電子申告義務化におけるデータ形式の誤りと実務対応
2025年12月3日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「電子申告義務化におけるデータ形式の誤りと実務対応」をお伝えさせていただきます！
資本金1億円超の法人に電子申告（e-Tax）が義務化されてから数年が経ちましたが、静岡や浜松でも「電子で送っているつもりが、実は形式が違っていた」という声がまだ多く聞かれます。電子申告義務化は、単にe-Taxを使えば良いのではなく、書類ごとの“指定形式”を守る必要があります。
特に最近は、
財務諸表をPDFで添付
内訳明細書を紙で提出
XMLで出すべき概況書をPDFにしてしまう
など、形式面のミスが全国的に増えています。
本コラムでは、電子申告義務化の基本、よくある形式ミス、再提出が求められるケース、還付申告での注意点などを、初めての方でも理解できるよう整理しています。静岡・浜松の経営者さまが、自社の運用を見直すきっかけになれば幸いです。
【№2 結論】
電子申告義務化の本質は、「対象法人が、決められたすべての書類を、定められた形式で電子提出すること」です。
資本金1億円超の法人などは、法人税・消費税に関する申告書類をすべて電子化する必要があり、申告書本体だけ電子で提出すればよいわけではありません。
最大の落とし穴は「データ形式の誤り」です。財務諸表や勘定科目内訳明細書、会社事業概況書など、本来XML・XBRL・CSVで提出すべき書類をPDFで出してしまうケースが多く見られます。この場合、電子申告しているように見えても、実は義務を完全には履行できていません。
ただし、申告書本体が期限内にe-Taxで提出されていれば、申告自体は有効と扱われます。形式が誤っている場合は、税務署・国税局から行政指導として「正しい形式での再提出」を求められるだけで、直ちに無申告加算税が課されることは通常ありません。
一方、消費税の還付申告は例外的にリスクが高く、紙で提出したために還付が認められなかった裁判例もあります。輸出や設備投資が多い企業は特に注意が必要です。
静岡市・浜松市の企業では、電子申告自体は行っていても、「どの書類を、誰が、どの形式で提出しているか」の整理が不十分なケースが多い傾向があります。
電子申告義務化はITツールの操作だけでなく、提出形式と業務フローを整えることが重要であり、これを押さえれば税務リスクは大きく低減できます。
【№3 やさしい解説】
電子申告義務化のポイントは、「誰が」「何を」「どの形式で」「どう提出するか」を正しく理解することです。
まず対象法人ですが、事業年度開始時点で資本金1億円超の法人などが、法人税・消費税について電子申告の義務を負います。静岡や浜松にも該当する企業は多く、グループ会社の一部が義務化対象になるケースもよくあります。
次に対象書類です。申告書だけでなく、別表、財務諸表、勘定科目内訳明細書、会社事業概況書、適用額明細書など、法令上提出義務のあるものはすべて電子で提出する必要があります。一部のみ紙で出すと、義務を全て履行していない扱いとなります。
また、電子申告では「データ形式」も決められています。財務諸表はXBRLかCSV、勘定科目内訳明細書はXMLかCSV、会社事業概況書はXMLなど、利用できる形式が細かく指定されています。PDFで提出してしまう誤りが特に多く、電子申告しているつもりでも形式が違うため義務が履行されていないケースがあります。
電子申告の義務を一部果たしていない場合でも、期限内にe-Taxで申告書本体が提出されていれば「無申告扱い」にはなりません。ただし、形式の誤りがあれば行政指導として正しい形式での再提出が求められます。
一方、消費税の還付申告では、紙で還付申告したため還付を受けられなかった裁判例もあり、特に注意が必要です。輸出や設備投資が多い静岡・浜松の企業は、還付申告こそ確実に電子申告で行う必要があります。
ミスが起きる主な理由は、システム設定の理解不足、PDFで何でも添付できると思っていること、担当者間の役割整理不足などです。経理担当者が少人数の企業ほど、形式の確認が後回しになりがちです。
静岡・浜松の企業にとって大事なのは、「どの書類を、どの形式で、誰が提出しているのか」を一度整理することです。電子申告はITの話ではなく、形式と運用のルールを整えることが本質です。
【№4 具体例】
電子申告義務化で実際に起きやすい誤りを、静岡・浜松の企業で見られる実務パターンを中心に整理しました。どれも現場で頻出するため、自社に似たものがないか確認することが重要です。
