国税庁が開始するオンライン税務調査の最新動向

2025年10月31日

【№1】はじめに

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「国税庁が開始するオンライン税務調査の最新動向」についてお伝えさせていただきます！
令和7年9月より、国税庁は「ガバメントソリューションサービス（GSS）」を全国の国税局に導入します。
これにより、税務調査の現場が大きく変わります。
これまで「税務署の調査＝突然の訪問」「紙の資料提出」というイメージでしたが、
今後は、Teamsでの面談、メールでの資料依頼、オンラインストレージでのデータ提出が可能となります。
つまり、税務調査が“オンライン対応”の時代に入るのです。

【№2】結論

★重要
今回のオンライン税務調査は、すべての税目・すべての納税者を対象とする抜本的改革です。
法人税・消費税・源泉所得税に加え、所得税・相続税・贈与税など、個人・法人を問わずオンライン化が進みます。
これは単なる「コロナ禍対応」ではなく、国税庁が進める**デジタル行政（GSS構想）**の本格始動といえます。
令和7年9月に金沢・福岡国税局で先行導入され、令和8年6月までに全国の国税局へ展開。
つまり、令和8年夏以降はオンライン調査が標準手続きとして全国的に定着する見通しです。
★実務上の要点
オンライン調査は納税者の同意制であり、強制ではありません。
　しかし「利便性」「スピード」「証拠性」などの点から、同意する企業が大半になると予想されます。
メール・Teams・PrimeDriveによる通信記録はすべて残るため、後日トラブル防止の観点でも有効です。
一方で、セキュリティやアクセス管理を怠ると、情報漏えいのリスクを抱える可能性もあります。
★経営者が備えるべき3つの判断軸
① 「オンライン調査を受けるかどうか」の意思決定を早期に。
② 「どの情報まで開示するか」を社内ルール化。
③ 「誰が窓口になるか」を明確に。
たとえば、担当者が不在の際に税務署から急なメール照会が届くこともあります。
その際、社内で権限・責任が明確でないと、返信遅延や誤送信につながります。
また、オンライン調査は透明性の高い調査でもあります。
従来の「調査官が現場で資料をめくる」形式から、
「電子データをクラウドで照合する」形式に変わることで、
調査の公平性・記録性が格段に向上します。
静岡・浜松の企業でも、電子帳簿保存法対応やクラウド会計導入が進んでおり、
この流れに早期対応しておくことで、税務調査の負担軽減・スピード対応の両立が可能です。
経営者に求められるのは、「紙からデータへ」「属人から体制へ」という意識転換です。

【№3】やさしい解説

オンライン調査とは、税務署や国税局の調査官が、
企業や個人事業主に対してインターネットを通じて行う税務調査のことです。
これまでのように調査官が事業所を訪問したり、郵送で資料をやり取りしたりする必要が減ります。
使用されるのは主に次の3つです。
メールによる連絡
Teamsによるオンライン面談
PrimeDriveによる帳簿・書類データの受渡し
★背景
この仕組みは、国税庁が導入する「ガバメントソリューションサービス（GSS）」に基づくものです。
行政手続全体をデジタル化する流れの中で、税務調査もオンライン化が進んでいます。
★目的
納税者の利便性向上（移動・郵送の負担軽減）
税務行政の効率化（データで迅速照合）
通信履歴の保存による透明性・公平性の確保
★納税者のメリット
調査対応にかかる時間・コストを削減できる
データ提出履歴が残り、誤解や行き違いを防げる
再提出依頼にも迅速に対応できる
★注意点
一方で、社内のIT環境や情報管理体制が整っていないと、
誤送信やデータ流出などのリスクが高まります。
また、オンライン面談では対面よりも「ニュアンス」が伝わりにくいため、
文書や数値の正確性が一層重視されます。
静岡・浜松の中小企業においても、クラウド会計や電子帳簿保存を進めることで、
今後のオンライン調査に円滑に対応できる体制づくりが重要になります。

