住宅ローン控除の調書方式が初めて年末調整に登場する場合の実務ポイント

2025年11月30日

【№1 はじめに】

こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「住宅ローン控除の調書方式が初めて年末調整に登場する場合の実務ポイント」についてお伝えさせていただきます！

【№2 結論】

令和6年に新居へ入居した方は、令和7年分の年末調整において「調書方式」と「証明書方式」が混在します。
このため、給与担当者は、従業員から提出される書類の種類と内容を方式ごとに確認する必要があります。
調書方式では、紙の「年末残高等証明書」が金融機関から届かず、税務署から届く「証明書兼申告書等」に年末残高が自動記載されています。
静岡市・浜松市の企業でも、実務で混乱が予想されます。
事前の周知や社内マニュアル化により対応がスムーズになります。

【№3 やさしい解説】

ここからは、初めて担当される方でも理解しやすいように、専門語をできる限り省いて説明します。
調書方式とは何か
調書方式とは、銀行などの金融機関が税務署へ直接、住宅ローンの年末残高情報を送る仕組みです。
正式には「年末残高等調書」と呼ばれます。
従来方式と大きく違うのは、次の点です。
従業員の手元に紙の年末残高等証明書が届かない
税務署から届く「証明書兼申告書等」に残高が自動記載される
提出書類は「証明書兼申告書等」1枚のみ
給与担当者が押さえるべき基本
調書方式では残高証明書（紙）は存在しない
備考欄に「調書方式に対応する金融機関」と記載が必要
本人も方式を理解していないケースが多い
証明書方式との違い
従来方式では
年末残高等証明書（紙）
証明書兼申告書等
の2点を会社へ提出します。
調書方式では、この2つが
証明書兼申告書等（残高情報の記載あり）
の1点に集約されます。
令和7年の年末調整が複雑になる理由
令和6年入居者だけ、次の事情で方式が混在します。
金融機関ごとにシステム改修の完了時期が異なる
調書方式が使える銀行と使えない銀行がある
従業員側が方式を理解していない
このため、給与担当者の確認不足で「書類不足」と誤認するケースが続出します。
静岡・浜松の中小企業では総務担当者が少人数であることが多く、一人で判断しなければならない場面が多いため、整理が重要です。
調書方式のメリット
書類紛失リスクが少なくなる
提出書類が減る
情報が自動反映されるため正確
マイナポータルとの連携で確認しやすい
調書方式のデメリット
★注意
銀行が未対応だと従来方式のまま
本人が方式を誤認して提出書類が不足する
担当者が方式を判断できない場合がある
給与担当者は、年末調整案内に「調書方式の説明」を明記しておくと混乱が減ります。

【№4 具体例】

ここでは、給与担当者が実務で遭遇しやすい場面をできるだけ具体的に示します。
住宅ローン控除の調書方式と証明書方式が混在する令和7年分の年末調整では、
従業員の書類の提出内容や銀行の対応状況により、担当者が判断に迷う場面が多く発生します。
静岡市や浜松市のように中小企業が多い地域では、総務担当者が1人で複数の案件を処理するため、
こうした具体例を事前に知っておくことでミス防止にもつながります。
以下に、現場で実際に起きやすい12の例を紹介します。
①
従業員から「今年は銀行から残高証明書が届きませんでした」と相談がある。
調書方式であれば紙は届かないため、提出書類は証明書兼申告書等のみで問題ない。

