電子帳簿保存法の改正一問一答と実務対応ポイント

2025年10月8日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「電子帳簿保存法の改正一問一答と実務対応ポイント」についてお伝えいたします。
令和7年度の税制改正を踏まえ、国税庁が公表した通達やQ&Aの改訂では、重加算税の加重措置に関する新しい除外規定や、電子取引データ移行時の要件、さらにタイムスタンプの扱いが明確にされています。静岡や浜松の中小企業の皆さまにとっても、電子取引の導入やクラウド会計の活用と直結する重要な変更です。

【№2 結論】

今回の改正により、中小企業や個人事業主が注意すべき点は次のとおりです。
・電子取引データの保存要件がさらに厳格化。改ざん防止措置が必須であり、内部規程やシステムの見直しが欠かせません。
・JP-PINT形式などのXMLデータは「特定電磁的記録」として重加算税の加重措置から除外されるが、JPEGなどの画像データは対象外。形式によって扱いが異なるため、受け取ったデータの形式確認が重要です。
・データ移行時には「訂正削除防止規程」を整備すれば、旧システムから新システムへの移行も可能。規程がない場合は、形式的に保存していても不備とされるリスクがあります。
・タイムスタンプの付与方法は複数認められるが、いつ・どの形式で付与したかの記録を残しておくことが求められる。監査や税務調査時の「説明責任」に直結します。
・電子帳簿やスキャナ保存に関する保存期間は、法人税法・所得税法と同様に原則7年と整理。青色欠損金の控除などでは10年となるケースもあり、保存年数の把握も必須です。

★重要：今後は、電子帳簿保存法の要件を満たさない保存は「単なる形式不備」ではなく、重加算税のリスクや青色申告承認取消につながる可能性があります。
特に静岡や浜松の企業では、クラウド会計や電子請求書の導入が急速に進んでいるため、導入段階から顧問税理士やシステムベンダーと連携し、新しいQ&Aに沿った運用ルールを固めることが不可欠です。

【№3 やさしい解説】

電子帳簿保存法（電帳法）は、紙での保存を前提としてきた帳簿・書類を電子的に保存できるようにした法律です。もともとは事務の効率化を目的に導入されましたが、改正を重ねる中で「改ざん防止」「透明性の確保」が重視されるようになりました。
今回の国税庁の一問一答改訂で、特に重要な点をやさしく整理します。
① 重加算税の加重措置の除外
・本来、不正（隠蔽・仮装）があると重加算税が10％加重されます。
・ただしJP-PINT準拠のXMLデータなど「改ざん防止ができる形式」で保存される場合は、除外される可能性があります。
・JPEGやテキスト埋め込み型PDFは対象外で、添付型PDFやXMLデータのみ対象です。
② 電子取引データの移行ルール
・新しいシステムに切り替える際にも、移行中にデータが改ざんされない仕組みが必要です。
・具体的には「訂正削除防止に関する事務処理規程」を作ることで、移行中も要件を満たせます。
③ タイムスタンプの扱い
・電子取引データには「いつ保存したか」が分かる証拠としてタイムスタンプを付けます。
・ワードやエクセルに直接付与する方法、PDFに変換してから付与する方法、添付形式で付与する方法など複数認められています。
④ 保存期間の整理
・帳簿・書類・電子取引データの保存期間は原則7年と明示。
・例外的に10年となるケースもありますが、基本は7年を念頭に置いてください。
★注意：
形式によっては除外措置が受けられないため、単に「PDFで保存しているから安心」というわけではありません。静岡や浜松の中小企業でも、請求書や領収書をスキャンして保存している場合は、データ形式の見直しが必要です。