【№4】具体例

① 浜松市の製造業A社
　帳簿データをMFクラウドに保存しており、調査官がPrimeDriveを通じて閲覧。
　実地訪問なしで、消費税の仕入控除の妥当性を確認。
② 静岡市のIT企業B社
　Teamsで調査官とのオンライン面談を実施。
　経費の性質を共有画面で説明し、2時間で完了。
③ 東京在住の個人事業主（相続税対象）
　税務署からメールで資料依頼を受け、クラウド上で提出。
　書面提出に比べて数日短縮。
④ 医療法人C（浜松）
　源泉所得税調査をオンラインで実施。
　給与台帳データを送信し、源泉控除額の整合性を確認。
⑤ 不動産業D社
　譲渡所得に関する証憑をPDF化して送付。
　担当者が複数拠点に分かれていたが、Teams上で一括確認。
⑥ 相続調査（静岡市在住の遺族）
　遺産分割協議書をスキャンして共有。
　補足説明をオンライン面談で行い、対面不要で完結。
⑦ 建設業E社
　e-Taxで提出できなかったファイルをPrimeDrive経由で再送。
　容量制限の問題を解消。
⑧ 個人事業主（クリニック）
　インボイス制度導入後の消費税還付調査をオンラインで実施。
　電子保存データを共有するだけで済み、移動時間ゼロ。
⑨ 小売業F社（浜松）
　調査開始通知を電話で受けた後、調査官からメール依頼。
　調査当日までに全資料をデータ化し、対応がスムーズに。
⑩ 製造業G社（静岡）
　会計担当者が育休中だったため、在宅勤務環境からTeamsで対応。
　柔軟な調査が可能になった例。

【№5】手順

オンライン税務調査は、国税庁の標準手順に沿って行われます。
ここでは実務担当者が把握しておくべき5段階の流れと注意点を詳しく解説します。
① 事前通知（電話・口頭）
　調査官から「対象税目」「期間」「方法」などが口頭で伝えられます。
　この段階でオンライン調査を希望するか、対面を希望するかを選択可能です。
　ただし、混在型（メール＋一部対面）も許容されるため、柔軟に対応を検討しましょう。
② 同意書提出と登録（Microsoft Forms）
　調査官から送られたフォームで、メールアドレスや同意内容を登録します。
　登録事項には以下が含まれます。
　- メールアドレス（法人は代表または経理責任者宛）
　- Teams面談への同意
　- PrimeDriveによるデータ受渡しの同意
　- セキュリティ同意事項（暗号化・再送信禁止など）
　登録後、テストメールが送られ、受信確認後に正式承認されます。
　この時、担当者を複数登録しておくことで、業務の属人化を防げます。
③ テスト通信と動作確認
　調査官と納税者間で実際にメールを送受信し、PrimeDrive接続の動作確認を行います。
　通信が確認されると、「正式利用可」となります。
　通信ログは国税庁サーバーに自動記録されるため、後日の証拠管理にも活用できます。
④ 本調査の実施
　- メールでの資料依頼（提出期限付き）
　- PrimeDriveへのデータ提出（暗号化必須）
　- Teams面談による質疑応答
　- 必要に応じた再確認・再提出
　資料提出時は、ファイル名に税目・年度・科目を明記すると調査がスムーズです。
　面談では画面共有により、証憑・仕訳をリアルタイムで確認できるため、
　実地調査に比べ短時間で事実確認が進みます。
⑤ 結果通知・後処理
　調査終了後、調査官から「結果通知書」または「修正依頼書」が届きます。
　オンラインで修正申告を行う場合は、e-TaxとPrimeDriveを併用して提出します。
　調査記録は最低でも7年間保存しておくのが望ましいです。
★補足：実務担当者が注意すべき3つの点
1. 通信障害発生時の連絡ルール（代替連絡先・FAX番号）を明記する。
2. 提出データは社内サーバーにもバックアップ保存。
3. 個人情報を含むデータはZIP暗号化＋別送パスワードを徹底。
★経営者向け助言
静岡・浜松エリアでは今後、地方税務署もGSS端末配備を進めています。
オンライン調査の実施は「選択」ではなく、近い将来の標準業務となるでしょう。
クラウド会計・電子帳簿・電子申告の連携を進め、
「いつでもどこでも調査対応できる経理体制」こそが、これからの信頼経営の鍵となります。

