外形標準課税の賃上げ促進税制が、減資対応した中小企業者等にも適用される制度のポイント
2025年11月28日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「外形標準課税の賃上げ促進税制が、減資対応した中小企業者等にも適用される制度のポイント」をお伝えさせていただきます！
【№2 結論】
令和6年度税制改正により、資本金1億円以下に減資した法人であっても、
外形標準課税の対象となるケースが生じるようになりました。
その結果、これまで「大企業のみが対象」とされていた
外形標準課税の賃上げ促進税制が、
租税特別措置法上の中小企業者等にも適用される可能性が生まれています。
令和7年4月1日〜令和9年3月31日に開始する事業年度は、
中小企業者でも外形標準課税の対象になっていれば、
付加価値割から一定額を控除できるチャンスがあります。
静岡市や浜松市の企業でも、事業承継や財務改善目的の減資が増えており、
今回の改正は実務上の重要ポイントです。
【№3 やさしい解説】
ここでは、専門知識がない方でも理解しやすいよう、
外形標準課税と賃上げ税制の仕組みを平易に説明します。
外形標準課税とは
外形標準課税とは、企業の利益だけでなく、付加価値（人件費や利息など）にも
課税される地方税の仕組みです。
令和6年度改正により、
資本金1億円以下への減資を行った企業でも、一定の場合に外形標準課税が適用されます。
重要なポイント
① 減資した中小企業でも外形標準課税が適用されうる
② 外形標準課税が適用される中小企業者等は、賃上げ税制も使える
③ 賃上げ割合は前年度比1.5％以上など一定の条件がある
さらに、給与等に充てるため他者から支払を受けた金額は控除計算で調整が必要など、
実務上の注意点が多く存在します。
【№4 具体例】
ここでは、外形標準課税の賃上げ促進税制を実務で判断する際に起こりやすい場面を、
できるだけ具体的に整理します。静岡市や浜松市の中小企業にもよくあるケースを含め、
制度の理解が深まるように12例以上を提示します。
①
静岡市の企業が事業承継のため減資を行い、資本金が1億円以下になった。
経営者は「外形標準課税はもう関係ない」と考えていたが、
実際には外形基準で外形標準課税の対象に該当し、賃上げ税制も適用可能であることが分かる。
②
浜松市の製造業が赤字続きで減資し、資本金は4,000万円になった。
しかし従業員数や付加価値額の要件により外形標準課税の対象となり、
経理担当者が「中小企業なのに外形がかかるのですか」と驚くケース。
③
グループ企業の再編により一度減資した結果、
外形標準課税を負担する区分に入った企業が、賃上げ促進税制の対象になる。
法人税側の賃上げ税制は使わないが、外形側のみ適用する判断を取る。
④
従業員給与を前年度比2％増加させたため、中小企業者等として賃上げ税制の要件を満たす。
その結果、付加価値割の課税標準を減らすことができ、法人住民税の大幅な軽減につながる。
⑤
給与等に充てるため親会社から支払を受けた金額がある場合、
付加価値額からの控除額計算でも、増加割合計算でも、その金額を控除する必要がある。
担当者が控除を忘れて誤って計算し、後で差し戻される。
⑥
雇用安定助成金の取り扱いを誤るケース。
雇用安定助成金は付加価値額側の計算では控除するが、
給与増加割合計算の際には控除しないという特殊ルールに気づかず、判定を誤る。
⑦
初年度申告で適用し忘れていた企業が、後日、修正申告で付加価値割の控除を求める。
外形標準課税の賃上げ税制には当初申告要件がないため、修正申告で適用が認められる。
⑧
静岡のIT企業がクラウド化を進めており、給与計算システムで賃上げ率を自動集計。
付加価値額との連動により、賃上げ税制が適用可能かどうかを月次でチェックできるようにしている。
⑨
浜松市の飲食店が従業員の時給を引き上げ、総額が前年度比1.7％増となった。
しかし、給与の一部に外部資金の支援が含まれているため、控除計算が複雑になり専門家へ相談する。
⑩
従業員数の多い会社では、雇用安定控除（報酬給与額が収益配分額の70％超の場合に控除）の判定が難しく、
付加価値割への影響を誤って計算するケースが出る。
⑪
複数事業部を持つ企業が、事業部ごとの賃上げ状況を把握できておらず、
企業全体で賃上げ割合を満たしているかどうか判断できなくなる。
内部管理体制の整備が必要となる。
⑫
翌年に法人住民税の負担が増えた理由を確認する過程で、
前年に賃上げ税制を適用していれば付加価値割の負担が軽減できたことが判明し、
申告漏れとして修正申告を行う。
⑬
ある会社では、減資と同時に設備投資も行い、資本金が減ったことで中小企業者等に該当した。
