9. 静岡や浜松で短時間労働者の社会保険適用拡大に備えて何を確認すべきですか？
A9. 今後の従業員数に応じた適用時期や、対象となるパート・アルバイトの雇用条件を事前に確認することが大切です。

Q10. 給与計算や源泉徴収の取り扱いに不安があるときはどこに相談すべきですか？
A10. 静岡・浜松の中小企業さまや個人事業主さまを親身にサポートしている最高のIT税理士法人までお気軽にご相談ください。

【№7 まとめ】

【結論（重要ポイントまとめ）】
1. 令和8年10月から始まる保険料調整制度を活用することで、新たに加入する短時間労働者の社会保険料負担を事業主が一時的に軽減できること。

2. 労使折半を超える事業主の負担分についても給与等に該当せず、源泉徴収が不要であるという取り扱いを正しく理解すること。

3. 静岡・浜松の皆さまも、対象要件や年金事務所への申し出などの手続きをふまえ、専門家のサポートを受けながら正確な給与計算を行うこと。

正確な知識を持ってスムーズに対応し、安心の労務管理と適切な税務処理を続けていきましょう。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3909号（2026年07月20日）「本年10月から始まる『保険料調整制度』の源泉徴収対応が判明」媒体名

参考：国税庁タックスアンサー「No.2508 給与所得となるもの」（参照日：2026-09-14）

参考：e-Gov法令検索「所得税法（昭和40年法律第33号）第28条」（参照日：2026-09-14）

【№9 該当条文の説明】

所得税法第28条では、給与所得の範囲について定められています。
具体的には、俸給、給与、賃金、賞与などの性質を持つ給付がこれに該当します。

通常の雇用関係においては、従業員が本来負担すべき社会保険料を事業主が肩代わりして支払った場合、その金額は「従業員が経済的な利益を受けた」とみなされます。
そのため、原則として給与の一部として扱われ、源泉徴収の対象となるのが基本的なルールです。

しかし、今回の「保険料調整制度」については特別な取り扱いがされます。
法律の規定に基づき、事業主が一時的に負担する保険料の増加分は、法令上で明確に「事業主が負担すべき保険料」として位置付けられました。

この法的な整理により、健康保険組合の規約などで事業主の負担割合を増やした場合と同じ扱いになります。
つまり、従業員への給与（経済的利益）には該当しないため、源泉徴収を行う必要はありません。

実務においては、この例外的な位置付けを正しく把握することが非常に重要です。
通常の給与課税のルールと混同して誤って源泉徴収を行わないよう、適正な給与処理を心がけましょう。

参考：e-Gov法令検索「所得税法（昭和40年法律第33号）第28条」（参照日：2026-09-14）の内容解説

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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