【№4 具体例】

ここでは、静岡や浜松の中小企業で実際にありそうなケースを例にして、電子帳簿保存法改正後のポイントを具体的に整理します。
① 小売業の請求書保存
・静岡市内の小売業者A社が、取引先からXML形式のデジタルインボイスを受領。
・JP-PINT準拠の形式で受け取ったため、重加算税の加重措置除外の対象となり得る。
・ただし、メール添付のJPEG請求書を保存した場合は対象外。
② 建設業のシステム入替え
・浜松市の建設会社B社が、経理システムを2026年にクラウド型へ移行。
・データ移行時に「訂正削除防止の事務処理規程」を整備し、改ざん防止要件をクリア。
・国税庁の要件を満たしたため、移行後も適正保存と認められる。
③ 医療法人のタイムスタンプ付与
・静岡県中部の医療法人Cが、ワード形式の契約書データをPDFに変換。
・その後、タイムスタンプを付与して保存。
・これにより、改ざん防止と保存要件を同時に満たすことができた。
④ 製造業の取引データ管理
浜松市の製造業D社は、銀行決済データを「特定電子計算機処理システム」で保存。
国税庁が定める基準を満たすため、加重措置の除外対象に含まれる。
⑤ サービス業のスキャン保存
・静岡市のサービス業E社が、紙領収書をスキャンしてJPEGで保存。
・この場合は「特定電磁的記録」に該当せず、除外措置の対象外。
・PDF形式に変換し、適切なタイムスタンプ付与が必要。
⑥ 顧問税理士との確認ポイント
・取引先からPDFで受領したデータが「埋め込み型」か「添付型」かを税理士に確認。
・添付型PDFであれば対象になるが、埋め込み型は対象外。
・実務上は、顧問税理士に早めに相談して形式を確認することが重要。
★重要：
単に電子保存しているだけでは不十分です。形式・方法・規程整備の3点セットで対応する必要があります。

【№5 手順】

電子帳簿保存法の改正に対応するための実務手順を、できるだけシンプルに整理します。静岡や浜松の中小企業でも実行しやすい流れにしています。
① 対象データの確認
・電子取引データがどの形式で保存されているか確認する。
・XMLやJP-PINT準拠なら要件を満たす可能性あり。
・JPEGや埋め込み型PDFは対象外のため再検討が必要。
② 保存方法の決定
・クラウドシステムや社内サーバーなど、保存先を明確化する。
・改ざん防止のため、訂正削除履歴が残る仕組みを選ぶ。
・移行を伴う場合は「訂正削除防止の事務処理規程」を必ず制定する。
③ タイムスタンプの付与
・電子データにタイムスタンプを付与して、改ざんを防止。
・ワードやエクセルからPDF化して付与する方法が推奨される。
・契約書や請求書は特に早期の付与が安全。
④ 内部規程の整備
・「訂正削除の防止に関する事務処理規程」を作成。
・社内ルールを明文化することで、調査時にも説明が可能。
・顧問税理士と一緒に規程を確認・改訂することが望ましい。
⑤ データ移行時の対応
・システム変更の際は、旧システムからのデータを改ざん不可の状態で移行。
・タイムスタンプが付与できない場合は、規程整備で補う。
・保存期間（法人は原則7年）を満たすように移行計画を立てる。
⑥ 運用後のチェック
・保存データが正しい形式か定期的に確認する。
・税理士と年1回程度はレビューを実施。
・誤った形式で保存し続けると、除外措置を受けられないため要注意。
★注意：
「保存しているから安心」と思わず、定期的な点検が不可欠です。実務では、保存形式と規程整備の両方を揃えることがポイントです。

