令和7年度税制改正　国税通則法関係の改正ポイント

2026年1月4日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「令和7年度税制改正　国税通則法関係の改正ポイント」をお伝えさせていただきます！
令和7年度税制改正では、所得税や法人税だけでなく、国税通則法を中心とした「納税手続」や「執行ルール」に関する見直しが行われました。
これらは一見すると地味に見えますが、実務では日常的に影響が出やすい分野です。
特に今回の改正では、電子取引データの保存に関する重加算税の取扱い、e-Taxの利便性向上、国際最低課税制度への対応、企業価値担保権の新設に伴う徴収ルールの整理など、実務担当者が知っておくべきポイントが多く含まれています。
本コラムでは、制度の背景と実務上の影響を意識しながら、重要点をやさしく整理していきます。

【№2 結論】

令和7年度税制改正における国税通則法関係の改正は、「デジタル化への対応」と「新しい経済制度への調整」が大きな軸になっています。
結論から言うと、今回の改正は、納税者にとって一方的に厳しくなる内容ではありません。
電子取引データについては、一定の要件を満たして適切に保存していれば、重加算税の加重対象から除外される仕組みが整えられました。
また、e-Taxではスキャナ要件やファイル形式が緩和され、実務上の手間が減る方向で見直されています。
一方で、国際最低課税制度や企業価値担保権といった新制度の導入に合わせ、納税義務の成立時期や徴収順位の整理が行われました。
これにより、今後は「いつ税金が確定し、どの順番で回収されるのか」を正確に理解しておく重要性が、これまで以上に高まります。
★重要
今回の改正は、申告書の書き方だけでなく、社内の管理体制や資料保存の考え方にも影響します。
制度の趣旨を理解したうえで、早めに実務対応を整えることが、将来のトラブル防止につながります。

【№3 やさしい解説】

国税通則法は、税金の種類ごとの計算方法を定める法律ではありません。
「いつ税金が発生するのか」「どのように申告・納付するのか」「滞納があった場合にどう処理されるのか」といった、税務全体の共通ルールを定めた法律です。
今回の改正の背景には、社会全体のデジタル化と、国際的な課税ルールの変化があります。
電子帳簿保存やe-Taxの利用が前提となる中で、従来の制度では実務に合わなくなった部分が見直されました。
例えば、電子取引データについては、「保存していても形式的な不備があるだけで重加算税が加重されるのは厳しすぎる」という実務上の声がありました。
そこで、一定の要件を満たし、納税義務の適正な履行に資する保存が行われている場合には、加重措置の対象から外す仕組みが導入されています。
また、e-Taxでは、スキャナ読取りの要件が緩和され、カラー限定からグレースケールでも対応可能となりました。
ファイル形式についても、JPEGやJPGが追加され、日常業務で扱いやすくなっています。
さらに、国際最低課税制度の導入に伴い、新たな法人税が創設されることから、納税義務の成立時期や納税証明書の記載事項も整理されました。
加えて、企業価値担保権という新しい担保制度の創設に合わせ、国税の徴収順位や強制換価手続の範囲が見直されています。
★重要
国税通則法の改正は、「申告の場面」だけでなく、「保存」「提出」「徴収」の各段階に影響します。
一つ一つは小さな変更に見えても、積み重なると実務負担やリスク管理に差が出ます。

【№4 具体例】

ここでは、令和7年度税制改正のうち、国税通則法関係の改正が、実務でどのような場面に影響するのかを具体例で整理します。
日常業務をイメージしながら確認してみてください。

1. 電子取引データを適切に保存していたケース
請求書や領収書を電子データで受領し、検索要件などを満たした形で保存していました。
この場合、形式的な不備が一部あっても、一定要件を満たせば重加算税の加重対象から除外されます。

2. 電子取引データを保存していなかったケース
電子取引で受け取った請求書を紙で印刷するだけで、電子データを保存していませんでした。
この場合は、従来どおり重加算税の加重対象となる可能性があります。

3. スキャナ保存でカラー要件がネックだったケース
これまで、カラーでの保存が必要なためスキャナ保存を断念していました。
改正後はグレースケールでも認められるため、保存体制を見直しやすくなります。

4. JPEG形式で保存していたケース
添付書面をJPEG形式で保存していましたが、これまでe-Taxでは利用できませんでした。
改正後はJPEGやJPG形式が正式に認められ、再作業の手間が減ります。

5. 国際最低課税制度の対象となる企業
対象会計年度終了時に納税義務が成立するため、決算と同時に税務上の対応が必要になります。
納税タイミングの認識違いがあると、延滞リスクにつながります。

6. 納税証明書を金融機関に提出する場面
国際最低課税額に関する情報が証明事項に追加されるため、証明書の内容がより詳細になります。
提出先からの確認対応が増える可能性があります。

7. 企業価値担保権が設定されている会社
法定納期限以前に担保権が設定されている場合、国税は一定の順位で回収されます。
融資契約と税務リスクの関係を事前に整理する必要があります。

8. 滞納が発生した場合の徴収手続
企業価値担保権の実行も強制換価手続に含まれるため、徴収の流れが従来と変わります。
顧問税理士との連携がより重要になります。

9. 譲渡担保契約がある場合
帰属清算や処分清算の通知が出た段階で、納期限が繰り上げられる可能性があります。
資金繰りへの影響を見落としやすい点です。

10. 静岡市・浜松市の中小企業での実例
クラウド会計やIT導入を進めている企業ほど、電子取引やe-Tax改正の影響を直接受けます。
早めに運用を整えることで、将来の税務リスクを減らせます。

