令和7年分の年末調整で給与担当者がミスを減らす最終チェックポイント
2026年2月18日
【№1 はじめに】
こんにちは！
静岡市、浜松市から全国へ向けて「IT×税務会計×補助金＝経営革新」を発信して、「日本一わかりやすい税理士事務所」を目指す最高のIT税理士法人です！
私たちは「私たちに関わる全ての人を幸せにする」という理念を元に、「最先端のＩＴ技術を活用して中小企業の業務生産性を爆上げする最高の税理士法人」となるべく、日々精進しています！
本日は、「令和7年分の年末調整で給与担当者がミスを減らす最終チェックポイント」をお伝えさせていただきます！
年末調整は、毎年ある業務です。
しかし「今年は例年通り」と思って進めると危険です。
令和7年分は、申告書の記載や判定が変わる論点が増えています。
しかも、従業員が間違えやすいポイントが複数あります。
控除額の記入ミス
年齢や所得要件の見落とし
古い算出表の流用
通勤手当の改正の精算漏れ
静岡市や浜松市の中小企業でも起こりやすいミスです。
給与担当者の負担を増やさずに、ミスを減らす整理が必要です。
この記事では、給与担当者向けに、
「最後にここだけは確認したい」
という観点で、やさしくまとめます。
【№2 結論】
★重要
令和7年分の年末調整は「例年通り」で処理しない方が安全です。
理由はシンプルです。
基礎控除の判定と控除額が変わっています。
給与所得控除の最低保障額が変わっています。
新しい控除（特定親族特別控除）が入っています。
住宅ローン控除は「調書方式」で提出物が変わる人がいます。
マイカー通勤手当の非課税限度額の改正で、精算が必要な人がいます。
つまり、従業員の申告書を「昨年と同じ目で見る」とズレます。
給与担当者は、最後の集計前にチェック項目を固定化すると強いです。
【№3 やさしい解説】
年末調整は、会社が従業員の所得税を年内で精算する仕組みです。
毎月の源泉徴収は「概算」なので、最後に辻褄を合わせます。
令和7年分で難しくなる理由は、控除の“前提”が動いているからです。
1つ目は、基礎控除です。
基礎控除は「多くの人が使う基本の控除」です。
この控除額が、合計所得金額に応じて変わります。
そのため、従業員が判定表を見誤ると、控除額の記入ミスになります。
2つ目は、給与所得控除です。
配偶者の収入が給与の場合、合計所得金額の計算で影響します。
ここを旧ルールで計算すると、配偶者控除や配偶者特別控除の判定がズレます。
3つ目は、新しく入った特定親族特別控除です。
対象は、19歳以上23歳未満の子などで、所得が一定の範囲にある場合です。
年齢の確認（生年月日）と、所得の範囲の確認が必要です。
さらに、所得が増えると控除額が段階的に減る設計です。
「対象かどうか」だけでなく「控除額が合っているか」も見ます。
4つ目は、住宅ローン控除です。
調書方式に該当する人は、提出書類が変わります。
提出物の取り違えが起きると、年末調整で適用できない恐れがあります。
5つ目は、通勤手当です。
マイカー通勤手当の非課税限度額が改正されています。
改正前の上限で課税されていた人は、年末調整で精算が必要になるケースがあります。
一方で、差額を追加支給として処理するなら、年末調整での精算が不要になる考え方も示されています。
この分岐が、現場で混乱しやすい点です。
静岡・浜松の中小企業さまへ
年末調整は、給与ソフトと申告書の作業に見えます。
実際は「判定の正確さ」と「チェックの型」が成果を決めます。
クラウド会計やIT導入で業務を軽くするなら、チェック項目の固定化が近道です。
【№4 具体例】
ここでは、最後の総点検で“刺さる”場面を短く並べます。
件数は最低10件で、現場で起きやすいものに絞ります。
① 基礎控除申告書で、昨年と同じ控除額を書いてしまう
合計所得金額が同じでも、判定表が変わっていれば金額が変わります。
「変更なしのはず」が一番危険です。
② 基礎控除の判定で、合計所得金額と給与収入を混同する
収入（給与）と所得（控除後）は別物です。
ここがズレると、控除額の段階がズレます。
③ 配偶者控除等申告書で、配偶者の所得計算に旧・給与所得控除を使う
最低保障額の見直しがあると、所得計算が変わります。
その結果、配偶者控除の可否がズレます。
④ 配偶者の収入が給与以外（副業・年金等）なのに、給与の計算で処理する
所得の種類で計算が違います。
「給与っぽいから」で処理すると誤判定になります。
⑤ 特定親族特別控除で、年齢要件の確認を“学年”で判断する
19歳以上23歳未満は、生年月日で判定します。
学年ベースは毎年ズレます。
⑥ 特定親族の所得要件を、収入（年収）だけで見てしまう