① 財務諸表をPDFで提出してしまった
本来はXBRLまたはCSV形式が必要。PDF添付は形式違反になる典型例。
② 勘定科目内訳明細書（内訳書）を紙で提出
電子申告しているつもりでも、一部紙提出があると「義務の一部未履行」に該当。
③ 会社事業概況書をPDFで添付
会社事業概況書はXML形式のみが認められており、PDFは不可。
④ 適用額明細書をPDF化して添付
XML形式が必要な書類。設備投資の多い浜松市の製造業で特に起きやすい。
⑤ 第三者作成書類（収用証明書など）を紙で提出
PDFでの電子添付が必要。紙で出すと電子申告義務を満たしていない扱い。
⑥ 「別表は電子、添付は顧問が紙で提出する」分業によるミス
分担が明確でないと、一部紙提出が混じるケースが多い。
⑦ 会計ソフトの「PDF出力」をそのままe-Taxに添付
見た目は問題ないが、形式指定が違うため後日再提出を求められる。
⑧ 消費税の還付申告だけ紙で提出してしまう
義務化対象法人が紙で還付申告した結果、還付が認められなかった裁判例もあるため注意が必要。
⑨ グループ会社の一部が義務化対象だと知らず紙で申告
本社が把握していても、静岡の工場法人や浜松の販売会社が見落とすケースが多い。
⑩ ファイル名や形式の変換時に別形式へ変わってしまう
XMLのつもりで作ったデータが、保存時にPDFへ変換されてしまうことも実務上よくある。
⑪ 期限直前に形式エラーが発覚し、再提出で深夜対応
提出形式の誤りはe-Taxの送信前に気づきにくく、決算繁忙期に負荷が高まる。
⑫ 税理士と社内担当で使用する形式が異なっている
社内でCSV作成→税理士側ではXMLで提出、といった形式不一致により混乱が発生。
【№5 手順】
電子申告義務化に対応するための基本的なチェック手順をまとめます。静岡・浜松の企業で多いミスの順番に並べ、誰が読んでも流れが追えるようにしています。
① 自社が義務化対象法人か確認
事業年度開始時点で資本金1億円超かどうかを確認。グループ会社の確認も忘れない。
② 提出すべき書類の一覧を作る
法人税の別表、財務諸表、内訳明細書、概況書、適用額明細書など、提出義務がある書類を全て書き出す。
③ 各書類に対応する提出形式（XML、XBRL、CSV、PDF）を整理
書類ごとに「認められる形式」が異なるため、一覧にまとめておくとミスが減る。
④ 申告ソフト・会計ソフトの設定を確認
自動出力形式がPDFになっていないか、XML・XBRL・CSVに対応しているか確認。
⑤ 税理士と社内の役割分担を決める
誰が何をどの形式で提出するのかを明確にしておくと、紙提出の混入を防げる。
⑥ e-Tax送信前に「形式チェック」を必ず実施
送信直前の確認で形式違反に気づくことはよくある。繁忙期ほど必須。
⑦ 添付書類の提出方法を統一
適用額明細書や第三者作成の証明書の扱いは最もミスが多いため、社内ルール化する。
⑧ 消費税の還付申告は特に慎重に
還付申告を紙で出してしまうと重大な不利益になる可能性があるため、必ず電子提出。
⑨ 提出後に税務署・国税局から通知が来たらすぐ対応
データ形式の誤りが指摘された場合は、行政指導に沿って再提出する。
⑩ 翌期にむけて提出書類の「チェックリスト」を保存
次の申告で同じ間違いを避けるために、提出形式や役割分担を記録しておく。
【№6 FAQ】
① 電子申告義務化の対象を簡単に知る方法はありますか？
事業年度開始時点で資本金1億円超なら原則対象です。決算書の資本金欄を確認するだけで判断できます。
② 申告書本体だけ電子で出していれば義務は果たせますか？
いいえ。別表・財務諸表・内訳明細書など、提出義務のある書類一式を電子提出する必要があります。
③ なぜPDF提出がダメな書類があるのですか？
XML・XBRL・CSVなどの形式は、税務署側でデータ処理しやすいためです。PDFは画像扱いで機械判読できません。
④ 会社事業概況書を紙で提出してもよいですか？
義務化対象法人は不可です。XML形式での提出が求められています。
⑤ 勘定科目内訳明細書の提出形式を間違えたらどうなりますか？
行政指導として正しい形式での再提出を求められます。申告自体は無効になりません。
⑥ 消費税の還付申告を紙で提出したらどうなりますか？
義務化対象法人の場合、還付を受けられない判断をされた裁判例があります。必ず電子で提出してください。
⑦ 静岡や浜松の企業ではどんな誤りが多いですか？
財務諸表や内訳明細書のPDF添付、本社と工場の役割分担が曖昧で一部紙提出になるケースが目立ちます。
⑧ 税理士と社内担当で形式が違うと言われました。どうすれば？