【№6】FAQ（よくある質問10問）

① Q：オンライン調査は強制ですか？
　A：いいえ。納税者の同意が必要です。同意書の提出をもって正式に開始します。
② Q：同意しない場合、通常の調査になりますか？
　A：はい。従来どおり、対面での実地調査が行われます。
③ Q：Teams以外の会議ツールは使えますか？
　A：原則、国税庁が指定する「Microsoft Teams」のみ使用されます。
④ Q：メールのやり取りで注意すべき点は？
　A：誤送信防止と、添付ファイルの暗号化が基本です。調査用メールアドレスを分けるのが安全です。
⑤ Q：PrimeDrive以外のストレージサービスは利用可能ですか？
　A：現時点では不可。GSSに連携された「PrimeDrive」のみが公式に認められています。
⑥ Q：メールでの連絡は誰宛てに届きますか？
　A：法人であれば代表者または経理責任者、個人事業者であれば本人宛てに送付されます。
⑦ Q：調査で資料を求められた場合、期限はどうなりますか？
　A：メール通知に期日が明記されます。延長希望は返信で申請可能です。
⑧ Q：オンライン調査で録画・録音されることはありますか？
　A：基本的に録画しません。ただし、重大な確認事項がある場合、双方の同意で録画するケースもあります。
⑨ Q：相続税や贈与税でもオンライン対応できますか？
　A：はい。令和8年度以降は資産税分野にも対象が拡大されます。
⑩ Q：静岡・浜松の企業では、いつから実施されますか？
　A：東海地区のGSS端末配備は令和8年3月〜6月頃が予定されています。
　　したがって、静岡県内の調査も令和8年春以降に本格化します。

【№7】まとめ（オンライン調査の実務上のポイント）

★重要
国税庁が開始するオンライン税務調査は、単なる効率化ではなく、税務行政の構造転換です。
これまで「紙と対面」を中心に進められていた税務調査が、今後はデータと通信を基盤に行われます。
【経営者が今すぐ取り組むべき3つの準備】
① 電子帳簿保存法対応の徹底
　電子データで提出を求められるケースが増加します。
　クラウド会計（例：マネーフォワード・freeeなど）との連携が重要です。
② 社内情報セキュリティの見直し
　オンラインストレージ利用時には、アクセス権限と暗号化を明確に管理すること。
　誤送信や漏えい対策が問われます。
③ オンライン対応マニュアルの整備
　税務調査対応フローを「オンライン用」と「対面用」に分け、社内で共有します。
　担当者不在時でも、誰がどの手順で同意・資料送信するか明確にしておくと安心です。
【静岡・浜松の中小企業さまへ】
地域によってはまだ対面調査が中心ですが、今後は全国的にオンライン化が進みます。
静岡・浜松エリアでも、早めのデジタル対応準備が将来の安心につながります。
私たち最高のIT税理士法人は、これらの変化を現場視点でサポートしています。

【№8】出典

出典：『税務通信』第3861号（2025年07月28日）「国税庁　全税目で法人・個人へのオンライン調査を開始」
参考：国税庁タックスアンサー「税務調査の概要」（参照日：2025-07-28）
参考：e-Gov法令検索「国税通則法」「電子帳簿保存法」（参照日：2025-07-28）

【№9】該当条文の説明（国税通則法・電子帳簿保存法）

オンライン税務調査の根拠は、**国税通則法第74条の2（質問検査権）**および
**電子帳簿保存法（電子計算機使用による帳簿書類の保存）**に関連します。
① 国税通則法第74条の2
「調査官は必要があるときは、納税者に質問し、帳簿書類の提示又は提出を求めることができる。」
→ これをオンライン手段で実施可能としたのが今回のGSS導入です。
　つまり、法的権限自体は変わらず、手段が電子化されたにすぎません。
② 電子帳簿保存法第10条
「電子計算機による帳簿の保存方法について、税務署長の承認を得る必要がある。」
→ ここでいう「電子計算機」がクラウドサーバに拡大解釈され、オンライン提出が実務上認められています。
【補足：改正経緯】
電子帳簿保存法は令和3年度改正で大きく緩和され、紙保存義務が撤廃されました。
今回のオンライン調査は、この流れを受けた**次のステージ（デジタル調査行政）**です。
GSS導入により、調査官も国税庁共通端末から安全に通信できる環境が整い、
国税行政のデジタル・ガバメント化が本格始動します。

【№10】おわりに

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、
静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。
実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、
正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
無料相談をご希望の方は、最高のIT税理士法人へお気軽にお問い合わせくださいませ。
https://toc-tax.jp/contact/