②
総務担当者が従来方式と誤認し、「残高証明書も提出してください」と案内してしまう。
調書方式では提出不要であるため誤った指示となる。

③
静岡市の会社で、新入社員が初めて住宅ローン控除を申告。
本人が方式の違いを理解しておらず、書類不足だと思って心配して相談してくる。

④
浜松市の工場勤務者が調書方式未対応の金融機関で借り入れているため、従来方式の書類を提出する。
同じ会社内で調書方式の従業員もおり、担当者が混乱する。

⑤
年末調整説明時に方式の違いが十分に伝わらず、提出書類の種類が混在して集まる。
担当者は方式ごとに仕分ける必要が出てくる。

⑥
調書方式の書類に年末残高情報が税務署側で自動記載されているため、従業員が数字を書き写す作業は不要になり、ミスが減る。

⑦
会社がペーパーレス化を進めており、調書方式の導入が紙削減につながる。
静岡市や浜松市のIT導入企業ではこの点が大きなメリットとなる。

⑧
従業員から「同僚と書類が違うのですがなぜですか」と問い合わせが増える。
金融機関の対応時期が異なるため発生する差異であるが、事前説明がないと混乱しやすい。

⑨
調書方式の対象者が、備考欄に「調書方式の借入れ」と記載していないケースがある。
担当者は書類不備として返却し、追記を依頼する必要がある。

⑩
年末調整を電子化している企業では、調書方式のほうが書類スキャンや保管の手間が減る。
提出書類が1枚で済むため、業務の効率が改善される。

⑪
住宅ローン控除は10年以上適用されるため、調書方式が定着すると毎年の事務作業の軽減が大きくなる。
企業側の負担も長期的に減る。

⑫
従業員が転居し税務署の管轄が変更になっても、調書方式は税務署側で処理されるため、正しい書類が届きやすい。
従業員が届け出を忘れていても書類が届かないというリスクは小さい。

【№5 手順】

ここでは、調書方式と証明書方式が混在する令和7年分の年末調整を、
給与担当者が正しく、安全に進めるための実務手順を順番に整理します。
静岡市や浜松市の中小企業では総務担当者が1名の場合も多いため、
ミスを避けるための「手順の標準化」が特に重要です。
①
従業員へ配布する年末調整案内文に、調書方式と証明書方式が混在することを明記する。
方式の違いを知らない従業員が多く、最初の説明が重要となる。
②
従業員から提出された書類を見て、どちらの方式かを最初に判定する。
書類の種類で判別できるため、提出物の種類を一覧表として作っておく。
③
調書方式の場合、提出書類は証明書兼申告書等のみであることを確認する。
紙の年末残高等証明書は出てこないため不足と判断しない。
④
証明書方式の場合は、証明書兼申告書等と年末残高等証明書の2枚が揃っているかチェックする。
特に紙の残高証明書が不足しているケースが多い。
⑤
調書方式の書類では、備考欄に「調書方式の金融機関からの借入れ」の旨が記載されているか確認する。
記載漏れは訂正してもらう必要がある。
⑥
年末残高の記載内容を確認する。
調書方式は税務署が記載するため誤りは少ないが、証明書方式は本人の記入ミスが起こりやすい。
⑦
控除適用初年度が確定申告で済んでいるか確認する。
年末調整で控除できるのは2年目以降であるため、初年度は対象外となる。
⑧
従業員全体の提出物を方式別に分けて管理する。
混在すると確認作業が煩雑になるため、ファイルを二つに分けると安全。
⑨
提出締切日を設定し、方式別に「不足書類の確認日」を早めに取る。
提出後の不足や訂正が発覚しても対応できるようにする。
⑩
年末調整ソフトやクラウド会計に入力し、控除額の自動計算と方式別の反映を確認する。
静岡市や浜松市でクラウド会計を導入している企業では、ここで大きな時短効果が出る。
⑪
最終的に提出書類の一覧表を作成し、方式区分・提出日・不足チェックをまとめて保存する。
翌年以降の比較にも役立つ。

【№6 FAQ】

ここでは、住宅ローン控除の調書方式と証明書方式が混在する場合に、
給与担当者や従業員からよく出る質問をまとめます。
静岡市や浜松市の企業で実際に起こりやすい疑問も含めています。
①
Q. 調書方式と証明書方式のどちらかを自分で選ぶことはできますか
A. 選べません。借入先の金融機関が調書方式に対応しているかどうかで決まります。従業員の選択制ではありません。

②
Q. 調書方式の人から紙の年末残高等証明書が提出されないのは問題ですか
A. 問題ありません。調書方式では紙の証明書が発行されないため、提出書類は証明書兼申告書等のみとなります。

③
Q. 証明書方式の従業員が紙の年末残高等証明書を紛失した場合はどうすればよいですか
A. 金融機関に再発行を依頼してもらう必要があります。調書方式と異なり、紙の提出が必須です。

④
Q. 調書方式の備考欄に「調書方式」と書き忘れている場合はどうなりますか
A. 書類不備となるため、担当者は従業員へ追記を依頼する必要があります。方式判定ができないためです。

⑤
Q. 令和6年入居者だけ方式が混在する理由は何ですか
A. 金融機関ごとにシステム改修時期が異なり、調書方式に未対応の銀行があるため、同じ年でも方式が分かれます。