所得判定のためには、収入から控除を引いた後の所得を見ます。
給与だけの子でも、計算の前提が必要です。
⑦ 特定親族特別控除の控除額を、対象なら一律と誤解する
所得が増えると控除額が段階的に減ります。
「対象だから満額」は誤りになりやすいです。
⑧ 住宅ローン控除で、調書方式なのに残高証明書を求めてしまう
調書方式は確認ポイントが違います。
逆に、証明書方式の人は提出が必要です。
⑨ 年末調整の算出表を前年分のまま流用する
給与所得控除が変わると、表も変わります。
最後の税額計算でズレが出ます。
⑩ マイカー通勤手当の改正で、過納の精算を年末調整でやるべき人を漏らす
改正前上限で課税されていた期間があると、精算論点が出ます。
⑪ 通勤手当の差額を「追加支給」で処理したのに、年末調整でも精算してしまう
会社の処理方針で対応が分かれます。
二重対応になると、計算が壊れます。
⑫ 国外居住の親族が関係するのに、提出書類の確認が抜ける
海外にいる親族が絡む控除は、追加の確認が必要です。
“申告書が揃っている”だけで安心しない方が安全です。
【№5 手順】
ここでは、給与担当者が迷わないための手順をまとめます。
社長さま側も、指示が出しやすくなります。
静岡市・浜松市の中小企業でも再現できます。
STEP① 今年の変更点を「5テーマ」に固定する
基礎控除（判定表と控除額）
給与所得控除（最低保障額の変更）
特定親族特別控除（年齢・所得・控除額）
住宅ローン控除（調書方式の有無）
マイカー通勤手当（改正と精算）
STEP② 申告書を回収したら「赤ペン点検」を先にやる
記載漏れ、空欄、金額の整合を先に見ます。
集計を始める前に、ミスを止めます。
STEP③ 基礎控除は「所得」と「収入」を分けて確認する
年間給与収入と合計所得金額は別です。
どちらを使う欄かを、毎回チェックします。
STEP④ 配偶者の所得は「改正後の控除」で計算し直す
配偶者が給与収入なら、給与所得控除が効きます。
改正後の前提で所得を確定させます。
STEP⑤ 特定親族は「生年月日→所得→控除額」の順で確認する
年齢は学年ではなく、生年月日で判断します。
所得要件を満たすかを確認します。
最後に控除額が表通りかを確認します。
STEP⑥ 住宅ローン控除は「方式の違い」を最初に分ける
調書方式の人は、確認ポイントが違います。
証明書方式の人は、提出物が必要です。
取り違えを防ぐだけでミスが減ります。
STEP⑦ 通勤手当は「対象者の洗い出し」を先にやる
マイカー通勤の人を一覧にします。
4月以後に課税されていないかを見ます。
精算が必要な人を確定させます。
STEP⑧ 算出表と計算シートは「今年版」だけを使う
去年のファイルは使わないルールにします。
共有フォルダの最新版を一本化します。
STEP⑨ 最終チェックシートで「抜け」を潰してから確定する
申告書チェック
集計チェック
税額計算チェック
この3段で止めると、事故が減ります。
【№6 FAQ】
Q1. 今年の年末調整は、何が一番変わりますか。
A1. 控除の前提が複数変わり、申告書の誤りが増えます。
Q2. 基礎控除は、昨年と同じでも問題ないですか。
A2. 同じとは限りません。判定表と控除額が変わります。
Q3. 「収入」と「所得」は、何が違うのですか。
A3. 収入は入金額、所得は控除後の金額です。
Q4. 配偶者の所得計算は、どこで間違えやすいですか。
A4. 給与所得控除を旧ルールで計算してしまう点です。
Q5. 特定親族特別控除は、誰が対象ですか。
A5. 原則、19歳以上23歳未満で所得が一定の子等です。
Q6. 特定親族の年齢は、学年で見てもいいですか。
A6. だめです。必ず生年月日で確認します。
Q7. 特定親族特別控除は、控除額が一定ですか。
A7. 一定ではありません。所得が増えると減ります。
Q8. 子が留学中の場合は、年末調整で何が必要ですか。
A8. 国外居住に該当する場合、追加資料の確認が必要です。
Q9. 住宅ローン控除の調書方式は、何を見ればいいですか。
A9. 書類の備考等で、調書方式に該当する借入か確認します。
Q10. 調書方式なら残高証明書は不要ですか。
A10. 不要となる人がいます。方式の取り違えに注意します。
Q11. マイカー通勤手当の改正で、会社は何をすべきですか。
A11. 対象者の洗い出しと、課税済み分の精算要否の確認です。
Q12. 年末調整のミスを減らすコツは何ですか。
A12. チェック項目を固定し、順番を守ることです。
Q13. 静岡市や浜松市の小規模企業でも同じですか。
A13. 同じです。人が少ないほど、型があると安定します。