しかし従業員の賃上げも行っていたため、外形標準課税の賃上げ税制の適用範囲が広がった。
⑭
外部から支払を受けた給与補填分の取り扱いに誤りがあり、
付加価値割の控除額が本来よりも小さく計算されてしまった例。
計算式の理解不足により損をするケースが多い。
【№5 手順】
ここでは、外形標準課税の賃上げ促進税制を適用する際に必要な実務手順を、
経営者や経理担当者が迷わないよう段階的に整理します。
静岡市・浜松市の企業でもすぐに使えるよう、できるだけ平易な言葉で説明します。
① 自社が外形標準課税の対象かどうかを確認する
外形標準課税は、資本金だけで判断せず、
従業者数や事業規模などの外形基準でも対象になります。
減資した企業でも対象になる場合があるため、最新の都道府県税条例で確認します。
② 自社が租税特別措置法上の中小企業者等に該当するかを確認する
資本金1億円以下など、措置法で定められた要件に合致するかを判断します。
外形標準課税の対象でありつつ、中小企業者等にも該当することがあります。
③ 前年度と当年度の雇用者給与等支給額を集計する
給与総額には、従業員に支払った給与・賞与などが含まれます。
外部から給与に充てる支払を受けた金額がある場合、控除する必要があります。
④ 増加割合（前年度比1.5％以上を満たすか）を計算する
措置法に基づき、給与総額がどれだけ増加したか割合で判定します。
雇用安定助成金は増加割合判定では控除しない点に注意します。
⑤ 控除対象雇用者給与等支給増加額を計算する
当年度の給与から比較給与を差し引いて計算します。
この金額が付加価値割からの控除額となる基本要素です。
⑥ 雇用安定控除が適用できるかを確認する
報酬給与額が収益配分額の70％を超える場合、雇用安定控除が使えます。
控除額の計算式に沿って正しく算出します。
⑦ 付加価値額から控除する額を計算する
控除対象雇用者給与等支給増加額に雇用安定控除を加味し、
最終的に付加価値割から差し引く額を決定します。
⑧ 「第6号様式 別表5の6の3 明細書」を作成する
この明細書は、給与等支給額の増加に基づき付加価値額から控除する額を示す書類です。
都道府県税事務所の指定書式に沿って作成します。
⑨ 確定申告書や修正申告書に明細書を添付する
外形標準課税の賃上げ促進税制は、当初申告でなくても適用可能です。
修正申告や更正請求で控除額を増やす場合でも、明細書を添付すれば認められます。
⑩ 賃上げの事実を証明する資料を整理して保管する
従業員ごとの給与台帳、支払明細、総額一覧などを保管します。
都道府県税の調査で確認される可能性があるため、証拠資料が必要です。
⑪ 翌期以降も継続的に給与増加計画を検証する
外形標準課税は継続的な給与水準や付加価値にも影響するため、
翌期以降の賃上げ方針も見直し、制度の活用余地を検証します。
⑫ 給与システムと会計システムを連動させ、月次で確認する
給与増加率や付加価値額は期末にまとめてではなく、月次で把握した方が制度を有利に使えます。
静岡・浜松の企業でもクラウド会計を使うケースが増えているため、
システム連動が活用場面を広げます。
【№6 FAQ】
①Q. 外形標準課税は資本金1億円以下なら関係ないのではありませんか。
A. 資本金だけでは判断しません。令和6年度改正により、減資後でも外形基準により外形標準課税の対象となるケースがあります。
②Q. 減資すれば自動的に中小企業者等になり、賃上げ税制が使えるのですか。
A. いいえ。外形標準課税の対象であること、中小企業者等の要件を満たすことの両方が必要です。
③Q. 賃上げ判定の1.5％増は「従業員全員の給与が上がっている必要」があるのですか。
A. 必ずしも全員ではありません。総額ベースで前年度より1.5％以上増えていれば要件を満たします。
④Q. 外部から給与補填の支払を受けていますが、賃上げ判定に影響しますか。
A. はい。補填分は給与額から控除して計算します。控除漏れが多いので注意が必要です。
⑤Q. 雇用安定助成金はどのタイミングで控除するのですか。
A. 増加割合の計算では控除しません。しかし付加価値額から控除する額を算定するときは控除します。
⑥Q. 法人税の賃上げ促進税制を使っていません。外形側だけ適用できますか。
A. はい。外形標準課税の賃上げ税制は独立しており、片方だけの適用も可能です。
⑦Q. 明細書（第6号様式別表5の6の3）は必ず添付しなければなりませんか。
A. はい。明細書の添付がなければ制度適用はできません。申告・修正申告のどちらでも必須です。
⑧Q. 当初申告で提出を忘れました。今から適用できますか。