★重要
今回の改正は「知らなかった」だけで不利になる場面が残っています。
制度を理解したうえで、保存方法や手続きを見直すことが重要です。

【№5 手順】

ここでは、令和7年度税制改正を踏まえ、実務で最低限押さえておきたい対応手順を整理します。

1 電子取引の有無を洗い出す
自社で電子取引が発生しているか、請求書・領収書の受領方法を整理します。

2 電子データの保存方法を確認する
検索要件や保存方法が、最新のルールに合っているかを確認します。

3 e-Taxの運用状況を確認する
スキャナ保存や添付書面の提出方法が、改正内容に対応しているかを確認します。

4 国際最低課税制度の対象有無を確認する
自社またはグループ会社が対象となるかを早めに確認します。

5 融資契約と担保設定を整理する
企業価値担保権や譲渡担保契約の有無を確認します。

6 納税スケジュールを見直す
納税義務の成立時期の変更が、資金繰りに影響しないかを確認します。

7 顧問税理士と対応方針を共有する
改正内容を踏まえ、実務対応を事前にすり合わせておきます。

【№6 FAQ（よくある質問）】

ここでは、令和7年度税制改正のうち、国税通則法関係の改正について、実務で特に多く寄せられそうな疑問をQ&A形式で整理します。
専門知識がなくても理解できるよう、結論から簡潔に説明します。

Q．今回の国税通則法改正は、すべての会社に関係ありますか。
A．はい。規模の大小を問わず、電子取引やe-Taxを利用している事業者であれば、何らかの形で影響があります。

Q．電子取引データを保存していれば、必ず重加算税の加重対象から外れますか。
A．いいえ。一定の要件を満たし、納税義務の適正な履行に資すると認められる保存である必要があります。

Q．電子取引データを紙で印刷して保存していれば問題ありませんか。
A．原則として問題があります。電子取引で受領したデータは、電子データのまま保存する必要があります。

Q．スキャナ保存は、必ずカラーで行わなければなりませんか。
A．いいえ。改正により、白黒の濃淡を256階調以上で表現できるグレースケールでも認められます。

Q．JPEGやJPG形式で保存した書類は、すぐにe-Taxで使えますか。
A．スキャナ要件の見直しは令和7年4月1日からですが、JPEG・JPG形式の利用は令和10年1月1日以後が対象です。

Q．国際最低課税制度に関する改正は、中小企業にも関係しますか。
A．多くの中小企業には直接の影響はありませんが、グループ会社や取引先の影響を受ける可能性はあります。

Q．国際最低課税に関する法人税は、いつ納税義務が成立しますか。
A．対象会計年度の終了時点で納税義務が成立する仕組みに整理されました。

Q．企業価値担保権が設定されていると、税金は後回しになりますか。
A．一定の場合には、企業価値担保権により担保される債権の次に国税が徴収される仕組みとなります。

Q．企業価値担保権が実行されると、国税の取扱いはどうなりますか。
A．企業価値担保権の実行手続も、強制換価手続に含まれることになります。

Q．譲渡担保契約がある場合、税金の納期限はどうなりますか。
A．一定の通知が行われた場合には、納期限が繰り上げられることがあります。

Q．改正内容を知らずに従来どおり対応していた場合、すぐにペナルティはありますか。
A．直ちにペナルティが課されるとは限りませんが、保存方法や手続が不適切な場合、将来の調査で問題となる可能性があります。

Q．静岡市や浜松市の中小企業でも、今すぐ見直した方がよい点はありますか。
A．はい。電子取引データの保存方法とe-Taxの運用状況は、早めに確認しておくことをおすすめします。

★重要
今回の改正は、「知らなかった」だけで不利になる場面が残っています。
実務に落とし込む前提で、一つずつ確認する姿勢が重要です。

【№7 まとめ】

令和7年度税制改正における国税通則法関係の改正は、税額計算そのものよりも、「納税手続」や「管理方法」に影響する内容が中心です。
そのため、見落とされやすい一方で、実務への影響は決して小さくありません。
特に重要なのは、
電子取引データを適切に保存しているか
e-Taxの運用が最新の要件に合っているか
新たな制度に伴う納税義務の成立時期を正しく理解しているか
という点です。
また、企業価値担保権や譲渡担保契約に関する改正は、税務だけでなく、融資や資金繰りとも密接に関係します。
税務と金融の境界にある論点として、今後はより注意が必要になります。
★重要
今回の改正は、「知らなかった」こと自体がリスクになり得ます。
制度の趣旨を理解し、自社の実務にどのような影響があるかを一度整理しておくことが大切です。

【№8 出典】

出典：
『税務通信』第3872号（2025年10月20日）
「令和7年度税制改正シリーズ　国税通則法関係の改正のポイント」
税務通信編集部
参考：
e-Gov法令検索
「国税通則法」
「国税通則法施行令」
（参照日：2025-12-17）
国税庁公表資料
電子帳簿保存法・e-Tax関係告示
（参照日：2025-12-17）

【№9 該当条文の説明】

今回の改正は、国税通則法および関係省令・告示を中心に行われています。
ここでは、実務上とくに関係の深い条文の位置づけを簡潔に整理します。
国税通則法第15条では、国税の納税義務がいつ成立するかが定められています。
国際最低課税制度の導入に伴い、新たな法人税についても、対象会計年度の終了時に納税義務が成立することが明確にされました。
また、国税通則法第38条では、納期限の繰上げに関する規定が置かれています。
譲渡担保契約や所有権留保契約に関する法律の制定により、一定の通知が行われた場合に、納期限を繰り上げることができる仕組みが追加されました。
これらの条文は、税額計算よりも「いつ納めるのか」「どの順番で徴収されるのか」を判断するための基礎になります。

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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