【№6 FAQ】

① 電子取引データは必ずXML形式でなければなりませんか？
・いいえ。必須ではありませんが、JP-PINT準拠XML形式は要件を満たしやすい形式です。JPEGや埋め込み型PDFは対象外になるため注意が必要です。
② PDFデータでも保存してよいですか？
・添付型PDF（XMLデータを内包するもの）は認められます。一方、単なる画像PDFや埋め込み型は改ざん防止が困難なため対象外です。
③ タイムスタンプは必ず付ける必要がありますか？
・付与は推奨されますが、訂正削除防止規程を定めれば補完可能です。ただし税務調査対応を考えると、タイムスタンプ付与が最も安全です。
④ システムを変更した場合、旧データはどうなりますか？
・改ざん防止の要件を満たした状態で新システムに移行すれば有効です。移行時に事務処理規程を整備しておくことが重要です。
⑤ データ保存期間は何年必要ですか？
・法人の場合、帳簿・書類は原則7年間保存が必要です。電子取引データも同様で、青色欠損金がある場合などは最長10年となります。
⑥ 浜松市の中小企業でもクラウド保存で対応できますか？
・はい。クラウドサービスは全国どこからでも使えるため有効です。ただし契約前に「訂正削除履歴が残るか」を必ず確認してください。
⑦ 紙に出力して保存すれば問題ありませんか？
・電子取引については、紙保存は原則認められません。電子的に保存し、改ざん防止の要件を満たすことが求められます。
⑧ 社内にIT担当がいない場合はどうしたらいいですか？
・顧問税理士に相談するか、システムベンダーのサポートを利用すると安心です。静岡市や浜松市の事業者向けにIT導入補助金の支援もあります。
⑨ タイムスタンプを後からまとめて付与しても大丈夫ですか？
・原則は取引後速やかに付与が必要です。ただし合理的な理由がある場合は、一定期間まとめて処理することも可能です。
⑩ 電子帳簿保存法に違反したらどうなりますか？
・保存要件を満たさない場合、青色申告の承認取り消しや、重加算税の対象になるリスクがあります。
⑪ 特定電磁的記録の「除外措置」とは何ですか？
・重加算税を10％加重するルールから除外される仕組みです。JP-PINT準拠XMLなど、改ざん防止要件を満たす場合に適用されます。
⑫ 保存システムは必ず国税庁指定のものでないとだめですか？
・国税庁長官が定める基準に適合すればOKです。市販クラウドでも基準を満たしていれば利用可能です。

【№7 まとめ】

電子帳簿保存法の改正は、単なる「保存の義務化」ではなく、企業経営にとって「信頼性を高める仕組みづくり」です。紙での保存から電子化への移行は一見負担に感じられるかもしれませんが、長期的には業務効率の改善や内部統制の強化につながります。
・電子取引データは、タイムスタンプ付与や訂正削除防止規程の整備により、改ざん防止の要件を満たすことができます。
・XMLや適切なPDFは対象ですが、JPEG等の画像データは対象外です。データ形式の選択を誤ると不備となるため注意が必要です。
・システム移行時には「訂正削除防止規程」を制定しておけば、旧システムから新システムへの移行も認められます。
・保存期間は原則7年ですが、青色申告で欠損金繰越控除を使う場合などでは10年保存が必要です。
★重要：形式的な整備にとどまらず、社内の運用ルールや責任者の明確化も欠かせません。定期的な社内チェック体制を組み込み、監査や税務調査に備えることが安心につながります。
静岡や浜松の中小企業の皆さまも、早めの準備により「義務対応」から一歩進んで「業務効率化」「コスト削減」「信頼性向上」へとつなげることが可能です。電子帳簿保存法を単なる負担ではなく、経営の武器に変えていく視点が求められます。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3858号（2025年7月7日）「国税庁　電帳法・電子取引関係の一問一答を改訂」税務研究会
参考：国税庁タックスアンサー「No.2500 電子帳簿保存法の概要」（参照日：2025-10-01）
参考：e-Gov法令検索「電子帳簿保存法第8条・規則第4条・第5条」（参照日：2025-10-01）

【№9 該当条文の説明】

電子帳簿保存法の改正に関連する主要条文を、要点を絞ってまとめます。
・電子帳簿保存法第8条
国税関係帳簿・書類を電子データで保存する場合の要件を定めています。改ざん防止措置や検索要件の整備が必須とされています。
・電子帳簿保存法規則第4条
電子帳簿等保存に関する具体的な技術的要件を規定しています。例えば、入力年月日や訂正履歴の確認方法が必要です。
・電子帳簿保存法規則第5条
電子取引データ保存に関する要件です。改ざん防止のためのタイムスタンプ、訂正削除の防止規程、システム利用基準などが明文化されています。
・改正のポイント
① 重加算税の加重措置除外（令和9年1月以降）
② JP-PINT準拠XMLデータは対象、JPEG画像は対象外
③ 移行時は「訂正削除防止規程」による対応も可
★注意：これらの条文は「実務上のチェックリスト」として利用すると便利です。顧問税理士やIT担当者と条文を突き合わせながら、自社の保存体制を見直すことが重要です。

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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