新設法人とインボイス登録の特例（登録時期の特例と期限の取扱い）

2025年11月23日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「新設法人とインボイス登録の特例（登録時期の特例と期限の取扱い）」についてお伝えさせていただきます！

【№2 結論】

新しく設立された法人がインボイス制度の登録を行う際には、
「登録時期の特例」を正しく理解することが非常に重要です。
★重要
この特例を適用するためには、「事業開始日の属する課税期間の末日まで」に登録申請書を提出する必要があります。
そして、その期日が土日や祝日であっても、国税通則法上の「期限の特例」は適用されません。
つまり、提出期限が12月31日（土）や日曜日であっても、その日までに登録申請書を提出しなければならないのです。
これは、消費税の申告書提出のように「末日の翌日から2か月以内に提出」と定める条文ではなく、
「末日までに提出した場合に限り有効」とされているためです。
この違いを理解していないと、登録の適用が翌期からになってしまうリスクがあります。
静岡や浜松で新しく会社を立ち上げた中小企業の方々からも、
「年末や休日をまたぐとどうなりますか？」というご相談をよくいただきますが、
この特例に「期限の特例」は使えないため、期末日（たとえ休日でも）提出が必須です。
さらに、新設法人が免税事業者である場合、
原則として「課税事業者選択届出書」も登録申請書と一緒に出す必要があります。
ただし、令和11年（2029年）9月30日までに登録を受ける場合には、
この届出書の提出を省略できる暫定的な緩和措置が設けられています。

★注意
この特例を正しく使わないと、インボイス登録日が翌課税期間の初日になってしまい、
その間に発行した請求書が「インボイスとして無効」となるおそれがあります。
特に、新設法人が年末に登記されたケースでは、12月31日が提出期限となるため、
年末休暇中の税務署受付体制も踏まえた事前対応が不可欠です。

【№3 やさしい解説】

1 「登録時期の特例」とは？
通常、インボイス登録は申請をしてから概ね1か月程度で登録が完了します。
しかし、新たに設立された法人の場合、設立直後から課税事業者として取引を開始するケースも多いため、
「登録時期の特例」が設けられています。
これは、登録申請書を課税期間の末日までに提出すれば、
その課税期間の初日に遡って登録を受けたものとみなす制度です（消費税法施行令第70条の4）。
2 なぜ期限の特例が使えないのか
国税通則法第10条第2項の「期限の特例」は、
「申告書等を期限内に提出する義務が定められているもの」に適用されます。
たとえば、「末日の翌日から2か月以内に提出」と明記された確定申告書が典型です。
一方、登録時期の特例は「末日までに提出した場合に有効」とされるものであり、
期限を過ぎた場合の救済規定がないため、休日であっても繰延適用はできません。
3 どんな法人が対象か
設立後すぐに課税取引を始める法人
消費税の課税売上が見込まれる法人
登録を受けないと取引先に仕入税額控除を提供できない業種（建設・製造・ITなど）
4 実務上のリスク
登録申請書を年明けに出したため、登録が翌期適用になってしまった。
書類を郵送したが、税務署到達日が期限翌日で無効になった。
登記日が10月1日など期末に近く、提出までの猶予がわずかだった。
5 提出先・方法
原則として本店所在地を管轄する税務署に「適格請求書発行事業者の登録申請書」を提出します。
電子申請（e-Tax）でも受付されますが、提出日は「送信完了日」で判断されるため、
通信障害やメンテナンスに注意が必要です。
6 よくある誤解
「期末が休日なら翌営業日でいい」という誤解が最も多いです。
しかし、これは確定申告など“期限を翌日に繰り延べる仕組み”のある手続きに限られます。
登録時期の特例は“その期日までに提出”が条件のため、1日でも遅れると特例が使えません。
7 静岡・浜松の中小企業の現場での注意点
静岡や浜松では、年末決算の法人が多く、
特に12月設立・12月決算というケースが頻発しています。
その場合、12月31日までに提出が必要ですが、
郵送では年内到達が難しい場合もあるため、電子申請での即日提出が推奨されます。
8 課税事業者選択届出書の扱い
新設法人が免税事業者としてスタートし、
登録時期の特例を使って課税事業者になる場合には、
原則「課税事業者選択届出書」を同時提出します。
ただし、令和11年9月30日までに登録する場合は届出不要の取扱いがあり、
事務負担が軽減されています。
9 この特例を使うメリット
設立日からインボイス発行が可能
取引先が仕入税額控除を確実に受けられる
開業初期から信頼性の高い取引関係を築ける
10 見落としやすいポイント
登録申請書と同時に「課税事業者選択届出書」を提出するかどうか、
また、提出期限を年末・休日が挟む場合にどう対応するかが、実務上の分かれ目です。