A. 可能です。当初申告要件がないため、修正申告または更正請求で対応できます。
⑨Q. 静岡市・浜松市の小規模企業でも対象になる可能性はありますか。
A. 外形標準課税の対象であること、中小企業者等に該当することを満たせば可能です。地域規模は関係ありません。
⑩Q. 賃上げ率の判定には賞与も含まれますか。
A. はい。給与と賞与を含む「給与等支給額」で比較します。
⑪Q. 役員給与も賃上げ総額に含まれますか。
A. 含まれますが、役員のみの増加では総額が1.5％に届かないケースが多く、従業員部分の管理が重要です。
⑫Q. 付加価値割から控除できる額はどのように決まるのですか。
A. 控除対象雇用者給与等支給増加額に、雇用安定控除の有無を加味し、付加価値額から差し引く額を算定します。
【№7 まとめ】
外形標準課税の賃上げ促進税制は、令和6年度改正をきっかけに、
これまで想定されていなかった中小企業者等にも適用される可能性が出てきました。
特に「減資をしたが外形標準課税の対象になる」というケースが実務で増えており、
静岡市や浜松市を含む多くの企業で関係する制度に変わっています。
本コラムで解説した重要ポイントを整理すると次のとおりです。
① 減資しても外形標準課税の対象となる場合がある
② 外形標準課税対象法人で、措置法上の中小企業者等にも該当すると賃上げ税制が使える
③ 賃上げ率は前年度比1.5％以上が基本
④ 外部から給与補填を受けた金額は控除して判断
⑤ 雇用安定助成金は増加割合では控除しない特殊扱い
⑥ 当初申告要件がないため修正申告でも適用可能
⑦ 法人税側の賃上げ制度と独立して使える
⑧ 明細書を添付すれば付加価値割から控除できる
⑨ 賃上げ計画は月次管理することで適用判断が容易になる
⑩ 静岡・浜松のように人員が限られる地域企業でも活用機会は大きい
外形標準課税は複雑に見えますが、
賃上げを行っている企業にとっては税負担を軽減できる貴重な制度です。
特に中小企業者等で外形標準課税の対象になる事例は今後増えるため、
早めに制度要件の確認を行い、適用漏れを防ぐことが大切です。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3868号（2025-09-22）「外形標準課税の賃上げ税制 減資対応の中小企業者等も適用対象」媒体名
※本文は引用せず、一文のみ必要最小限で参照しています。
参考：国税庁タックスアンサー「No. 5285 企業向け賃上げ促進税制の概要」（参照日：2025-11-18）
参考：e-Gov法令検索「地方税法附則第9条」および関連規定（参照日：2025-11-18）
参考：e-Gov法令検索「租税特別措置法第42条の12、他関連条文」（参照日：2025-11-18）
【№9 該当条文の説明】
ここでは、外形標準課税の賃上げ促進税制に関係する主要条文を、
必要なポイントに絞ってわかりやすく説明します。
① 地方税法附則第9条（外形標準課税の賃上げ促進税制）
この附則では、外形標準課税の付加価値割から控除できる額や、
賃上げに必要な増加割合（1.5％以上）などの要件が定められています。
重要な点は次のとおりです。
給与に充てる他者支払金額は控除して計算
雇用安定助成金は増加割合判定では控除しない
当初申告要件がなく、修正申告でも適用可能
明細書（第6号様式別表5の6の3）の添付が必須
② 地方税法（外形標準課税の基本構造）
外形標準課税の対象法人や、付加価値割の計算式が定められています。
付加価値額は次の要素から構成されます。
報酬給与額
純支払利子
純支払賃借料
単年度損益
この付加価値額が課税標準となり、賃上げ促進税制を使うとここから控除できます。
③ 租税特別措置法（中小企業者等の要件）
賃上げ税制の中小企業者等に該当するかを判断する基準が示されています。
資本金1億円以下であることが基本ですが、
親会社との関係など一定の除外規定もあります。
外形標準課税の対象でありながら、中小企業者等に該当する場合がある点が特徴です。
④ 地方税取扱通知（実務運用ルール）
都道府県で統一的に処理するための運用基準です。
特に以下が実務で重要です。
外部からの給与補填額の控除方法
雇用安定助成金の扱い
明細書添付の具体的な手順
⑤ 第6号様式別表5の6の3（必須の明細書）
賃上げに基づき付加価値割から控除する金額を示す書類です。
制度適用にはこの明細書の提出が欠かせません。
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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