各書類の正しい形式を一覧にし、双方で統一ルールを作成することが最も効果があります。
⑨ 形式を間違えて提出した場合、加算税はかかりますか？
申告書本体が期限内にe-Tax提出されていれば、無申告加算税は通常かかりません。ただし形式の再提出が必要です。
⑩ 電子申告の形式確認を効率化する方法はありますか？
「書類一覧＋形式一覧」「提出者（社内・税理士）一覧」を作成し、毎期チェックシートとして使用するとミスが激減します。
⑪ グループ会社が複数ある場合はどう管理すればよい？
事業年度開始日の資本金と提出書類を各社ごとに一覧化し、義務化対象の有無と提出形式を一元管理すると安全です。
【№7 まとめ】
電子申告義務化は、「ソフトで送信すれば終わり」という単純な制度ではありません。ポイントは、提出すべき書類の範囲と、利用できるデータ形式のルールを正しく理解し、社内と顧問税理士の役割を明確にすることです。
特に、財務諸表・勘定科目内訳明細書・会社事業概況書などは、PDFで出してしまうミスが非常に多く、義務を一部しか果たしていない扱いになりやすい部分です。形式を誤ると、後日税務署や国税局から再提出を求められ、決算期の負担が増える可能性もあります。
また、消費税の還付申告については、紙で行ったために還付が認められなかった裁判例もあり、形式の重要度がより高い書類です。静岡・浜松の企業でも、輸出や投資が多い業種では特に注意が必要です。
電子申告義務化は、企業のデータ管理やDXにも直結するテーマです。
書類の一覧
提出形式の一覧
申告担当者の役割整理
送信前の最終チェック
などを仕組みとして整理することで、税務リスクを抑えるだけでなく、経理業務の効率化にもつながります。
「形式を整える＝経理の質が上がる」という意識が、電子申告義務化時代の重要なスタンスです。
静岡市・浜松市の中小企業が、安心して税務申告を行い、業務改善にもつなげられるよう、ぜひ今回のポイントを参考にしていただければと思います。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3868号（2025年09月22日）「電子申告義務化対応でデータ形式の誤りが散見」媒体名
参考：国税庁タックスアンサー「No.1310 電子申告の概要」（参照日：2025-11-17）
参考：e-Gov法令検索「法人税法 第75条の4」「消費税法 第46条の2」（参照日：2025-11-17）
【№9 該当条文の説明】
電子申告義務化に関連する主要な条文は「法人税法」と「消費税法」に規定されています。ここでは、実務で判断に迷いやすい条文をやさしく説明します。
① 法人税法 第75条の4（電子情報処理組織による申告）
資本金1億円超の法人などは、法人税の申告書および添付書類を、電子情報処理組織（e-Tax）を使用して提出しなければならないという規定です。
義務化対象法人になるかどうかは「事業年度開始日の資本金」で判定されます。
② 消費税法 第46条の2（電子情報処理組織による申告）
法人税と同様、資本金1億円超の法人等が消費税の申告書を電子で提出しなければならないことを定めています。
特に還付申告においては、この規定を満たしていないと還付が認められないリスクがあります。
③ 基本的な位置づけ
これらの条文は、単に「電子で出しなさい」というだけではなく、
提出書類の完全な電子化
税務署側でデータ処理しやすい形式での提出
を前提としている点が重要です。
④ 実務への影響
条文の文言だけを見ると簡単に思えますが、実務では次のような点で影響します。
XMLやXBRLなどの形式指定を守る必要がある
一部書類でも紙で提出してしまうと義務の一部未履行となる
電子で提出していない還付申告は認められない場合がある
税務署や国税局から再提出（行政指導）を求められる場合がある
⑤ 実務でのキーポイント
条文が求めている本質は「形式の統一と正確性」です。
そのため、企業側では以下の点を管理する必要があります。
どの書類を電子で提出すべきか
どのデータ形式で提出すべきか
誰がどの範囲を担当するか
e-Tax送信前の形式チェック
提出後のフォロー
静岡市・浜松市の企業でも、これらの条文理解が不足していると、形式ミスによる再提出や、最悪の場合は還付不可などのトラブルにつながります。
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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