【№4 具体例】

以下に、インボイス制度の「登録時期の特例」に関して注意すべき具体的な事例を10件紹介します。
これらは新設法人が年末や休日を挟んで登録を行う際に起こりがちなケースです。
1 例1：12月設立法人の登録遅延
12月20日に設立し、課税期間の末日は12月31日（土）。
→ 「期限の特例」は使えず、12月31日（土）までに申請書が到達していなければ無効。翌期からの登録扱いとなる。
2 例2：郵送提出が年明け到達
12月30日にポスト投函したが、税務署到達は1月4日。
→ 提出期限を過ぎているため特例適用不可。設立期の取引にインボイスを発行できない。
3 例3：e-Tax送信トラブル
12月31日の夜にe-Tax送信したが、通信エラーで未送信。
→ 実際の「送信完了時刻」が期限を超えた場合は無効。再提出では翌期扱い。
4 例4：期末が日曜日
3月31日（日）が課税期間末日の場合でも、
→ 翌営業日提出は不可。3月31日23:59までに電子提出が必要。
5 例5：新設法人が免税事業者
設立当初は売上が少ないため免税扱いだが、取引先から「インボイス登録してほしい」と依頼。
→ 登録時期の特例を使うなら「課税事業者選択届出書」も併せて提出。
6 例6：課税事業者選択届出書の省略
設立初年度が令和11年9月30日以前の場合、
→ 登録申請書だけでOK。別途届出は不要（暫定措置）。
7 例7：設立登記が月末日
10月31日に法人登記を完了。
→ 登記当日が課税期間初日であり、末日も同日。登録時期の特例を使うには当日申請が必須。極めて短期間。
8 例8：申請書の記載ミス
提出期限内に出しても、申請書に不備（署名漏れ・日付誤り）があると無効になる場合あり。
→ 形式不備で差戻し後に再提出すると、期限超過扱い。
9 例9：課税期間が短期決算の場合
9月設立、初年度を12月決算としたケース。
→ 3か月しかないが、課税期間の末日は12月31日。そこまでに申請必須。
10 例10：静岡・浜松の企業で年末閉庁
静岡市や浜松市の税務署は12月29日から閉庁する場合が多い。
→ 郵送では年内到達が困難。電子申請での提出が実務的。
★重要
登録時期の特例を活用するには、**「期末日＝提出期限」「休日延長なし」「電子申請推奨」**の3点を必ず意識してください。

【№5 手順】

インボイス登録時期の特例を確実に適用するための実務手順をまとめます。
1 スケジュールを逆算する
設立日から課税期間末日までの日数を把握。
提出期限が休日に当たらないか確認。
2 提出書類を準備
適格請求書発行事業者の登録申請書
（免税事業者の場合）課税事業者選択届出書
定款・登記事項証明書（控えで可）
3 提出方法を決定
郵送の場合：年内到達を確実にするため、速達＋配達記録を利用。
電子申請の場合：e-Taxの送信完了時刻が期限基準。
4 提出日の記録保存
提出控え・受付印・電子送信日時のスクリーンショットを保存。
後日の税務調査やトラブル防止に役立つ。
5 免税事業者の特例確認
令和11年9月30日までの期間内登録は、「課税事業者選択届出書」の提出を省略可能。
→ 国税庁サイトの最新取扱要領を必ず確認。
6 特例が使えない場合の対応
登録時期の特例を逃した場合、次の課税期間の初日から登録となる。
その間の請求書は「インボイス」にならず、取引先の仕入税額控除が不可。
7 税務署への提出状況確認
提出後に「登録完了通知」が届くまで数週間かかることがあるため、
年末設立の場合は早めの申請が望ましい。
8 静岡・浜松の企業での実務ポイント
年末の郵送はリスクが高いため、電子申請（e-Tax）一択。
静岡・浜松両税務署とも閉庁期間を事前に確認。
9 顧問税理士への確認
税理士を通して電子申請することで、期限直前の提出リスクを回避できる。
10 提出後の控え整理
電子申請の場合、受付結果（受信通知）をPDF保管。
紙提出の場合、控えに受付印をもらい保存。