Q14. クラウド会計やIT導入は年末調整に効きますか。
A14. 効きます。最新版の共有と証憑管理がしやすくなります。
【№7 まとめ】
令和7年分の年末調整は、例年通りで進めない方が安全です。
控除の前提が複数変わり、申告書のミスが増えやすい年です。
★重要
給与担当者がやるべきことは、難しい計算ではありません。
「確認する順番」を固定し、チェックを仕組みにすることです。
5テーマに絞る
赤ペン点検を先にする
特定親族は生年月日から見る
住宅ローンは方式で分ける
通勤手当は対象者を先に洗う
この型ができるだけで、年末の手戻りが減ります。
【№8 出典】
出典：『税務通信』第3878号（2025年12月01日）
「R7年調 給与担当者向け最終チェックシート マイカー通勤非課税限度額引上げへの対応も必要 従業員が誤りやすい記載事項を総点検」
（著者名不明のため媒体名表記）
参考：国税庁タックスアンサー
「No.1190 通勤手当や出張旅費の非課税」
（参照日：2026-01-16）
参考：国税庁タックスアンサー
「No.2070 青色申告特別控除」
（参照日：2026-01-16）
参考：国税庁
「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するQ＆A」
（参照日：2026-01-16）
参考：e-Gov法令検索
「所得税法 第9条（非課税所得）」
（参照日：2026-01-16）
参考：e-Gov法令検索
「所得税法 第57条（青色申告特別控除）」
（参照日：2026-01-16）
参考：e-Gov法令検索
「所得税法 第84条の2（特定親族特別控除）」
（参照日：2026-01-16）
参考：e-Gov法令検索
「所得税法施行令 第20条の2（通勤手当）」
（参照日：2026-01-16）
【№9 該当条文の説明】
ここでは、今回の年末調整の論点に直接関係する条文を、実務目線でかみ砕いて説明します。
■ 所得税法 第9条（非課税所得）
この条文は、「一定の収入は税金をかけません」というルールの根拠です。
通勤手当の非課税枠も、この考え方の延長にあります。
今回のマイカー通勤手当の見直しは、「どこまでを非課税としてよいか」を、実態に合わせて調整する動きです。
年末調整では、「非課税のはず」と思い込まず、距離区分と金額を必ず確認する必要があります。
■ 所得税法施行令 第20条の2（通勤手当）
通勤手当の非課税限度額の具体的な金額や距離区分は、この政令で決まっています。
令和7年の改正では、この距離区分ごとの上限が引き上げられました。
そのため、4月以後に「旧上限」で課税していた人がいると、年末調整で精算論点が出てきます。
ここは、会社の処理方針（差額を追加支給したかどうか）とも絡むため、実務判断が必要なポイントです。
■ 所得税法 第57条（青色申告特別控除）
直接は年末調整ではありませんが、「電子帳簿」や「控除の前提がデータ管理になる流れ」を理解するうえで重要な条文です。
税務全体が「証拠をデータで残す前提」に寄っている背景として押さえておくと、今回の各種チェックの意味が分かりやすくなります。
■ 所得税法 第84条の2（特定親族特別控除）
令和7年度改正で新設された、今回の年末調整の最大の新顔です。
19歳以上23歳未満で、所得が一定範囲にある子等がいる場合に使える控除です。
特徴は、「対象かどうか」だけでなく、「所得に応じて控除額が段階的に減る」点です。
そのため、年齢確認、生年月日確認、所得計算、控除額判定のすべてがチェック対象になります。
■ 所得税法 第57条の周辺規定（各種控除の前提）
配偶者控除や扶養控除なども含め、年末調整は「所得金額の計算」が土台です。
今回、給与所得控除の最低保障額が見直されたことで、「所得の計算」そのものが去年と変わっています。
この前提を間違えると、すべての控除判定が連鎖的にズレます。
★重要
条文は「読むためのもの」ではなく、「判定の順番を決める地図」だと考えると、実務に使いやすくなります。
【№10 おわりに】
最後に、コラムの内容の詳細や、企業、個人の状況に応じたお悩みについては、静岡市、浜松市から全国の中小企業をサポートする最高のIT税理士法人にお気軽にご相談くださいませ！
※当事務所はDXを経営に活かすことを推進しており、当ブログはAIを活用して生成しています。実際の税制や政策、判例、事件、事象を元に作成していますが、正確な内容や最新の情報とは異なる場合がありますことをご了承くださいませ。
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