⑥
Q. 年末調整ソフトには方式の選択がありますか
A. 多くのソフトには方式選択があります。入力を誤ると控除額が正しく計算されない可能性があります。

⑦
Q. 静岡市や浜松市の中小企業でも調書方式の影響は大きいですか
A. 大きいです。総務担当者が1人の企業が多いため、方式の混在は管理負担につながります。

⑧
Q. 調書方式の書類に記載されている年末残高は信頼できますか
A. 税務署が金融機関のデータをもとに作成しているため、従来方式より記載誤りが少なく、精度が高くなります。

⑨
Q. 調書方式の書類が従業員に届いていない場合はどうすればよいですか
A. 転居届が税務署に反映されていない可能性があります。従業員へ住所変更の手続状況を確認してもらう必要があります。

⑩
Q. 証明書方式で年末残高等証明書が複数届いた場合、すべて提出が必要ですか
A. 必要ありません。最新の年度分のみ提出すれば足ります。複数年分が届く金融機関があるため注意が必要です。

⑪
Q. 調書方式でも確定申告が必要な年はありますか
A. あります。住宅ローン控除の初年度は必ず確定申告が必要で、2年目以降が年末調整の対象になります。

⑫
Q. 方式の違いで控除額が変わることはありますか
A. ありません。方式の違いは提出書類の違いであり、控除額の計算には影響しません。

【№7 まとめ】

ここまで、調書方式と証明書方式が混在する令和7年分の年末調整について解説しました。
ポイントを整理すると、次のとおりです。
①
令和6年入居者だけ、調書方式と証明書方式が混在する。
②
調書方式では紙の残高証明書が発行されず、証明書兼申告書等のみを提出する。
③
証明書方式は従来どおり紙の年末残高等証明書が必要。
④
給与担当者は、まず方式を判定することが最初の手順となる。
⑤
方式を誤認すると、控除の適用漏れや書類不備が発生する。
⑥
調書方式はペーパーレス化が進み、静岡市や浜松市のIT導入企業にはメリットが大きい。
⑦
従業員数が少ない中小企業では、方式の違いを説明した案内文を事前に配布することが効果的。
⑧
方式が違っても、控除額自体には差がない。
⑨
初年度は確定申告が必要で、2年目以降が年末調整での控除対象となる。
⑩
年末調整ソフトの方式選択も確認し、入力誤りを防ぐことが大切。
以上の点を理解しておくことで、今年の年末調整を正確に進めることができます。

【№8 出典】

出典：『税務通信』第3868号（2025-09-22）「住宅ローン控除 調書方式と提出書類の違い」媒体名
参考：国税庁タックスアンサー「1213 住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）」（参照日：2025-11-18）
参考：e-Gov法令検索「租税特別措置法41の2、41の2の3」（参照日：2025-11-18）

【№9 該当条文の説明】

ここでは、住宅ローン控除に関連する主要条文の内容を、
専門知識がなくても理解しやすい形で整理します。

租税特別措置法41の2
住宅ローン控除の基本的な枠組みが定められています。
個人が住宅の取得・増改築を行い、一定の要件を満たす場合に、
ローン残高の一定割合を所得税額から差し引く仕組みです。
控除期間、控除率、対象となる住宅の要件などが規定されています。

租税特別措置法41の2の3
調書方式に関する規定が設けられています。
金融機関が税務署へ提出する「年末残高等調書」について、
提出義務の内容、提出情報の範囲、提出手続の方法などが記載されています。
税務署が受け取った情報を基に、納税者へ住宅ローン残高情報を提供する仕組みも
この条文を基礎として構築されています。

条文の背景
紙の年末残高等証明書は紛失リスクや記載ミスが多く、
従業員が手書きで情報を転記する際の誤りも頻繁に発生していました。
このため、デジタル化を目的として調書方式が創設され、
金融機関と税務署のデータ連携により、記載ミスを防ぐ仕組みが整備されています。

改正の実務的な意味
調書方式が導入されることで、従業員は毎年届く紙の証明書を保管する必要がなくなります。
会社側も受け取る書類が簡素化されるため、年末調整の作業が軽減されます。
特に静岡市・浜松市など、中小企業で総務担当者が少ない地域では、
事務負担の軽減効果が大きくなります。

【№10 おわりに】

最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
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