【№6 FAQ】

1 Q：期末日が休日のとき、翌営業日に提出しても有効ですか？
A：いいえ。期限の特例は適用されません。期末日までに提出が必要です。

2 Q：郵送提出では消印日が基準になりますか？
A：いいえ。税務署への到達日が基準です。消印日では判断されません。

3 Q：e-Taxで送信が夜中になった場合は？
A：送信完了時刻が基準です。23:59までに完了していないと期限超過です。

4 Q：免税事業者でも登録時期の特例を使えますか？
A：はい。ただし、原則は課税事業者選択届出書の同時提出が必要です。
5 Q：令和11年9月30日までに登録すれば届出書は不要？
A：そのとおりです。この期間内は届出書省略が認められています。

6 Q：新設法人でもすぐにインボイス発行できますか？
A：登録申請書を期限までに出していれば、課税期間初日に遡って登録されます。

7 Q：提出を忘れた場合の救済措置はありますか？
A：残念ながらありません。翌課税期間の初日から登録となります。

8 Q：静岡の税務署は年末いつまで開いていますか？
A：通常12月28日まで。29日以降は閉庁のため電子申請が確実です。

9 Q：浜松市の企業が代理で税理士に依頼することはできますか？
A：はい。税理士による代理送信が可能です。提出日も代理送信時点で確定します。

10 Q：提出後どれくらいで登録完了しますか？
A：約2〜4週間です。年末年始は処理が遅れる傾向があるため注意。

【№7 まとめ】

新たに設立された法人がインボイス制度に登録する際は、「登録時期の特例」を正しく理解しておくことが非常に重要です。
この特例は便利な制度である一方で、「期限の特例」が使えないという落とし穴があります。
ここまでの内容をまとめると、次の10点が実務上のポイントです。
1 「登録時期の特例」は課税期間の初日に遡って登録できる制度。
2 そのためには「課税期間の末日まで」に登録申請書を提出することが条件。
3 土日祝日であっても期限延長は一切なし。
4 郵送の場合は到達日基準。消印ではない。
5 e-Taxの場合は送信完了時刻が基準。
6 免税事業者の場合は課税事業者選択届出書も原則必要。
7 ただし令和11年9月30日までは届出書の提出省略が認められている。
8 提出期限を過ぎると、登録が翌課税期間初日からとなる。
9 登録が遅れると、その間の請求書はインボイスとして無効。
10 静岡や浜松の中小企業では、年末設立のケースが多く電子申請対応が安全策。

★重要
インボイス登録は「申請書提出＝即登録」ではなく、登録完了通知が届いて初めて有効となります。
設立直後から取引を始める場合、登録が間に合わないと取引先の仕入税額控除に影響するため、余裕をもって対応することが必要です。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3867号（2025年9月15日）「新たに設立された法人とインボイス登録」税務通信編集部
参考：国税庁タックスアンサー「No.6510　インボイス制度における登録の申請手続」（参照日：2025-11-10）
参考：e-Gov法令検索「消費税法施行令第70条の4（登録時期の特例）」（参照日：2025-11-10）
参考：e-Gov法令検索「国税通則法第10条第2項（期限の特例）」（参照日：2025-11-10）

【№9 該当条文の説明】

消費税法施行令第70条の4（登録時期の特例）
この条文は、課税期間の初日に遡ってインボイス登録を認める特例を規定しています。
「課税期間の末日までに申請書を提出した場合」に限り、登録をその課税期間の初日に遡って受けられます。
つまり、提出期限を過ぎた場合は一切遡及が認められません。
国税通則法第10条第2項（期限の特例）
「期限の特例」とは、申告書等の提出期限が土日祝日または年末の閉庁期間に当たるとき、翌営業日を期限とみなす制度です。
ただし、この特例は“期限が法令上明記されている手続き”にしか適用されません。
登録時期の特例のように「期限を過ぎた場合の救済規定がない手続き」には使えない点が大きな違いです。
制度の背景
インボイス制度導入時（令和5年10月）以降、新設法人が初年度から課税事業者として登録できるよう設けられたのが「登録時期の特例」です。
しかし、年末設立法人の多くが提出期限を誤認しており、国税庁も度々周知を行っています。
「休日だから翌営業日でいい」という誤解が多く、結果的に初年度の取引が免税扱いになってしまうケースが少なくありません。
実務上の対策
設立時に顧問税理士へ早めに相談。
登録申請書は電子提出で期限管理。
提出記録（送信完了・受付印）を保存。
静岡や浜松の中小企業の皆さまも、設立登記と同時に税務関連手続を進める体制を整えておくことで、インボイス登録遅延による信用トラブルを防ぐことができます。

【おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
無料相談をご希望の方は、最高のIT税理士法人へお気軽にお問い合わせくださいませ。
https://toc-tax.jp/contact/